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基因家族分析（一）軟件的準(zhǔn)備
基因家族分析軟件安裝指南 在基因家族分析的世界里，軟件安裝是開(kāi)啟探索之旅的第一步。準(zhǔn)備好迎接挑戰(zhàn)了嗎？讓我們一起開(kāi)始吧！ 第一章：基因家族分析軟...
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GWAS-eQTL的共定位分析GWAS-eQTL的共定位分析，聽(tīng)起來(lái)是不是很高大上。當(dāng)時(shí)自己也是不太清楚，還到處找教程，腳本什么的。但是都無(wú)果，好不容易找到一個(gè)，折騰了半天安...
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MatrixEQTL-----eQTL分析
好久沒(méi)有發(fā)簡(jiǎn)書(shū)了，去學(xué)習(xí)新技術(shù)新知識(shí)去了，實(shí)在是沒(méi)有時(shí)間??！現(xiàn)在有點(diǎn)時(shí)間，記錄分享一下新知識(shí)~這段時(shí)間也是被這個(gè)eQTL搞得很頭疼，現(xiàn)在終于弄出...
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chopper---過(guò)濾和質(zhì)控你的測(cè)序reads
有些時(shí)候，我們得到的測(cè)序reads，長(zhǎng)度超過(guò)了測(cè)序平臺(tái)的最長(zhǎng)測(cè)序量或者說(shuō)長(zhǎng)度太短了不利于進(jìn)行后續(xù)的組裝，例如：HiFi測(cè)序一般在15kb~20k...
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hicPro+EndHiC(二)染色體掛載
EndHic 想比較HiC-Pro，EndHic的安裝就簡(jiǎn)單很多，就是下載即可用 EndHiC的安裝 要用到的腳本都在文件夾下，直接調(diào)用就行 怎...
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怎么去進(jìn)行基因組的組裝有很多伙伴，都在進(jìn)行基因組的組裝，但是具體需要干什么，從什么地方開(kāi)始，下一步又應(yīng)該做什么?并不是很了解。我用下面一份流程圖來(lái)簡(jiǎn)單的說(shuō)一下，整個(gè)基...
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hicPro+EndHiC(一)染色體掛載
使用hicPro+EndHiC兩個(gè)軟件，對(duì)我們組裝得到的contig數(shù)據(jù)進(jìn)行染色體的掛載，得到我們所需要的scaffold水平的基因組文件。首先...
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flye的使用（基因組組裝）
軟件介紹 Flye 是一種用于單分子測(cè)序讀數(shù)（如 PacBio 和牛津納米孔技術(shù)公司生產(chǎn)的讀數(shù)）的從頭組裝器。它適用于各種數(shù)據(jù)集，從小型細(xì)菌項(xiàng)目...
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HiCUP(Hi-C User Pipeline)軟件介紹 HiCUP是一個(gè)處理由Hi-C和捕獲Hi-C（Capture Hi-C，CHi-C）產(chǎn)生的測(cè)序數(shù)據(jù)的流程，用于對(duì)HiC數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)控（Q...