文章來(lái)源:生信技能樹(shù)原文:GEO數(shù)據(jù)挖掘-第一期-膠質(zhì)母細(xì)胞瘤(GBM)文章標(biāo)題 lncRNAs PVT1 and HAR1A are prognosis biomarker...
文章來(lái)源:生信技能樹(shù)原文:GEO數(shù)據(jù)挖掘-第一期-膠質(zhì)母細(xì)胞瘤(GBM)文章標(biāo)題 lncRNAs PVT1 and HAR1A are prognosis biomarker...
按我前面文章繼續(xù)反思:如何才能入門(mén)生信?中提到的學(xué)習(xí)方案執(zhí)行。 總的方案: 孟老師推薦關(guān)于最后一部分的四大切入點(diǎn),最后是把幾個(gè)不同的Seq的過(guò)程細(xì)節(jié)都了解一下。 第一部分:l...
PMID: 34000456DOI: 10.1016/j.jprot.2021.104266 摘要 化療耐藥是導(dǎo)致乳腺癌(BC)復(fù)發(fā)和癌癥相關(guān)死亡率高的主要因素。聚糖的異常水...
你是我滴神
單細(xì)胞-目錄索引本目錄為單細(xì)胞相關(guān)分享索引,持續(xù)更新.... 1.上游數(shù)據(jù)處理 01.單細(xì)胞測(cè)序上游-數(shù)據(jù)下載(適用于圖形化界面)[http://www.itdecent.cn/p/3af...
本目錄為單細(xì)胞相關(guān)分享索引,持續(xù)更新.... 1.上游數(shù)據(jù)處理 01.單細(xì)胞測(cè)序上游-數(shù)據(jù)下載(適用于圖形化界面)[http://www.itdecent.cn/p/3af...
單細(xì)胞測(cè)序下游原始文件主要以三種形式在GEO存儲(chǔ) 針對(duì)三種不同的存儲(chǔ)形式分別對(duì)應(yīng)不同的seurat對(duì)象創(chuàng)建方式 1.以標(biāo)準(zhǔn)的barcodes.tsv、genes.tsv、ma...
目前單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組領(lǐng)域用的比較多的細(xì)胞聚類方法大多是直接從基因表達(dá)矩陣推斷,但是對(duì)于多樣本合并分析,很多情況下會(huì)出現(xiàn)難以解決的批次效應(yīng),例如:有些癌癥多樣本的聚類結(jié)果大多每個(gè)樣...
@千容安 是正常的,代碼也沒(méi)問(wèn)題謝謝,解決了
TCGA數(shù)據(jù)挖掘下載流程 數(shù)據(jù)較多時(shí),用gdc-client,下載后配置環(huán)境變量 將之前manifest下載的txt文件找到:“gdc_manifest_20220119_144759.tx...
TCGA臨床數(shù)據(jù)的下載這里不做介紹。下載后解壓數(shù)據(jù)會(huì)得到包含多個(gè)子文件夾的的文件,如下所示: 每個(gè)子文件夾下通常包含XML文件,有的也會(huì)包含多個(gè)文件。但我們需要用到的就是XM...
求問(wèn),數(shù)據(jù)融合那一步融合allsamplerawcounts為空表怎么辦啊??
TCGA數(shù)據(jù)挖掘下載流程 數(shù)據(jù)較多時(shí),用gdc-client,下載后配置環(huán)境變量 將之前manifest下載的txt文件找到:“gdc_manifest_20220119_144759.tx...
下載流程 數(shù)據(jù)較多時(shí),用gdc-client,下載后配置環(huán)境變量 將之前manifest下載的txt文件找到:“gdc_manifest_20220119_144759.tx...
GSE44077 數(shù)據(jù)集是GSE44077,pd信息經(jīng)過(guò)取冗余處理后得到了226行,11列的數(shù)據(jù)。 第一個(gè)疑問(wèn),如何從pd$characteristics_ch1這一列中提取...
缺失值可視化 1.在GEO數(shù)據(jù)挖掘過(guò)程中,有時(shí)取子集會(huì)導(dǎo)致生成的子集都是NA。那么是因?yàn)榇a寫(xiě)錯(cuò)了,或者數(shù)據(jù)類型沒(méi)搞清,還有一種情況就是,數(shù)據(jù)集明明只有5行,可是你卻要取出第...
軌跡分析系列: 單細(xì)胞之軌跡分析-1:RNA velocity[http://www.itdecent.cn/p/ee0f7a8e6a06] 擬時(shí)間序列分析(Pseudot...