ncbi的sra文件轉(zhuǎn)換為雙端數(shù)據(jù)
DNA甲基化數(shù)據(jù)分析全流程2021-01-01 更新 簡單記錄一下平時(shí)的分析過程 和RNA-seq前期流程類似 -- 質(zhì)控、去接頭、比對參考基因組、排序 后期就是要提取甲基化位點(diǎn)，包括CpG、CHG、...
IP屬地：云南
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根據(jù)突變速率進(jìn)行EDTA結(jié)果的LTR插入時(shí)間換算
EDTA是一個(gè)非常好的轉(zhuǎn)座子注釋流程，并且它有一個(gè)功能是可以根據(jù)突變速率推算LTR插入時(shí)間。然而，這個(gè)軟件如果不設(shè)置參數(shù)--u的話，會(huì)使用禾本科的默認(rèn)插入時(shí)間1.3e-8來計(jì)...
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平常做點(diǎn) ?珍珠翡翠白玉湯? 你要是不介意的話也來一碗嘗嘗~<br><br>裝逼的戴著R形狀的戒指??<br>牽著??/?? 駱駝慢悠悠的逛街<br>后來碰到了一條蛇??纏著我不放<br><br>??____???3??_???3???3______?? ??____<br><br>那好吧，都一起來，跟著我種白菜吧！<br>╪=╪=╪=╪=╪=╪=╪=╪=╪=╪=╪<br>╪ ?? ???? ?? ?? ?? ?? ?? |<br>╪ ?? ?? ?? ???? ?? ?? ?? |<br>╪ ?? ?? ?? ???? ?? ?? ?? |<br>╪=╪=╪=╪=╪=╪=╪=╪=╪=╪=╪<br><br>
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IGV腳本批量截圖IGV腳本批量截圖 IGV（Integrative Genomics Viewer）是一款本地即可使用的基因組瀏覽器。我們常常用它來查看一些位點(diǎn)或者區(qū)域的變化。在一些文章的附...
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TEtranscripts--計(jì)算轉(zhuǎn)座子(TEs)在RNA-seq中的定量和差異表達(dá)
寫在前面，最近為了解決這個(gè)問題，看了很多軟件，要么是單細(xì)胞技術(shù)，要么是物種限制，總之花了挺多時(shí)間。本來打算使用SQuIRE，但是卡在了BUILD_refGene.txt(基因...
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生信分析22：完整的轉(zhuǎn)座子注釋流程本次推送是文獻(xiàn)分享22的對應(yīng)內(nèi)容。我與生信，公眾號(hào)：我與生信文獻(xiàn)分享22：泛基因組解析柑橘亞科進(jìn)化以及柑橘果實(shí)中檸檬酸積累的關(guān)鍵基因[http://mp.weixin.qq....
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入門必看 | 深度解析長末端重復(fù)反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子（LTR-RTs）（轉(zhuǎn)發(fā)）入門必看 | 深度解析長末端重復(fù)反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子（LTR-RTs） 諾禾致源[http://www.itdecent.cn/u/ee00dc6faab7]已關(guān)注 0.54220...
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TE的鑒定轉(zhuǎn)座子鑒定方法 轉(zhuǎn)座子的鑒定方法基本歸于兩大類：從頭預(yù)測、基于同源比對。 從頭預(yù)測算法 de novo 包括：基于基因組序列比對的方法、K-mer 方法、基于結(jié)構(gòu)特征的方法基...
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菜雞
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MAF文件格式
參考：UCSC中對數(shù)據(jù)格式的說明[https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format5]本文所描述的是用于記錄序列多重比對信息...
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蘭州大學(xué)在讀博士<br><a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fgithub.com%2FMorriyaty" target="_blank">https://github.com/Morriyaty</a>
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作者有試過這個(gè)腳本么？??
根據(jù)基因組以及gff3文件提取4dtv位點(diǎn)
現(xiàn)在很多文章都關(guān)注4dtv位點(diǎn)，小編接下來分享下根據(jù)基因組以及gff3提取所有基因的4dtv位點(diǎn)的perl腳本： 運(yùn)行程序： 注：該腳本小編不知道來源幾何，雖在此分享，若有侵...
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小江同學(xué)
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根據(jù)基因組以及gff3文件提取4dtv位點(diǎn)
現(xiàn)在很多文章都關(guān)注4dtv位點(diǎn)，小編接下來分享下根據(jù)基因組以及gff3提取所有基因的4dtv位點(diǎn)的perl腳本： 運(yùn)行程序： 注：該腳本小編不知道來源幾何，雖在此分享，若有侵...
