文章來源：生信技能樹原文：GEO數(shù)據(jù)挖掘-第一期-膠質(zhì)母細(xì)胞瘤（GBM）文章標(biāo)題 lncRNAs PVT1 and HAR1A are prognosis biomarker...
發(fā)簡信
IP屬地：湖南
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GEO數(shù)據(jù)挖掘-第一期-膠質(zhì)母細(xì)胞瘤（GBM）
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學(xué)習(xí)方案：如何才能入門生信？按我前面文章繼續(xù)反思：如何才能入門生信？中提到的學(xué)習(xí)方案執(zhí)行。 總的方案： 孟老師推薦關(guān)于最后一部分的四大切入點(diǎn)，最后是把幾個(gè)不同的Seq的過程細(xì)節(jié)都了解一下。 第一部分：l...
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免疫細(xì)胞組分 免疫基因 PD1 免疫治療biomarker
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整合轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、糖組學(xué)和糖蛋白質(zhì)組學(xué)來表征乳腺癌細(xì)胞對(duì)紫杉醇的耐藥性PMID: 34000456DOI: 10.1016/j.jprot.2021.104266 摘要 化療耐藥是導(dǎo)致乳腺癌（BC）復(fù)發(fā)和癌癥相關(guān)死亡率高的主要因素。聚糖的異常水...
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你是我滴神
單細(xì)胞-目錄索引
本目錄為單細(xì)胞相關(guān)分享索引，持續(xù)更新.... 1.上游數(shù)據(jù)處理 01.單細(xì)胞測序上游-數(shù)據(jù)下載（適用于圖形化界面）[http://www.itdecent.cn/p/3af...
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單細(xì)胞-目錄索引
本目錄為單細(xì)胞相關(guān)分享索引，持續(xù)更新.... 1.上游數(shù)據(jù)處理 01.單細(xì)胞測序上游-數(shù)據(jù)下載（適用于圖形化界面）[http://www.itdecent.cn/p/3af...
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01.單細(xì)胞入門-Seurat對(duì)象創(chuàng)建單細(xì)胞測序下游原始文件主要以三種形式在GEO存儲(chǔ) 針對(duì)三種不同的存儲(chǔ)形式分別對(duì)應(yīng)不同的seurat對(duì)象創(chuàng)建方式 1.以標(biāo)準(zhǔn)的barcodes.tsv、genes.tsv、ma...
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單細(xì)胞108篇文獻(xiàn)解讀之11---SCENIC: 單細(xì)胞RNA-seq數(shù)據(jù)推斷基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)和細(xì)胞功能聚類目前單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組領(lǐng)域用的比較多的細(xì)胞聚類方法大多是直接從基因表達(dá)矩陣推斷，但是對(duì)于多樣本合并分析，很多情況下會(huì)出現(xiàn)難以解決的批次效應(yīng)，例如：有些癌癥多樣本的聚類結(jié)果大多每個(gè)樣...
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@千容安 是正常的，代碼也沒問題謝謝，解決了
TCGA數(shù)據(jù)挖掘
下載流程 數(shù)據(jù)較多時(shí)，用gdc-client，下載后配置環(huán)境變量 將之前manifest下載的txt文件找到：“gdc_manifest_20220119_144759.tx...
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TCGA臨床數(shù)據(jù)的提取TCGA臨床數(shù)據(jù)的下載這里不做介紹。下載后解壓數(shù)據(jù)會(huì)得到包含多個(gè)子文件夾的的文件，如下所示： 每個(gè)子文件夾下通常包含XML文件，有的也會(huì)包含多個(gè)文件。但我們需要用到的就是XM...
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求問，數(shù)據(jù)融合那一步融合allsamplerawcounts為空表怎么辦啊??
TCGA數(shù)據(jù)挖掘
下載流程 數(shù)據(jù)較多時(shí)，用gdc-client，下載后配置環(huán)境變量 將之前manifest下載的txt文件找到：“gdc_manifest_20220119_144759.tx...
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TCGA數(shù)據(jù)挖掘下載流程 數(shù)據(jù)較多時(shí)，用gdc-client，下載后配置環(huán)境變量 將之前manifest下載的txt文件找到：“gdc_manifest_20220119_144759.tx...
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生信小白一枚，<br><br>有問題可以私信我，<br><br>謝謝。<br><br>找我合作請(qǐng)私我。
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GEO數(shù)據(jù)挖掘用dat[ids$probe_id,] 取子集都是NA，該咋辦
GSE44077 數(shù)據(jù)集是GSE44077，pd信息經(jīng)過取冗余處理后得到了226行，11列的數(shù)據(jù)。 第一個(gè)疑問，如何從pd$characteristics_ch1這一列中提取...
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缺失值NA并不可怕,只要了解它缺失值可視化 1.在GEO數(shù)據(jù)挖掘過程中，有時(shí)取子集會(huì)導(dǎo)致生成的子集都是NA。那么是因?yàn)榇a寫錯(cuò)了，或者數(shù)據(jù)類型沒搞清，還有一種情況就是，數(shù)據(jù)集明明只有5行，可是你卻要取出第...
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單細(xì)胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實(shí)操軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.itdecent.cn/p/ee0f7a8e6a06] 擬時(shí)間序列分析（Pseudot...
