首先非常感謝Cj大神開發(fā)出來的TBtools生信工具，為生信分析做圖帶來了極大的便利。作為生信小白，在做多物種間共線性分析時，嘗試了多種方法，苦于沒有計算機基礎(chǔ)，一直沒能完成...
IP屬地：浙江
-
零基礎(chǔ)多物種間共線性分析 -
-
選擇壓力分析，從序列下載到結(jié)果繪圖選擇壓力及基因在進化過程中所受到的壓力，也稱自然選擇。 在遺傳學(xué)中， Ka/Ks或者dN/dS表示的是非同義突變頻率(Ka)和同義突變頻率（Ks）之間的比例。 一般認為，同義...
-
RNA-seq摸索：2.sra下載數(shù)據(jù)→fastqc質(zhì)控→hisat2/bowtie2/STAR/salmon比對→Samtools格式轉(zhuǎn)換→IGV可視化結(jié)果參考這些主要根據(jù)這篇操作！??！[http://www.itdecent.cn/p/970012d1b051/]??????我覺得學(xué)RNA-seq必看的文獻??！??????[https:...
-
RNAseq005 轉(zhuǎn)錄組入門(5)：序列比對1 比對的目的 1.1 差異表達基因只需要確定不同的read計數(shù)，可以用bowtie, bwa這類比對工具，或者是salmon這類align-free工具，并且后者的速度更快...
-
RNAseq004 轉(zhuǎn)錄組入門(4)：參考基因組下載1 參考基因組 以下內(nèi)容主要參考jimmy大佬的生信技能樹及生信菜鳥團公眾號 1.1 【直播】我的基因組（五）:測試數(shù)據(jù)及參考基因組的準備 這個對新手來說，是一個很大的坑，h...
-
RNAseq003 轉(zhuǎn)錄組入門(3)：了解fastq測序數(shù)據(jù)1 基礎(chǔ)了解 NGS008 測序常用名詞NGS009 生信常用數(shù)據(jù)格式NGS010 測序數(shù)據(jù)質(zhì)控 2 fasta與fastq 一般NGS測序數(shù)據(jù)均為Fastq格式FASTQ格...
-
RNAseq001 轉(zhuǎn)錄組入門(1) ：資源準備主要參考生信技能樹RNA-seq基礎(chǔ)入門 http://www.biotrainee.com/thread-1750-1-1.html 1. 系統(tǒng)準備 Win10自帶Ubun...
-
RNAseq007 轉(zhuǎn)錄組入門上游分析全流程
傳送門： RNAseq006 轉(zhuǎn)錄組入門(6)：reads計數(shù)RNAseq005 轉(zhuǎn)錄組入門(5)：序列比對RNAseq004 轉(zhuǎn)錄組入門(4)：參考基因組下載RNAseq0...
-
沒錢買KEGG怎么辦？REACTOME開源通路更強大
之前搜集免費生物AI插圖時簡單提到了通路數(shù)據(jù)庫Reactome（https://reactome.org/）， 那些精美的生物插圖只能算是該數(shù)據(jù)庫附贈的小禮品，他的主要功能還...
-
TBtools | 地球最友好的 GFF3/GTF 序列提取工具無論是Windows，MacOS, Linux桌面的用戶，你都可以也會使用。 寫在前面 伴隨基因組測序的普及，越來越多物種的基因組測序項目開展并報道，為科研工作者提供了更為全...
-
Ka/Ks分析與純化選擇negative purifying selection、中性進化neutral evolution、正選擇positive selection的關(guān)聯(lián)含義
ω = dN/dS, the ratio of nonsynonymous/synonymous substitution ratesdN/dS就是Ka/Ks，非同義替換率/...
-
用MEGA軟件構(gòu)建NJ樹（Neighbor-Joining）MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis)— 分子演化遺傳分析 MEGA是一款操作簡單的系統(tǒng)發(fā)育分析軟件。 NJ法構(gòu)建的樹...
-
如何在NCBI批量下載基因家族序列？在做生信下游基因分析的時候，我們通常需要下載興趣基因的序列信息構(gòu)建進化書什么的，如果興趣基因比較少，那么可以直接在NCBI上搜索這個基因下載序列。但如果興趣基因很多，如果逐個...
-
基因家族生信分析基礎(chǔ)，基礎(chǔ)到教你序列下載的那種基礎(chǔ)！（一）寫在前面：首先這是一門售價為 0.01 元的視頻課，應(yīng)該買不了吃虧和上當哈~而且和我本人沒有任何關(guān)系，單純覺得還蠻有用，推薦一下哈~ 具體課程目錄舉例見下圖，都是基礎(chǔ)中的基礎(chǔ)...
-
-
1.GWAS：原理與目的全基因組關(guān)聯(lián)分析（Genome-Wide Association Study， GWAS）是以連鎖不平衡（LD）為基礎(chǔ)，利用全基因組范圍內(nèi)群體中高密度的分子標記，鑒定與復(fù)雜性...
