@52b7d2b6d42c 理論上是，但是如果你用像cutadapt或者trimmomatic之類的 一般的QC軟件，應(yīng)該都會根據(jù)input的引物清除好的
qiime2踩雷手記前言 之前一直使用qiime1+usearch或者qiime1+vsearch，因為一直很詬病qiime2里封閉的系統(tǒng)。但最近還是因為某些需求需要里里外外的看一堆qiime2...
發(fā)簡信
IP屬地：河南
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@52b7d2b6d42c 分情況吧，一定程度上會的，畢竟多了一段 序列，而且序列還有一定的分組特征
qiime2踩雷手記
前言 之前一直使用qiime1+usearch或者qiime1+vsearch，因為一直很詬病qiime2里封閉的系統(tǒng)。但最近還是因為某些需求需要里里外外的看一堆qiime2...
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@061e8e35ace0 說明可信度比較低，類似于pvalue大于0.05吧
進(jìn)化樹上的N種數(shù)值
序言 大晚上的不知道干些啥好，想起了之前積累的一個小小的問題。這里搜一下資料，快速的整理出一小篇文章好了~ 內(nèi)容大概就是 N種phylogenetic tree上不同的數(shù)字 ...
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@易拉罐000 如果當(dāng)成一個sample(也就是不demultiplex的話)，可以不加那一列，import data時使用type SampleData[SequencesWithQuality]或者pair end對應(yīng)的那個
qiime2踩雷手記
前言 之前一直使用qiime1+usearch或者qiime1+vsearch，因為一直很詬病qiime2里封閉的系統(tǒng)。但最近還是因為某些需求需要里里外外的看一堆qiime2...
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Fastq-dump: 一個神奇的軟件現(xiàn)在可以用fasterq-dump, 速度更快，請閱讀都8102年了，還用fastq-dump，快換fasterq-dump吧 做生信的基本上都跟NCBI-SRA打過交道,尤...
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學(xué)會正確選擇多序列比對（coding-sequences）軟件前幾天，實驗室的師弟師妹通過本地blast獲取一些沒有基因組注釋物種的蛋白編碼序列。原本以為可以快速地進(jìn)行下一步的選擇壓力分析，沒想到卻在多序列比對這一環(huán)節(jié)出現(xiàn)了棘手的問題。...
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主要關(guān)注于脊椎動物適應(yīng)性進(jìn)化與比較基因組學(xué)研究<br>簡書原賬號：WhyDoWeAge
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mcmctree估算物種分歧時間推斷物種系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系以及分歧時間對探討物種起源與演化具有重要意義。通過最大似然法（ML）構(gòu)建物種進(jìn)化樹以及估算物種分化時間在比較基因組學(xué)的研究進(jìn)展中已經(jīng)成為了必不可少的“套路...
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@upsidedown_a103 一般都是每個樣本的每個基因pairwise的求呀，你算ka/ks需要一個reference的，一般是兩兩比對，互相作為reference
用以判斷選擇壓力的Ka/Ks的計算
前言 最近在看一些關(guān)于生態(tài)、遺傳、基因組進(jìn)化等的文獻(xiàn)，其中有個很多人用的也用了很久的用以判斷物種選擇壓力的數(shù)值，（Ka/Ks）。發(fā)現(xiàn)在國內(nèi)的資料中比較少，即使有，也只是教大家...
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@b0bdbb9dd9b3 不知道你用的是什么算的，但是我覺得很可能是有些不認(rèn)的堿基/AA之類的，例如兼并堿基之類的？總而言之，我覺得軟件出問題了。。
用以判斷選擇壓力的Ka/Ks的計算
前言 最近在看一些關(guān)于生態(tài)、遺傳、基因組進(jìn)化等的文獻(xiàn)，其中有個很多人用的也用了很久的用以判斷物種選擇壓力的數(shù)值，（Ka/Ks）。發(fā)現(xiàn)在國內(nèi)的資料中比較少，即使有，也只是教大家...
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是的，這個例子我參考的是別人。。我改改，謝謝~
用以判斷選擇壓力的Ka/Ks的計算
前言 最近在看一些關(guān)于生態(tài)、遺傳、基因組進(jìn)化等的文獻(xiàn)，其中有個很多人用的也用了很久的用以判斷物種選擇壓力的數(shù)值，（Ka/Ks）。發(fā)現(xiàn)在國內(nèi)的資料中比較少，即使有，也只是教大家...
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感謝回復(fù)。。。其實有幾個地方也寫錯了，你可以重新看看。具體地說的話，就是寫啥都行，它只是一個組的定義，這里有且僅有一個組，所以你傳一個['a']都行
plotly繪圖說明
序 （可以不看的廢話） 從上篇博客開始就一直在忙，忙了好幾個月的文章以后，最近終于是在一個deadline之前把文章投了出去，所以也就可以重新回歸寫博客的日子了。在新年之...
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@茶苯海 plotly的局限性也不少，看自己需求選擇不同的包來使用吧
plotly 4.0自來水公司通告（可視化python模塊推薦）
序言 雖然上次寫了一個plotly繪圖說明的一篇文章，向大家介紹了一下plotly這個很好用的python的畫交互式圖/網(wǎng)頁的庫，但時代畢竟在變化，最近在我再次上plotly...
個人介紹
常居中國南方的 化學(xué)生物狗一只，現(xiàn)在溜去CUHK讀博去了，從事生物信息的工作。常用語言 python、R、javascript，熟練使用python的工程師一枚。