文章來源：生信技能樹原文：GEO數(shù)據(jù)挖掘-第一期-膠質(zhì)母細胞瘤（GBM）文章標題 lncRNAs PVT1 and HAR1A are prognosis biomarker...
發(fā)簡信
IP屬地：湖南
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GEO數(shù)據(jù)挖掘-第一期-膠質(zhì)母細胞瘤（GBM）
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學習方案：如何才能入門生信？按我前面文章繼續(xù)反思：如何才能入門生信？中提到的學習方案執(zhí)行。 總的方案： 孟老師推薦關(guān)于最后一部分的四大切入點，最后是把幾個不同的Seq的過程細節(jié)都了解一下。 第一部分：l...
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免疫細胞組分 免疫基因 PD1 免疫治療biomarker
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整合轉(zhuǎn)錄組學、蛋白質(zhì)組學、糖組學和糖蛋白質(zhì)組學來表征乳腺癌細胞對紫杉醇的耐藥性PMID: 34000456DOI: 10.1016/j.jprot.2021.104266 摘要 化療耐藥是導致乳腺癌（BC）復發(fā)和癌癥相關(guān)死亡率高的主要因素。聚糖的異常水...
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01.單細胞入門-Seurat對象創(chuàng)建單細胞測序下游原始文件主要以三種形式在GEO存儲 針對三種不同的存儲形式分別對應不同的seurat對象創(chuàng)建方式 1.以標準的barcodes.tsv、genes.tsv、ma...
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單細胞108篇文獻解讀之11---SCENIC: 單細胞RNA-seq數(shù)據(jù)推斷基因調(diào)控網(wǎng)絡和細胞功能聚類目前單細胞轉(zhuǎn)錄組領(lǐng)域用的比較多的細胞聚類方法大多是直接從基因表達矩陣推斷，但是對于多樣本合并分析，很多情況下會出現(xiàn)難以解決的批次效應，例如：有些癌癥多樣本的聚類結(jié)果大多每個樣...
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@千容安 是正常的，代碼也沒問題謝謝，解決了
TCGA數(shù)據(jù)挖掘
下載流程 數(shù)據(jù)較多時，用gdc-client，下載后配置環(huán)境變量 將之前manifest下載的txt文件找到：“gdc_manifest_20220119_144759.tx...
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TCGA臨床數(shù)據(jù)的提取TCGA臨床數(shù)據(jù)的下載這里不做介紹。下載后解壓數(shù)據(jù)會得到包含多個子文件夾的的文件，如下所示： 每個子文件夾下通常包含XML文件，有的也會包含多個文件。但我們需要用到的就是XM...
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求問，數(shù)據(jù)融合那一步融合allsamplerawcounts為空表怎么辦啊??
TCGA數(shù)據(jù)挖掘
下載流程 數(shù)據(jù)較多時，用gdc-client，下載后配置環(huán)境變量 將之前manifest下載的txt文件找到：“gdc_manifest_20220119_144759.tx...
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TCGA數(shù)據(jù)挖掘下載流程 數(shù)據(jù)較多時，用gdc-client，下載后配置環(huán)境變量 將之前manifest下載的txt文件找到：“gdc_manifest_20220119_144759.tx...
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GEO數(shù)據(jù)挖掘用dat[ids$probe_id,] 取子集都是NA，該咋辦
GSE44077 數(shù)據(jù)集是GSE44077，pd信息經(jīng)過取冗余處理后得到了226行，11列的數(shù)據(jù)。 第一個疑問，如何從pd$characteristics_ch1這一列中提取...
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缺失值NA并不可怕,只要了解它缺失值可視化 1.在GEO數(shù)據(jù)挖掘過程中，有時取子集會導致生成的子集都是NA。那么是因為代碼寫錯了，或者數(shù)據(jù)類型沒搞清，還有一種情況就是，數(shù)據(jù)集明明只有5行，可是你卻要取出第...
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單細胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實操軌跡分析系列： 單細胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.itdecent.cn/p/ee0f7a8e6a06] 擬時間序列分析（Pseudot...
