@52b7d2b6d42c 理論上是，但是如果你用像cutadapt或者trimmomatic之類的 一般的QC軟件，應(yīng)該都會(huì)根據(jù)input的引物清除好的
qiime2踩雷手記前言 之前一直使用qiime1+usearch或者qiime1+vsearch，因?yàn)橐恢焙茉嵅iime2里封閉的系統(tǒng)。但最近還是因?yàn)槟承┬枨笮枰锢锿馔獾目匆欢裶iime2...
@52b7d2b6d42c 分情況吧，一定程度上會(huì)的，畢竟多了一段 序列，而且序列還有一定的分組特征
qiime2踩雷手記前言 之前一直使用qiime1+usearch或者qiime1+vsearch，因?yàn)橐恢焙茉嵅iime2里封閉的系統(tǒng)。但最近還是因?yàn)槟承┬枨笮枰锢锿馔獾目匆欢裶iime2...
@061e8e35ace0 說明可信度比較低，類似于pvalue大于0.05吧
進(jìn)化樹上的N種數(shù)值序言 大晚上的不知道干些啥好，想起了之前積累的一個(gè)小小的問題。這里搜一下資料，快速的整理出一小篇文章好了~ 內(nèi)容大概就是 N種phylogenetic tree上不同的數(shù)字 ...
@易拉罐000 如果當(dāng)成一個(gè)sample(也就是不demultiplex的話)，可以不加那一列，import data時(shí)使用type SampleData[SequencesWithQuality]或者pair end對(duì)應(yīng)的那個(gè)
qiime2踩雷手記前言 之前一直使用qiime1+usearch或者qiime1+vsearch，因?yàn)橐恢焙茉嵅iime2里封閉的系統(tǒng)。但最近還是因?yàn)槟承┬枨笮枰锢锿馔獾目匆欢裶iime2...
現(xiàn)在可以用fasterq-dump, 速度更快，請(qǐng)閱讀都8102年了，還用fastq-dump，快換fasterq-dump吧 做生信的基本上都跟NCBI-SRA打過交道,尤...
移步github 測(cè)序原理 共有的特點(diǎn)： 優(yōu)點(diǎn)：無需前期擴(kuò)增，不引入偏向性；讀長(zhǎng)長(zhǎng)缺點(diǎn)：錯(cuò)誤率高； 10X Genomics：Illumina二代測(cè)序的升級(jí)版 10X Gen...
前幾天，實(shí)驗(yàn)室的師弟師妹通過本地blast獲取一些沒有基因組注釋物種的蛋白編碼序列。原本以為可以快速地進(jìn)行下一步的選擇壓力分析，沒想到卻在多序列比對(duì)這一環(huán)節(jié)出現(xiàn)了棘手的問題。...
推斷物種系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系以及分歧時(shí)間對(duì)探討物種起源與演化具有重要意義。通過最大似然法（ML）構(gòu)建物種進(jìn)化樹以及估算物種分化時(shí)間在比較基因組學(xué)的研究進(jìn)展中已經(jīng)成為了必不可少的“套路...
@upsidedown_a103 一般都是每個(gè)樣本的每個(gè)基因pairwise的求呀，你算ka/ks需要一個(gè)reference的，一般是兩兩比對(duì)，互相作為reference
用以判斷選擇壓力的Ka/Ks的計(jì)算前言 最近在看一些關(guān)于生態(tài)、遺傳、基因組進(jìn)化等的文獻(xiàn)，其中有個(gè)很多人用的也用了很久的用以判斷物種選擇壓力的數(shù)值，（Ka/Ks）。發(fā)現(xiàn)在國(guó)內(nèi)的資料中比較少，即使有，也只是教大家...
@b0bdbb9dd9b3 不知道你用的是什么算的，但是我覺得很可能是有些不認(rèn)的堿基/AA之類的，例如兼并堿基之類的？總而言之，我覺得軟件出問題了。。
用以判斷選擇壓力的Ka/Ks的計(jì)算前言 最近在看一些關(guān)于生態(tài)、遺傳、基因組進(jìn)化等的文獻(xiàn)，其中有個(gè)很多人用的也用了很久的用以判斷物種選擇壓力的數(shù)值，（Ka/Ks）。發(fā)現(xiàn)在國(guó)內(nèi)的資料中比較少，即使有，也只是教大家...
是的，這個(gè)例子我參考的是別人。。我改改，謝謝~
用以判斷選擇壓力的Ka/Ks的計(jì)算前言 最近在看一些關(guān)于生態(tài)、遺傳、基因組進(jìn)化等的文獻(xiàn)，其中有個(gè)很多人用的也用了很久的用以判斷物種選擇壓力的數(shù)值，（Ka/Ks）。發(fā)現(xiàn)在國(guó)內(nèi)的資料中比較少，即使有，也只是教大家...
感謝回復(fù)。。。其實(shí)有幾個(gè)地方也寫錯(cuò)了，你可以重新看看。具體地說的話，就是寫啥都行，它只是一個(gè)組的定義，這里有且僅有一個(gè)組，所以你傳一個(gè)['a']都行
plotly繪圖說明序 （可以不看的廢話） 從上篇博客開始就一直在忙，忙了好幾個(gè)月的文章以后，最近終于是在一個(gè)deadline之前把文章投了出去，所以也就可以重新回歸寫博客的日子了。在新年之...
@茶苯海 plotly的局限性也不少，看自己需求選擇不同的包來使用吧
plotly 4.0自來水公司通告（可視化python模塊推薦）序言 雖然上次寫了一個(gè)plotly繪圖說明的一篇文章，向大家介紹了一下plotly這個(gè)很好用的python的畫交互式圖/網(wǎng)頁的庫(kù)，但時(shí)代畢竟在變化，最近在我再次上plotly...
