Uncovering N4-Acetylcytidine-Related mRNA Modification Pattern and Landscape of Stemnes...
發(fā)簡信
IP屬地：安徽
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ac4C 相關(guān) mRNA 修飾模式與腫瘤內(nèi)在和外在特征之間的關(guān)聯(lián)（IF6+） -
單細(xì)胞細(xì)胞比例分析方法列舉1.利用箱線圖比較兩類樣本的某個細(xì)胞比例差異 比較直觀，但是缺點在于如果單細(xì)胞樣本個數(shù)過少且異質(zhì)性大，導(dǎo)致很難有統(tǒng)計學(xué)顯著意義 2.R o/e 比值 好多文章都有用這個，我的...
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homer -- 通過差異基因?qū)ふ肄D(zhuǎn)錄因子
看我寫的教程不如看官網(wǎng)(\滑稽）：http://homer.ucsd.edu/homer/[http://homer.ucsd.edu/homer/] 1. Installa...
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IF=10.7，公共數(shù)據(jù)生信分析結(jié)合實驗探索衰老相關(guān)基因在肝癌中的作用大家好，今天給大家介紹一篇最近發(fā)表在Journal of Advanced Research （中科院一區(qū)，影響因子10.7）上的公共數(shù)據(jù)生信分析結(jié)合實驗驗證的文章，標(biāo)題為“...
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NBIS系列單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析實戰(zhàn)（八）：擬時序細(xì)胞軌跡推斷第八節(jié)：擬時序細(xì)胞軌跡推斷 在本節(jié)教程中，我們將學(xué)習(xí)如何通過擬時序分析推斷細(xì)胞分化軌跡。slingshot包可以對單細(xì)胞RNA-seq數(shù)據(jù)進(jìn)行細(xì)胞分化譜系構(gòu)建和偽時間推斷，它...
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CUT&Tag的分析——demo重復(fù)其他拓展閱讀 http://www.itdecent.cn/p/27e91c8dac2f[http://www.itdecent.cn/p/27e91c8dac2f] #...
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linux下安裝blast并創(chuàng)建nt數(shù)據(jù)庫
BLAST 是由美國國立生物技術(shù)信息中心（NCBI）開發(fā)的一個基于序列相似性的數(shù)據(jù)庫搜索程序。BLAST是“局部相似性基本查詢工具”(Basic Local Alignmen...
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@Lucas21423 最新的版本不需要這個步驟了，"This version put back all filtered cells and label them as "not defined" cells."
用copyKAT推斷腫瘤細(xì)胞CNV及解決細(xì)胞過濾問題
本文共分3部分。 首先介紹一下copyKAT原理和使用方法。然后提出一個關(guān)于細(xì)胞過濾的問題。最后提出一個解決問題的方法供參考。 1.copyKAT及使用簡介 copyKAT是...
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從git里面下載code，在R里面找到源碼修改之后，手動安裝R包
用copyKAT推斷腫瘤細(xì)胞CNV及解決細(xì)胞過濾問題
本文共分3部分。 首先介紹一下copyKAT原理和使用方法。然后提出一個關(guān)于細(xì)胞過濾的問題。最后提出一個解決問題的方法供參考。 1.copyKAT及使用簡介 copyKAT是...
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"另外fragmentSize參數(shù)必須是缺省值"
是不是有點問題？如果是ATAC-seq應(yīng)該把summits參數(shù)設(shè)置成0如何提取ATAC-seq數(shù)據(jù)的差異peaks?（DiffBind包的使用）
2021年開年第一篇筆記~ 這篇筆記主要記錄DiffBind包的學(xué)習(xí)。在很久以前我寫過一篇ATAC-seq分析流程（ATAC-seq分析練習(xí)[https://www.jian...
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生信 | IGV Web快速搭建（無需root，無需更改配置文件）最近需要將ATAC-Seq生成的bw導(dǎo)入IGV查看peak的分布情況，但是一個個的將bw文件從服務(wù)器上下載到本地再傳到IGV里面太麻煩了，偶然間就看到了IGV官網(wǎng)上有一個叫做...
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都8102年了，還用fastq-dump，快換fasterq-dump吧之前寫過一篇文章Fastq-dump: 一個神奇的軟件[http://www.itdecent.cn/p/a8d70b66794c]， 詳細(xì)介紹了fastq-dump的用法...
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estimate 算法計算腫瘤純度
0.腫瘤純度[http://222.70.95.243:6893/files/ESTIMATE%E5%88%86%E6%95%B0/estimate.html#%E8%82%...
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個人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問)
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MSKCC Research Associate<br>別趕不上野心，又辜負(fù)了努力
