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A paper A Week-2021-12-27大家好，本周給大家分享的是一篇2020年9月17日發(fā)表在nature communication上使用ATAC-seq實驗數(shù)據(jù)探究牛胚胎染色質重...
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A Paper A Week 2021-10-11大家好，本周給大家分享的是一篇2020年6月2日發(fā)表在Cell Host and Microbe上使用比較基因組學解析毛螺菌科分離株之間的功能和...
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2020-08-17
Mantel test 分析兩個距離矩陣之間的相關性 做微生物菌落少不了分析環(huán)境因子（pH，有機碳，總氮，鹽度等）與菌落的相關性，此時便需要做C...
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第八章 單變量群落分析我們將微生物群落組成研究分為兩個主要部分：(1)分類多樣性、OTUS和類群的假設檢驗；(2)類群間差異分析。第一個成分主要屬于單變量群落分析。第...
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第九章 多變量群落分析2步驟1：以適當?shù)母袷郊虞d和讀取OTU表：設置目錄的方式與我們在前幾章中所做的相同?！皌d_OTU_tag_mapped_lineage.txt”...
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第十章 微生物組數(shù)據(jù)的成分分析10.1 Introduction to Compositional Analysis（成分分析導論） ①什么是成分數(shù)據(jù)？ 根據(jù)韋伯斯特第二版新...
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第九章 多變量群落分析1微生物群落研究的主要目標是比較不同群落的組成(β多樣性)。在第6章介紹了β多樣性，并舉例說明了如何計算β多樣性指數(shù)。得到β多樣性指數(shù)后，可以對其...
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第七章 微生物組數(shù)據(jù)的探索性分析.2Redundancy Analysis (RDA)：與三種基本排序方法相對應，vegan包有三種版本的約束排序：冗余分析(RDA，與主成分分析相...
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第七章 微生物組數(shù)據(jù)的探索性分析.1微生物群落組成的研究方法可以分為兩大類：分類多樣性分析和微生物群落組成的多元分析。多變量分析包括各種多變量技術，如聚類和(無約束和有約束的)排序...