全基因組關(guān)聯(lián)分析（Genome-wide association study，GWAS）是應(yīng)用基因組中數(shù)以百萬級(jí)別的單核苷酸多樣性（Single Nucleotide Plo...
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全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)protocol -
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植物啟動(dòng)子-順式作用元件-批量提取-預(yù)測(cè)-可視化分析寫在前面 以前總看到問題是，基因結(jié)構(gòu)可視化的問題；現(xiàn)在則變成了啟動(dòng)子元件的預(yù)測(cè)或者說可視化。這本身比較簡(jiǎn)單，也比較玄乎，所以我一直不是太樂意與別人討論。但學(xué)院今天斷網(wǎng)，手上的...
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TBtools | 批量計(jì)算蛋白分子量、等電點(diǎn)、不穩(wěn)定系數(shù)、脂溶指數(shù)和親水指數(shù)寫在前面 最近了解了一些與蛋白質(zhì)分析相關(guān)的文稿，有TBtools老鐵用戶提供了不少參考資料和分析建議。早晨，他突然提起了，一些蛋白質(zhì)理化性質(zhì)分析相關(guān)指標(biāo)的計(jì)算，鼓搗起來還是麻...
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TMHMM 2.0--蛋白質(zhì)的跨膜結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè)如何預(yù)測(cè)一個(gè)蛋白是否具有跨膜螺旋（TMH）？ 蛋白結(jié)構(gòu)決定蛋白功能，利用生物學(xué)在線軟件工具TMHMM Server,v.2.0版本是蛋白質(zhì)跨膜螺旋的在線分析工具。TMHMM是...
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幾個(gè)預(yù)測(cè)蛋白結(jié)構(gòu)、理化性質(zhì)的在線工具
1.預(yù)測(cè)理化性質(zhì)：分子量(Da)、等電點(diǎn)(PI)\不穩(wěn)定系數(shù)(Instability index)、親水指數(shù)(Grand average of hydropathicity-...
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你好，請(qǐng)問有SPDE安裝包嘛？在網(wǎng)上沒有搜到
如何使用SPDE進(jìn)行共線性分析（MCScanX）
在進(jìn)行共線性分析的時(shí)候需要準(zhǔn)備兩個(gè)文件：一個(gè)是blast文件，一個(gè)是gff文件。這兩個(gè)文件都是需要經(jīng)過相應(yīng)處理的。在這里還是稍微跟同學(xué)們說一下原理：共線性的本質(zhì)其實(shí)就是找序列...
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你好，安裝包怎么下載呀，我在公共號(hào)找了下載位置，但是點(diǎn)download就進(jìn)不去
進(jìn)化樹構(gòu)建與節(jié)點(diǎn)名批量修改
今天介紹的小工具是Multi-omics Hammer的ptree_rename功能，主要用于批量修改進(jìn)化樹節(jié)點(diǎn)的名稱。 提到進(jìn)化樹，必然需要提到如何構(gòu)建進(jìn)化樹，因此本文將從...
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CFVisual繪制Motif+基因結(jié)構(gòu)+結(jié)構(gòu)域+進(jìn)化樹+啟動(dòng)子圖的單獨(dú)或組合圖1. 軟件簡(jiǎn)介 CFVisual_V2.1軟件是一款借助Python語言的matplotlib庫和PySide2庫進(jìn)行生物序列結(jié)構(gòu)繪圖的數(shù)據(jù)可視化軟件，主要用于生物信...
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農(nóng)桿菌侵染實(shí)現(xiàn)遺傳轉(zhuǎn)化的原理
農(nóng)桿菌侵染實(shí)現(xiàn)遺傳轉(zhuǎn)化的原理 原理和過程： 農(nóng)桿菌是一種革蘭氏陰性菌，其上含有一個(gè)被稱為腫瘤誘導(dǎo)質(zhì)粒或Ti質(zhì)粒的DNA環(huán)，含有遺傳轉(zhuǎn)化所需要的T-DNA和Vir區(qū)，能夠?qū)h(huán)上...
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你好，請(qǐng)問你設(shè)計(jì)sgRNA的時(shí)候，張峰老師實(shí)驗(yàn)室的那個(gè)網(wǎng)站進(jìn)去之后，是怎么進(jìn)到輸入序列的頁面的呀？我找不到那個(gè)頁面嗚嗚嗚
CRISPR-Cas9基因敲除sgRNA設(shè)計(jì)
大佬說，我只說一次，你自己要記住以最火熱的p53為例 Step 1 先找p53基因序列 1. NCBI--輸入p53并選擇物種human：tumor protein p53 ...
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如果不知道基因在ncbi的編號(hào)怎么獲取它不同的轉(zhuǎn)錄本呀？
CRISPR-sgRNA設(shè)計(jì)
NCBI網(wǎng)站找到target gene 的CDS區(qū)域 第一步：打開菜單欄，下拉到Gene，在搜索框輸入目標(biāo)基因GSTP1，然后進(jìn)行Search1.png 第二步：在Searc...
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你好，請(qǐng)問獲取基因不同轉(zhuǎn)錄本的外顯子內(nèi)含子表達(dá)情況還有別的方法嗎？我的基因在ncbi上似乎找不到
CRISPR-Cas9基因編輯1--背景介紹及gRNA設(shè)計(jì)（上）
簡(jiǎn)介和前期文章 我對(duì)之前的所有教程進(jìn)行了再次詳細(xì)的總結(jié) 前言： 每當(dāng)我們接觸新事物時(shí)，都忍不住問如下圖所示之哲學(xué)三問（當(dāng)然有時(shí)候問的是，這是什么？可以吃嗎？怎么做？）： 由于...
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@凍春卷 喔哦我看懂了，剪切的位置一個(gè)是3‘下游兩個(gè)堿基處，一個(gè)是互補(bǔ)鏈5’端下游6個(gè)堿基處。
CRISPR-Cas9基因編輯2--gRNA設(shè)計(jì)（下）
簡(jiǎn)介和前期文章 我對(duì)之前的所有教程進(jìn)行了再次詳細(xì)的總結(jié)CRISPR-Cas9基因編輯之背景介紹及gRNA設(shè)計(jì)（上） 前言： 在上一次文章中，我們已經(jīng)得到了在線工具設(shè)計(jì)的sgR...
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您好，可以請(qǐng)教一下嗎？本文第一步完善oligo序列，為什么要在兩端加幾個(gè)堿基呀？這對(duì)序列互補(bǔ)配對(duì)后形成黏性末端，但是Bbs I的酶切位點(diǎn)不是平末端嗎？這是怎么連上去的呢，我一直沒搞懂這里。
CRISPR-Cas9基因編輯2--gRNA設(shè)計(jì)（下）
簡(jiǎn)介和前期文章 我對(duì)之前的所有教程進(jìn)行了再次詳細(xì)的總結(jié)CRISPR-Cas9基因編輯之背景介紹及gRNA設(shè)計(jì)（上） 前言： 在上一次文章中，我們已經(jīng)得到了在線工具設(shè)計(jì)的sgR...
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老師您好，請(qǐng)問這個(gè)bootstrap太低的話，有什么辦法可以提高嗎？
進(jìn)化樹構(gòu)建背景資料
一、背景資料 進(jìn)化樹（evolutionary tree）又名系統(tǒng)樹（phylogenetie tree）進(jìn)化樹，用來表示物種間親緣關(guān)系遠(yuǎn)近的樹狀結(jié)構(gòu)圖。在進(jìn)化樹中，各個(gè)分類...
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進(jìn)化樹構(gòu)建背景資料一、背景資料 進(jìn)化樹（evolutionary tree）又名系統(tǒng)樹（phylogenetie tree）進(jìn)化樹，用來表示物種間親緣關(guān)系遠(yuǎn)近的樹狀結(jié)構(gòu)圖。在進(jìn)化樹中，各個(gè)分類...
