文章來源：生信技能樹原文：GEO數(shù)據(jù)挖掘-第一期-膠質母細胞瘤（GBM）文章標題 lncRNAs PVT1 and HAR1A are prognosis biomarker...
發(fā)簡信
IP屬地：湖南
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GEO數(shù)據(jù)挖掘-第一期-膠質母細胞瘤（GBM）
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學習方案：如何才能入門生信？按我前面文章繼續(xù)反思：如何才能入門生信？中提到的學習方案執(zhí)行。 總的方案： 孟老師推薦關于最后一部分的四大切入點，最后是把幾個不同的Seq的過程細節(jié)都了解一下。 第一部分：l...
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整合轉錄組學、蛋白質組學、糖組學和糖蛋白質組學來表征乳腺癌細胞對紫杉醇的耐藥性PMID: 34000456DOI: 10.1016/j.jprot.2021.104266 摘要 化療耐藥是導致乳腺癌（BC）復發(fā)和癌癥相關死亡率高的主要因素。聚糖的異常水...
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01.單細胞入門-Seurat對象創(chuàng)建單細胞測序下游原始文件主要以三種形式在GEO存儲 針對三種不同的存儲形式分別對應不同的seurat對象創(chuàng)建方式 1.以標準的barcodes.tsv、genes.tsv、ma...
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單細胞108篇文獻解讀之11---SCENIC: 單細胞RNA-seq數(shù)據(jù)推斷基因調控網(wǎng)絡和細胞功能聚類目前單細胞轉錄組領域用的比較多的細胞聚類方法大多是直接從基因表達矩陣推斷，但是對于多樣本合并分析，很多情況下會出現(xiàn)難以解決的批次效應，例如：有些癌癥多樣本的聚類結果大多每個樣...
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TCGA臨床數(shù)據(jù)的提取TCGA臨床數(shù)據(jù)的下載這里不做介紹。下載后解壓數(shù)據(jù)會得到包含多個子文件夾的的文件，如下所示： 每個子文件夾下通常包含XML文件，有的也會包含多個文件。但我們需要用到的就是XM...
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TCGA數(shù)據(jù)挖掘下載流程 數(shù)據(jù)較多時，用gdc-client，下載后配置環(huán)境變量 將之前manifest下載的txt文件找到：“gdc_manifest_20220119_144759.tx...
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GEO數(shù)據(jù)挖掘用dat[ids$probe_id,] 取子集都是NA，該咋辦
GSE44077 數(shù)據(jù)集是GSE44077，pd信息經(jīng)過取冗余處理后得到了226行，11列的數(shù)據(jù)。 第一個疑問，如何從pd$characteristics_ch1這一列中提取...
