首先非常感謝Cj大神開發(fā)出來的TBtools生信工具，為生信分析做圖帶來了極大的便利。作為生信小白，在做多物種間共線性分析時(shí)，嘗試了多種方法，苦于沒有計(jì)算機(jī)基礎(chǔ)，一直沒能完成...
IP屬地：浙江
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零基礎(chǔ)多物種間共線性分析 -
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選擇壓力分析，從序列下載到結(jié)果繪圖選擇壓力及基因在進(jìn)化過程中所受到的壓力，也稱自然選擇。 在遺傳學(xué)中， Ka/Ks或者dN/dS表示的是非同義突變頻率(Ka)和同義突變頻率（Ks）之間的比例。 一般認(rèn)為，同義...
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RNA-seq摸索：2.sra下載數(shù)據(jù)→fastqc質(zhì)控→hisat2/bowtie2/STAR/salmon比對(duì)→Samtools格式轉(zhuǎn)換→IGV可視化結(jié)果參考這些主要根據(jù)這篇操作?。?！[http://www.itdecent.cn/p/970012d1b051/]??????我覺得學(xué)RNA-seq必看的文獻(xiàn)！！??????[https:...
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RNAseq005 轉(zhuǎn)錄組入門(5)：序列比對(duì)1 比對(duì)的目的 1.1 差異表達(dá)基因只需要確定不同的read計(jì)數(shù)，可以用bowtie, bwa這類比對(duì)工具，或者是salmon這類align-free工具，并且后者的速度更快...
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RNAseq004 轉(zhuǎn)錄組入門(4)：參考基因組下載1 參考基因組 以下內(nèi)容主要參考jimmy大佬的生信技能樹及生信菜鳥團(tuán)公眾號(hào) 1.1 【直播】我的基因組（五）:測(cè)試數(shù)據(jù)及參考基因組的準(zhǔn)備 這個(gè)對(duì)新手來說，是一個(gè)很大的坑，h...
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RNAseq003 轉(zhuǎn)錄組入門(3)：了解fastq測(cè)序數(shù)據(jù)1 基礎(chǔ)了解 NGS008 測(cè)序常用名詞NGS009 生信常用數(shù)據(jù)格式NGS010 測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控 2 fasta與fastq 一般NGS測(cè)序數(shù)據(jù)均為Fastq格式FASTQ格...
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RNAseq001 轉(zhuǎn)錄組入門(1) ：資源準(zhǔn)備主要參考生信技能樹RNA-seq基礎(chǔ)入門 http://www.biotrainee.com/thread-1750-1-1.html 1. 系統(tǒng)準(zhǔn)備 Win10自帶Ubun...
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RNAseq007 轉(zhuǎn)錄組入門上游分析全流程
傳送門： RNAseq006 轉(zhuǎn)錄組入門(6)：reads計(jì)數(shù)RNAseq005 轉(zhuǎn)錄組入門(5)：序列比對(duì)RNAseq004 轉(zhuǎn)錄組入門(4)：參考基因組下載RNAseq0...
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沒錢買KEGG怎么辦？REACTOME開源通路更強(qiáng)大
之前搜集免費(fèi)生物AI插圖時(shí)簡(jiǎn)單提到了通路數(shù)據(jù)庫(kù)Reactome（https://reactome.org/）， 那些精美的生物插圖只能算是該數(shù)據(jù)庫(kù)附贈(zèng)的小禮品，他的主要功能還...
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TBtools | 地球最友好的 GFF3/GTF 序列提取工具無論是Windows，MacOS, Linux桌面的用戶，你都可以也會(huì)使用。 寫在前面 伴隨基因組測(cè)序的普及，越來越多物種的基因組測(cè)序項(xiàng)目開展并報(bào)道，為科研工作者提供了更為全...
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Ka/Ks分析與純化選擇negative purifying selection、中性進(jìn)化neutral evolution、正選擇positive selection的關(guān)聯(lián)含義
ω = dN/dS, the ratio of nonsynonymous/synonymous substitution ratesdN/dS就是Ka/Ks，非同義替換率/...
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用MEGA軟件構(gòu)建NJ樹（Neighbor-Joining）MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis)— 分子演化遺傳分析 MEGA是一款操作簡(jiǎn)單的系統(tǒng)發(fā)育分析軟件。 NJ法構(gòu)建的樹...
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如何在NCBI批量下載基因家族序列？在做生信下游基因分析的時(shí)候，我們通常需要下載興趣基因的序列信息構(gòu)建進(jìn)化書什么的，如果興趣基因比較少，那么可以直接在NCBI上搜索這個(gè)基因下載序列。但如果興趣基因很多，如果逐個(gè)...
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1.GWAS：原理與目的全基因組關(guān)聯(lián)分析（Genome-Wide Association Study， GWAS）是以連鎖不平衡（LD）為基礎(chǔ)，利用全基因組范圍內(nèi)群體中高密度的分子標(biāo)記，鑒定與復(fù)雜性...
