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發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：重慶
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【基因組預(yù)測(cè)】braker2基因結(jié)構(gòu)注釋要點(diǎn)記錄記錄下braker2的使用要點(diǎn)，以備忘記。 流程使用 braker2有很多流程，根據(jù)你的數(shù)據(jù)：組裝的基因組、轉(zhuǎn)錄組、蛋白（同源，包括近緣或遠(yuǎn)緣）選擇不同流程，官網(wǎng)有說(shuō)明：ht...
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使用BRAKER2進(jìn)行基因組注釋
使用BRAKER2進(jìn)行基因組注釋 BRAKER2是一個(gè)基因組注釋流程，能夠組合GeneMark，AUGUSTUS和轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。 在使用軟件之前，有幾點(diǎn)需要注意下 盡量提供高質(zhì)...
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braker2注釋流程
一： 軟件安裝 由于BRAKER2: 依賴AUGUSTUS 3.3, GeneMark-EX 4.33, BAMTOOLS 2.5.1, NCBI BLAST+ 2.2.31...
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QQ：28720864
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全網(wǎng)同名
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生信log22|CGviewer升級(jí)啦-交互式操作畫基因組Circos圈圖（使用和評(píng)價(jià)）用Circos華麗地展現(xiàn)基因組信息，能給論文的錦上添花。很多做基因組分析的文章必有一個(gè)點(diǎn)就是展示基因組的圈圖，目前的去比較好實(shí)現(xiàn)這種可視化的一般依靠perl語(yǔ)言（最原始的版本...
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EVM 對(duì)預(yù)測(cè)結(jié)果進(jìn)行整合
從頭預(yù)測(cè)，同源注釋和轉(zhuǎn)錄組整合都會(huì)得到一個(gè)預(yù)測(cè)結(jié)果，EVidenceModeler(EVM) 可以對(duì)上述結(jié)果進(jìn)整合 軟件安裝 使用流程 所需數(shù)據(jù) gene_predictio...
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使用TEclass對(duì)TE一致性序列進(jìn)行分類軟件安裝 軟件地址在http://www.compgen.uni-muenster.de/tools/teclass/index.hbi?, 由于TEclass這個(gè)軟件已經(jīng)許...
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「基因組注釋」使用RepeatModeler從頭注釋基因組的重復(fù)序列
RepeatModeler可用來(lái)從頭對(duì)基因組的重復(fù)序列家族進(jìn)行建模注釋，它的核心組件是RECON和RepatScout。 使用方法 以擬南芥的參考基因組為例，假設(shè)基因組的名字...
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給裝不上PASA的人的一劑良藥
筆者試了幾天，死活裝不上PASA，幾乎絕望了，幸好在PASA的官網(wǎng)上發(fā)現(xiàn)可以用docker來(lái)安裝，太高興了。貌似國(guó)內(nèi)沒(méi)有教程，寫一下吧。官方鏈接在此[https://gith...
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基于PASA進(jìn)行基因預(yù)測(cè)
PASA[http://pasa.sourceforge.net/], acronym for Program to Assemble** S**pliced Alignme...
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利用MITE-Hunter鑒別基因組MITE序列一：安裝依賴軟件 NCBI BLAST（是blast不是blast+哦）下載地址： https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executable...
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非模式生物重復(fù)序列注釋 RepeatModeler2+RepeatMasker4首先安裝RepeatModeler2,RepeatMasker4建議直接去官網(wǎng)下載，解壓安裝。同時(shí)安裝其他包。安裝流程這里不詳細(xì)介紹了，網(wǎng)上有很多。 假設(shè)現(xiàn)在已經(jīng)安裝完畢，并...
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「基因組注釋」MITE-Hunter鑒別基因組的MITE序列背景篇 MITE屬于II類非自主轉(zhuǎn)座因子，并且在真核生物中存在大量的拷貝。 MITE長(zhǎng)度大約是500bp，并且擴(kuò)增速度非?？?。2013年一篇發(fā)表在NAR的文章"P-MITE:...
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生信，統(tǒng)計(jì)，人工智能<br><br>EasyGene<br><br>歡迎關(guān)注！
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TRF (Tandem Repeat Finder) 搜尋串聯(lián)重復(fù)序列官網(wǎng)：http://tandem.bu.edu/trf/trf.html[http://tandem.bu.edu/trf/trf.html] 一、安裝 conda一鍵安裝 ...
