發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：四川
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利用Diamond-OrfPredictor獲取可靠的轉(zhuǎn)錄本編碼蛋白
總體思路是先通過(guò)Diamond將所有的轉(zhuǎn)錄本用blastp進(jìn)行比對(duì)到UniprotKB蛋白序列非冗余庫(kù)中。 將比對(duì)的結(jié)果獲取了用于指導(dǎo)后期的OR...
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Ubuntu 本地電腦上配置php環(huán)境并部署RefFinder php用于計(jì)算并比較多個(gè)候選參考基因的工具，這個(gè)工具常出現(xiàn)在內(nèi)參基因選擇的文章中，通過(guò)整合多個(gè)算法并進(jìn)行加權(quán)處理后得到一個(gè)推薦的內(nèi)參基因。然而這個(gè)工具...
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第二篇：Evaluation of suitable reference genes for qRT-PCR normalization in strawberry (Fragaria × an...============= 1. 作者介紹 ============= 本文的作者是四川農(nóng)業(yè)大學(xué)的園藝學(xué)院的博士，由于是我們課題組的，因此有一點(diǎn)...
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轉(zhuǎn)錄組分析實(shí)戰(zhàn)附錄：Trinity 拼接結(jié)果質(zhì)量控制
在第二節(jié)中，我們采用了Trinity工具做了轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的拼接，我一共是6個(gè)樣本6個(gè)G的數(shù)據(jù)量，在我那個(gè)設(shè)置下跑了接近30多個(gè)小時(shí)就完成了拼接工作...
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轉(zhuǎn)錄組分析實(shí)戰(zhàn)第七節(jié)：采用Trinotate對(duì)拼接結(jié)果進(jìn)行注釋
既然可以通過(guò)Trinity對(duì)所有的Reads進(jìn)行拼接后得到很多的轉(zhuǎn)錄本（Transcripts) , 因此很有必要對(duì)這些轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行注釋。 注釋的...
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開(kāi)集前的概述
些文章需要精讀，有些文章需要泛讀，而有些文章需要反復(fù)的咀嚼。 開(kāi)這個(gè)文集的想法就是記錄一些我覺(jué)得可以讀的文章，精細(xì)閱讀并且為了以后的反復(fù)閱讀提供...
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第一篇：RNA-Seq analysis in MeV============= 1. 作者介紹 ============= 這是一個(gè)位于波士頓的癌癥研究中心與英國(guó)牛津大學(xué)以及哈佛大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院共...
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Ubuntu 下Blast+工具的安裝與環(huán)境配置NCBI的Blast工具一直是生物信息中重要的序列比對(duì)工具，也是很多基因家族鑒定工作中不可或缺的工具之一 最近NCBI推出了Blast+的軟件工...
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轉(zhuǎn)錄組分析實(shí)戰(zhàn)第五節(jié)：EdgeR對(duì)表達(dá)量矩陣進(jìn)行基因表達(dá)差異分析通過(guò)前期的基因定量，我們通過(guò)RSEM或者Kallisto這些工具得到了每個(gè)基因或者轉(zhuǎn)錄本的表達(dá)量矩陣。輸出的矩陣包含了基因以及在各個(gè)樣本中的表達(dá)...