首先非常感謝Cj大神開發(fā)出來的TBtools生信工具，為生信分析做圖帶來了極大的便利。作為生信小白，在做多物種間共線性分析時(shí)，嘗試了多種方法，苦于沒有計(jì)算機(jī)基礎(chǔ)，一直沒能完成...
IP屬地：浙江
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零基礎(chǔ)多物種間共線性分析 -
選擇壓力分析，從序列下載到結(jié)果繪圖選擇壓力及基因在進(jìn)化過程中所受到的壓力，也稱自然選擇。 在遺傳學(xué)中， Ka/Ks或者dN/dS表示的是非同義突變頻率(Ka)和同義突變頻率（Ks）之間的比例。 一般認(rèn)為，同義...
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RNA-seq摸索：2.sra下載數(shù)據(jù)→fastqc質(zhì)控→hisat2/bowtie2/STAR/salmon比對(duì)→Samtools格式轉(zhuǎn)換→IGV可視化結(jié)果參考這些主要根據(jù)這篇操作?。?！[http://www.itdecent.cn/p/970012d1b051/]??????我覺得學(xué)RNA-seq必看的文獻(xiàn)??！??????[https:...
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RNAseq005 轉(zhuǎn)錄組入門(5)：序列比對(duì)1 比對(duì)的目的 1.1 差異表達(dá)基因只需要確定不同的read計(jì)數(shù)，可以用bowtie, bwa這類比對(duì)工具，或者是salmon這類align-free工具，并且后者的速度更快...
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RNAseq004 轉(zhuǎn)錄組入門(4)：參考基因組下載1 參考基因組 以下內(nèi)容主要參考jimmy大佬的生信技能樹及生信菜鳥團(tuán)公眾號(hào) 1.1 【直播】我的基因組（五）:測(cè)試數(shù)據(jù)及參考基因組的準(zhǔn)備 這個(gè)對(duì)新手來說，是一個(gè)很大的坑，h...
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RNAseq003 轉(zhuǎn)錄組入門(3)：了解fastq測(cè)序數(shù)據(jù)1 基礎(chǔ)了解 NGS008 測(cè)序常用名詞NGS009 生信常用數(shù)據(jù)格式NGS010 測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控 2 fasta與fastq 一般NGS測(cè)序數(shù)據(jù)均為Fastq格式FASTQ格...
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RNAseq001 轉(zhuǎn)錄組入門(1) ：資源準(zhǔn)備主要參考生信技能樹RNA-seq基礎(chǔ)入門 http://www.biotrainee.com/thread-1750-1-1.html 1. 系統(tǒng)準(zhǔn)備 Win10自帶Ubun...
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RNAseq007 轉(zhuǎn)錄組入門上游分析全流程
傳送門： RNAseq006 轉(zhuǎn)錄組入門(6)：reads計(jì)數(shù)RNAseq005 轉(zhuǎn)錄組入門(5)：序列比對(duì)RNAseq004 轉(zhuǎn)錄組入門(4)：參考基因組下載RNAseq0...
