起源于五年前的一篇cell,又被喚醒于2024年的一篇nature medicine。兩篇文章這個圖都是關(guān)于WGCNA后續(xù)結(jié)果的展示，勝在這個網(wǎng)絡(luò)布局很好。被無數(shù)次問道如何制...
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【五年磨一劍】純代碼復(fù)現(xiàn)nature/cell大型網(wǎng)絡(luò)圖并標注模塊基因 -
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【1:1復(fù)刻Cell】python版單細胞多組差異基因火山圖可視化函數(shù)我們之前在python中1:1復(fù)刻R版火山圖之后（【1:1復(fù)刻R版】python版火山圖函數(shù)一鍵出圖），群里小伙伴希望使用python復(fù)刻之前cell文章的多組差異基因火山圖...
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【視頻教程】cNMF（Consensus NMF）：基于python的單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)非負矩陣分解分析R版本的NMF分析中，我們介紹了相關(guān)概念，可查看（（視頻教程）NMF: 單細胞非負矩陣分解R語言版-數(shù)據(jù)降維及MetaProgram分析）。但是R語言版本有一個嚴重缺陷就是太...
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你有這么大的樣本嗎？---學(xué)習(xí)張澤民院士Cell文章分析思路之單細胞豐度NMF分析2025-08-10起源是我們微信群里的小伙伴發(fā)了一張熱圖，需要讓我復(fù)現(xiàn)，是一篇Cancer cell的文章，因為我們寫過很多熱圖，所以對這個圖無感，原因是看似復(fù)雜，可了解complexheat...
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Circular Plot系列(六)：【視頻教程】復(fù)現(xiàn)SCI圖表之環(huán)形圖展示分組celltype基因表達circle plot精彩系列： Circular Plot系列(一): 環(huán)形熱圖繪制Circular Plot系列(二): 學(xué)習(xí)nature子刊圖表-環(huán)形圖展示臨床samp...
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玩轉(zhuǎn)單細胞(21)：復(fù)現(xiàn)Nature圖表---單細胞亞群無監(jiān)督層次聚類分析及環(huán)形樹狀圖繪制玩轉(zhuǎn)單細胞往期精彩系列： 玩轉(zhuǎn)單細胞(1)---提取特定基因表達的細胞群分析（一個小問題）[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5OTYz...
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【視頻-python一鍵函數(shù)】：熱圖標注特定基因及不同顏色設(shè)置展示marker基因雖然scanpy有展示marker基因的熱圖函數(shù)（scanpy單細胞轉(zhuǎn)錄組python教程（五）：最詳盡的基礎(chǔ)可視化解析），但是有很明顯的缺陷，就是不能label特定基因。為...
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milo-基于KNN的差異豐度分析（python版miloR）之前我們推出過單細胞差異豐度分析的R包miloR（miloR：單細胞差異豐度分析）。這個方法也有python版的實現(xiàn)，github官網(wǎng): https://github.com...
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【奇技淫巧】：單細胞monocle2結(jié)果添加類似RNA velocity 的箭頭指示擬時方向這是一篇修飾作圖的內(nèi)容，算是“奇技淫巧”，有一定的用處。小伙伴的腦洞和需求真的是無奇不有，是這樣的，小伙伴沒有跑速率（如果有了RNA 速率結(jié)果，這個修飾也不需要了），想使用類...
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頂級精致CNS圖表：單細胞marker基因表達氣泡圖復(fù)現(xiàn)SCI精致圖表，單細胞marker基因表達氣泡圖。圖的特點是左側(cè)是cluster+celltype注釋，頂部是基因注釋，同時圖有背景色。我們直接從seurat Dotpl...
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復(fù)現(xiàn)cancer cell圖表：【函數(shù)】Edge bunding可視化cellchat及cellphonedb細胞互作結(jié)果關(guān)于細胞互作可視化，我們的內(nèi)容已經(jīng)很多了，小伙伴依然有其他中意的內(nèi)容，這里復(fù)現(xiàn)一篇cancer cell圖表，使用Edge bunding plot展示互作結(jié)果，ligand...
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Circular Plot系列(五): circle plot展示單細胞互作這是我們circle系列的最后一節(jié)，我想常見的弦圖是繞不開的，所以最后從前面介紹的circle plot思路，做一遍弦圖。其實前面的內(nèi)容如果消化了，plot互作弦圖也就不成什...
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Circular Plot系列(三)：【視頻教程】復(fù)現(xiàn)NCS圖表之高大上的單細胞UMAP環(huán)形圖高端復(fù)雜的UMAP復(fù)現(xiàn)： 這又是一個高大上且炫酷的單細胞UMAP圖，展示的信息很多，有大類細胞和亞群，以及marker基因和cell count信息，還可以增加其他的分組信息...
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Circular Plot系列(一): 環(huán)形熱圖繪制針對近期多個粉絲咨詢環(huán)形圖的繪制，我意識到，我們似乎沒有真正介紹過circle圖，但這一類圖確是非常常用的圖，所以這里詳細學(xué)習(xí)一下circle的繪制，使用的是circlize...
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學(xué)習(xí)NC文章:單細胞亞群相關(guān)性及三角熱圖繪制熱圖我們做過很多，參照公眾號熱圖系列，這里介紹三角熱圖的繪制，演示corrplot的參數(shù)設(shè)置。為了讓演示有意義，這里的熱圖數(shù)據(jù)使用單細胞亞群相關(guān)分析數(shù)據(jù)演示，之前我們簡單介紹...
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復(fù)現(xiàn)Nature圖表：學(xué)習(xí)nature代碼之聚類樹+基因表達氣泡圖這里我們要復(fù)現(xiàn)和學(xué)習(xí)的是一篇nature文章的圖表，這篇文章提供了figure的代碼以及數(shù)據(jù)，我們要復(fù)現(xiàn)的是Figure1b。圖很簡單，就是兩部分組成，左邊是聚類樹，cell...
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單細胞Seurat分析基本可視化實現(xiàn)python版Scanpy風(fēng)格這個問題我們之前提到過，很多小伙伴可能看到某些文章中這樣的可視化，很感興趣，其實熟悉python分析的小伙伴一眼就可以看出是scanpy出圖，雖然R也能實現(xiàn)這樣的效果，但是自...
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視頻教程）NMF: 單細胞非負矩陣分解R語言版-數(shù)據(jù)降維及MetaProgram分析NMF：非負矩陣分解，大家應(yīng)該不會陌生，大家或多或少的聽說過，我們之前介紹一個R包geneNMF（GeneNMF: 基于NMF（非負矩陣分解）的基因程序識別及可視化）替代NM...
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單細胞基因熱圖多重注釋函數(shù)-可標記基因及添加富集分析結(jié)果在寫NMF帖子的時候，需要plot基因熱圖，參考：（高分SCI單細胞圖表：多層注釋熱圖函數(shù)[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5OTYz...