分子對(duì)接分析是基于受體與配體在氫鍵、疏水鍵、空間結(jié)構(gòu)等相互作用規(guī)律的基礎(chǔ)上，預(yù)測(cè)分子間親和力及結(jié)合模式，實(shí)現(xiàn)基于分子結(jié)構(gòu)的藥物設(shè)計(jì)和篩選的一種重要方法。下面詳細(xì)介紹一個(gè)實(shí)例：...
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分子對(duì)接分析 -
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利用神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型進(jìn)行分類研究機(jī)器學(xué)習(xí)的本質(zhì)就是借助數(shù)學(xué)模型理解數(shù)據(jù)。神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)（ANN，又稱為多層感知器MLP）算法可以用于有監(jiān)督學(xué)習(xí)——分類和回歸。理論上，多層神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)可以模擬任何復(fù)雜的函數(shù)。下面介紹神...
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養(yǎng)寵物的代價(jià)很大
大女兒在新家偷偷養(yǎng)了一只貓。 我原來以為一只貓的代價(jià)一個(gè)月也就是幾十塊錢，它可以吃剩飯吧。 可是實(shí)際上不是，它不吃剩飯，要吃專門的貓糧。 每個(gè)月至少下不來200多元，這比物業(yè)...
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利用python的skimage包批量處理圖像當(dāng)需要對(duì)圖片進(jìn)行處理時(shí)，除了PS外，還可以考慮用python。尤其是大批量處理圖片時(shí)，python的優(yōu)勢(shì)就體現(xiàn)出來了。此次介紹skimage包的基本用法。 1.網(wǎng)上下載的一張...
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轉(zhuǎn)錄組分析實(shí)戰(zhàn)第七節(jié)：采用Trinotate對(duì)拼接結(jié)果進(jìn)行注釋
既然可以通過Trinity對(duì)所有的Reads進(jìn)行拼接后得到很多的轉(zhuǎn)錄本（Transcripts) , 因此很有必要對(duì)這些轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行注釋。 注釋的工具有很多，我們可以通過Tri...
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繪制帶散點(diǎn)的折線圖有多組數(shù)據(jù)需要觀察數(shù)據(jù)的演變趨勢(shì)時(shí)可以通過繪制帶散點(diǎn)的折線圖予以展示。下面介紹一個(gè)實(shí)例。 1. 原始數(shù)據(jù)：line_chart_with_scatter_points.txt...
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根據(jù)引物切割序列有時(shí)，我們需要判斷一對(duì)引物對(duì)序列的匹配情況，或者更進(jìn)一步，需要根據(jù)引物將匹配的序列片段切割出來?？梢杂孟旅娴拇a實(shí)現(xiàn)。 1.下載并安裝全局比對(duì)軟件mafft 軟件地址為：ht...
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作背靠背條形圖（back-to-back barplot）展示二分類變量時(shí)，可以考慮作背靠背條形圖（back-to-back barplot）來展示，會(huì)顯得更加直觀。下面介紹一個(gè)實(shí)例。 1.原始數(shù)據(jù)文件 內(nèi)容如下： 2.R代碼 a....
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分析時(shí)間序列數(shù)據(jù)（三）當(dāng)重復(fù)測(cè)量時(shí)間序列數(shù)據(jù)不滿足來自正態(tài)分布總體或者協(xié)方差不符合球形性時(shí)，不能進(jìn)行重復(fù)測(cè)量方差分析。另外，當(dāng)結(jié)局變量屬于分類變量或等級(jí)變量時(shí)，也不能進(jìn)行重復(fù)測(cè)量方差分析。此時(shí)，可...
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分析時(shí)間序列數(shù)據(jù)（二）當(dāng)時(shí)間序列數(shù)據(jù)的類型是經(jīng)過不同處理后得到多組觀測(cè)值，每一個(gè)觀測(cè)值為同一觀察對(duì)象的同一觀察指標(biāo)在不同的時(shí)間點(diǎn)上進(jìn)行多次測(cè)量所得到的的數(shù)據(jù)值，然后需要分析觀察指標(biāo)在不同時(shí)間上的變...
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分析時(shí)間序列數(shù)據(jù)（一）時(shí)間序列數(shù)據(jù)是一種常見的數(shù)據(jù)類型。當(dāng)需要判斷某一種率（如發(fā)病率、患病率、死亡率等）隨時(shí)間的變化趨勢(shì)如何時(shí)，我們可以用joinpoint軟件進(jìn)行。下面介紹一個(gè)實(shí)例。 1.下載并...
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ComplexHeatmap繪制復(fù)雜熱圖——多個(gè)熱圖和多條注釋的合并展示當(dāng)需要展示多個(gè)數(shù)據(jù)集之間的關(guān)聯(lián)并揭示可能存在的潛在模式時(shí)，ComplexHeatmap包就有了用武之地。下面提供一個(gè)實(shí)例。 1. 文件準(zhǔn)備。 需要4個(gè)文件。包括兩個(gè)heat...
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爬蟲抓取OncoKB數(shù)據(jù)庫中腫瘤基因靶向藥物信息通過驅(qū)動(dòng)瀏覽器爬取OncoKB數(shù)據(jù)庫中"基因——腫瘤——靶向藥物"等信息。 1. 安裝Chrome瀏覽器，下載并配置ChromeDriver，將其加入到環(huán)境變量中。 下圖方框...
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利用circos標(biāo)記差異基因在染色體上的位置，利用顏色區(qū)分基因類型circos是一款強(qiáng)大的可視化軟件，下面介紹一下如何將基因在染色體上標(biāo)注出來。 1.生成測(cè)試數(shù)據(jù)，gene.txt文件。R代碼如下： gene.txt文件內(nèi)容如下： 2.配置...
