基因功能注釋，簡單來說，即是根據(jù)已有的蛋白庫，對從基因組上提取到的蛋白序列進(jìn)行比對，從而獲得相應(yīng)的信息。 這里整理了擬南芥、Uniprot、Swissprot和Interpr...
發(fā)簡信
IP屬地：江西
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軟件8 —— salmon一、 基本介紹 Salmon是一款新的、極快的轉(zhuǎn)錄組計數(shù)軟件。它與Kallisto和Sailfish類似，可以不通過mapping而獲得基因的counts值。Salmon的...
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Salmon 進(jìn)行轉(zhuǎn)錄本定量Salmon 是轉(zhuǎn)錄本定量軟件，使用轉(zhuǎn)錄本定量主要優(yōu)點(diǎn)一是更準(zhǔn)確，比如不同樣本同一基因使用不同 isoform 此時基因長度并不相等，直接基因定量無法顧及；二是方便進(jìn)行可變剪...
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高級heatmap繪制ComplexHeatmappheatmap[http://www.itdecent.cn/p/b0b28ee8993d]ComplexHeatmap handbook[https://jokergo...
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過去說complexheatmap太復(fù)雜，是我太菜了寫在前面 之前曾抱怨過complexheatmap太復(fù)雜了，現(xiàn)在我想說是我太菜了。折騰了一圈complexheatmap后，發(fā)現(xiàn)complexheatmap真的是極致全面的一...
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2021-09-16
ParaAT2.0 下載和安裝 接觸Linux第一天，短期目標(biāo)是Ka/Ks計算 參考好幾位網(wǎng)友大神的帖子開始linux系統(tǒng)中Ka/Ks的計算 首先用wget 下載 Para2...
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R語言中dplyr包join函數(shù)之目前我看到過的最形象的教程所涉及的函數(shù) Mutating Joins: inner_join(), left_join(), right_join(), full_join() Filtering J...
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關(guān)于 dplyr 1.0.0 出來后我想分享的一些東西于 2020-05-29 那天，期盼已久的 dplyr 1.0.0 終于出來了（emm，鴿了半個月）。 dplyr 在出 1.0.0 版本之前不久，于 hadely 在 tw...
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RNA-seq摸索：4. edgeR/limma/DESeq2差異基因分析→ggplot2作火山圖→biomaRt轉(zhuǎn)換ID并注釋請一定看這里：寫下來只是為了記錄一些自己的實(shí)踐，當(dāng)然如果能對你有所幫助那就更好了，歡迎大家和我交流 差異分析流程: 1 初始數(shù)據(jù) 2 標(biāo)準(zhǔn)化(normalization)：D...
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北京基因組所研究生<br><br>Focus on Bioinformatics and Machine-Learning<br><br>Follow me on Github: <a href="https://github.com/Ming-Lian" rel="nofollow" target="_blank">https://github.com/Ming-Lian</a><br><br>跳出局部最優(yōu)，搜索全局最優(yōu)
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收集一些生物信息學(xué)的分析流程的文章。感謝這些簡友整理的生信分析流程！ 如果簡友投稿沒有被我收入專題，可能是我沒看到或者收入到其他針對性更強(qiáng)的專題中了。望見諒！ ???????????????????????? 文章的收錄是有順序的，查看的時候請點(diǎn)擊“最新收錄”然后進(jìn)行查看。 ?? 全基因組測序(WGS)分析 ?? 轉(zhuǎn)錄組分析RNA-seq的分析流程 ?? 染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)ATAC-Seq、ChIP-Seq分析 ?? 單細(xì)胞scRNA-seq分析 ?? 癌癥的預(yù)后標(biāo)志物查找 ?? 系統(tǒng)發(fā)育演化進(jìn)化樹構(gòu)建與分析 ?? 群體遺傳學(xué)分析 ?? 全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS) ?? 基因家族的分析 ?? 甲基化測序與分析 ?? KEGG/GO功能富集分析 ?? 圖形繪制具體細(xì)節(jié)的比如熱圖、曼哈頓圖的繪制等 ?? python、perl、R的包的使用過程 ?? 具體工具的使用，比如GATK的使用過程 ?? 數(shù)據(jù)庫的挖掘方法，比如TCGA數(shù)據(jù)庫的使用 ?? 另外就是整個文章走下來的流程 ?? ?? ??
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「r<-統(tǒng)計」管道統(tǒng)計分析——rstatix使用指南原英文文檔地址：https://raw.githubusercontent.com/kassambara/rstatix/master/README.Rmd rstatix ...
