在生成raw vcf后，進行SNP和indel提取，便于后續(xù)分析。GATK4——gVCF轉(zhuǎn)VCF - 簡書 (jianshu.com)[https://www.jianshu...
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GATK4 SelectVariants ——vcf文件提取SNP和indel
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GWAS-eQTL的共定位分析GWAS-eQTL的共定位分析，聽起來是不是很高大上。當(dāng)時自己也是不太清楚，還到處找教程，腳本什么的。但是都無果，好不容易找到一個，折騰了半天安裝了R包，只能做人類的?。?！當(dāng)...
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MatrixEQTL-----eQTL分析
好久沒有發(fā)簡書了，去學(xué)習(xí)新技術(shù)新知識去了，實在是沒有時間??！現(xiàn)在有點時間，記錄分享一下新知識~這段時間也是被這個eQTL搞得很頭疼，現(xiàn)在終于弄出來，記錄記錄！ Matrix ...
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物種間共線性圖參考：https://blog.csdn.net/u012110870/article/details/102804593http://www.itdecent.cn/p/...
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GWAS分析 (一)接觸全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）已經(jīng)一年半有余，從剛開始對GWAS的全然無知到現(xiàn)在慢慢了解，越來越能體會到這項技術(shù)的了不起。同時，越來越多的科研工作者也在使用這項技術(shù)，然后就...
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R語言實現(xiàn)蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)——PPI可以用網(wǎng)頁版做，但有上限2000個基因的限制。所以今天開發(fā)一下怎么用R飛一波。 1. 下載STRING數(shù)據(jù)庫中蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò) 2. 下載Uniprot ID轉(zhuǎn)換文件 打開...
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把基因畫在染色體上之前有一次，我導(dǎo)說“能不能把這些基因按順序畫在果蠅的染色體上”，因此，我尋找了一些實現(xiàn)這個需求的方法。經(jīng)過一番奇奇怪怪的操作之后，最終用ggplot2畫了。。。其它方法簡單地...
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