突然間發(fā)現(xiàn)，我一做熱圖就用pheatmap幾乎不存在第二個(gè)選項(xiàng)了。是時(shí)候跑一遍pheatmap的demo了. Examples scale是一個(gè)值得注意的參數(shù)，它旨在說(shuō)明你想...
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pheatmap熱圖技巧合集 -
@一起鬧 物種名字可能錯(cuò)了，可以檢查一下是不是KEGG網(wǎng)站里列出的物種格式，例如人hsa，鼠mmu
【轉(zhuǎn)】Reading KEGG annotation online: fail to download KEGG data... Error in download.KEGG.Path(spe...
本文轉(zhuǎn)載自：http://www.360doc.com/content/22/0604/23/76149697_1034565139.shtml 最近在做KEGG富集分析時(shí)，...
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cutadapt 使用詳解Cutadapt安裝 基本命令 例子： 常用參數(shù) 參數(shù)詳解 Removing adapters Adapter 移除 Anchored 5’ adapters：adapter...
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NGS 數(shù)據(jù)過(guò)濾之 Trimmomatic 詳細(xì)說(shuō)明
tags： Trimmomatic NGS fastq NGS 原始數(shù)據(jù)過(guò)濾對(duì)后續(xù)分析至關(guān)重要，去除一些無(wú)用的序列也可以提高后續(xù)分析的準(zhǔn)確率和效率。Trimmomatic 是...
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RNA-seq 可變剪切可變剪切定義 有些基因的一個(gè)mRNA前體通過(guò)不同的剪接方式（選擇不同的剪接位點(diǎn)）產(chǎn)生不同的mRNA剪接異構(gòu)體，這一過(guò)程稱(chēng)為可變剪接(或選擇性剪接， alternative s...
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如何通過(guò)CHIP-seq分析鑒別基因啟動(dòng)子和增強(qiáng)子(活性增強(qiáng)子鑒定)學(xué)習(xí)文章：如何通過(guò)CHIP-seq分析鑒別基因啟動(dòng)子和增強(qiáng)子 - 簡(jiǎn)書(shū) (jianshu.com)[http://www.itdecent.cn/p/8aca72809c5...
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Minimap2（2.20）使用記錄
文章僅是記錄自己的學(xué)習(xí)使用，有錯(cuò)誤請(qǐng)指出，我立刻改正！ 官方說(shuō)明：https://github.com/lh3/minimap2#general[https://github...
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seurat-FindAllMarkers()源碼解析現(xiàn)在回想單細(xì)胞項(xiàng)目的一些常規(guī)分析，clusters/groups間的差異表達(dá)分析（differential expression analysis）幾乎是分析必備項(xiàng)，F(xiàn)ind...
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Seurat 基礎(chǔ)知識(shí)
（一）Seurat的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu) 版本：3.1.5 直接輸入Seurat object的名稱(chēng)，我們可以得到類(lèi)似如下內(nèi)容： An object of class Seurat 13...
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）軌跡分析（擬時(shí)分析）之基因開(kāi)關(guān)（GeneSwitches）hello，大家好，今天給大家分享的是，擬時(shí)序軌跡分析軟件中對(duì)軌跡關(guān)鍵驅(qū)動(dòng)基因的下游分析，挖掘擬時(shí)序分化軌跡開(kāi)關(guān)基因的分析，這個(gè)方面大家應(yīng)該都不陌生，文章在GeneSwitc...
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10X單細(xì)胞軌跡分析之回顧清明節(jié)了，放假期間好好放松一下自己，但是我仍然記得大學(xué)老師說(shuō)過(guò)的一句話，放假休息的同時(shí)，總結(jié)過(guò)去，展望以后，所以說(shuō)假期是一個(gè)承前啟后的時(shí)間段，今天我們不講新的東西，而是回顧一...
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我眼中的barcodes.tsv.gz/features.tsv.gz/matrix.mtx.gz前段時(shí)間一直在用cellranger count進(jìn)行單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)的處理，不得不說(shuō)Cell Ranger作為10X Genomics官方的單細(xì)胞數(shù)據(jù)處理工具，功能還是很強(qiáng)大的...
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）降維分析之tSNE（算法基礎(chǔ)知識(shí)）hi，大家好，不知道大家對(duì)算法感不感興趣，之前我分享了PCA的原理和一些分析技巧，大家可以參考單細(xì)胞PCA分析的降維原理[http://www.itdecent.cn/p/...
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使用pheatmap包繪制熱圖加載所需R包 設(shè)置工作路徑 構(gòu)建測(cè)試數(shù)據(jù)集 將熱圖結(jié)果按聚類(lèi)后的順序輸出 轉(zhuǎn)載來(lái)自：作者：Davey1220鏈接：http://www.itdecent.cn/p/1c55...
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NBIS系列單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析實(shí)戰(zhàn)（三）：多樣本數(shù)據(jù)整合第三節(jié)：多樣本數(shù)據(jù)整合 在本節(jié)教程中，我們將探討多個(gè)樣本scRNA-seq數(shù)據(jù)集整合的不同方法。我們使用兩種不同的方法來(lái)校正跨數(shù)據(jù)集的批處理效應(yīng)。同時(shí)，我們還給出一種量化措施...
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Harmony 6/10
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Harmony converged after 6 iterations
Warning: Invalid name supplied, making object name syntactically valid. New object name is Seurat..ProjectDim.RNA.harmony; see ?make.names for more details on syntax validity
大佬，這個(gè)地方的warning不用管嗎，我也碰到了類(lèi)似的問(wèn)題NBIS系列單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析實(shí)戰(zhàn)（三）：多樣本數(shù)據(jù)整合
第三節(jié)：多樣本數(shù)據(jù)整合 在本節(jié)教程中，我們將探討多個(gè)樣本scRNA-seq數(shù)據(jù)集整合的不同方法。我們使用兩種不同的方法來(lái)校正跨數(shù)據(jù)集的批處理效應(yīng)。同時(shí)，我們還給出一種量化措施...
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個(gè)人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問(wèn))
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Aspera下載安裝使用Aspera Linux 安裝 conda 安裝 在Linux上安裝Aspera，方便的還是直接通過(guò)conda進(jìn)行安裝(已經(jīng)安裝了Anaconda），在需要安裝的環(huán)境下輸入以...
