小弟讀過兩年書，塵世中一個迷途小書僮<br><br>歡迎訪問: <a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fthereallda.github.io%2F" target="_blank">https://thereallda.github.io/</a>
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R | RStudio-server 常用管理命令RStudio-server合集R | RStudio-server 安裝[http://www.itdecent.cn/p/fc944bd4e925]R | RStudi...
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手把手教你單細(xì)胞測序分析實戰(zhàn)1、數(shù)據(jù)讀?。?以GSE106273為例： 下載三個combined文件，修改文件名：Matrix文件改為“matrix.mtx.gz”（這個文件是對基因的表達(dá)量），gene...
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2020-06-04 一寸，二寸照片的處理
2寸尺寸為5.3x3.5,1寸尺寸為3.5x2.5，單位是cm 最好拍照的時候拍好，注意穿衣服的顏色，背景墻的顏色，坐姿及拍照姿勢這些，否則后期會非常麻煩。 怎樣通過PS將一...
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聚焦「 數(shù)據(jù)科學(xué) | 深度學(xué)習(xí) | 生命科學(xué) | Python | 機器學(xué)習(xí) 」等前沿交叉學(xué)科，定期分享理論教程與應(yīng)用實踐等。
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IMvigor210CoreBiologies中DESeq包安裝體會最近想研究一下IMvigor210 cohort，生信技能樹已經(jīng)把指南寫得很清楚了IMvigor210CoreBiologies包安裝指北 (qq.com)[https://...
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從reads counts手動計算TPM------------------------------------TPM 定義---------------------------------------------...
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論文日鑒9--機器深度學(xué)習(xí)增讀LCE LCE：一個結(jié)合了隨機森林和XGBoost優(yōu)勢的新的集成方法 - 知乎 (zhihu.com)[https://zhuanlan.zhihu.com/p/521172...
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TCGA-Sample Type Codes等基礎(chǔ)信息https://begin4learn.gitbooks.io/note-of-cancer-tcga-data-analysis/content/Tools/TCGACod...
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TCGA數(shù)據(jù)下載與ID轉(zhuǎn)換教程 https://www.sci666.com.cn/45780.html
GENCODE：https://www.gencodegenes.org/
Homo_sapiens.GRCh38.99.chr.gtf.gz：http://ftp.ensembl.org/pub/release-99/gtf/homo_sapiens/
GEPIA2詳解（中國智造-腫瘤數(shù)據(jù)庫）：https://www.sci666.com.cn/46658.html2022-04-25 TCGA下載(XENA)、ID轉(zhuǎn)化等問題
預(yù)后信息下載可使用：Curated版本（在TCGA下面），表達(dá)矩陣可使用GDC版本的FPKM（在GDC）下面（如TCGA-LUAD.htseq_fpkm.tsv.gz，實際下...
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2022-04-25 GSVA相關(guān)
GSVA的運行注意事項如果是芯片的數(shù)據(jù)是需要對數(shù)據(jù)進(jìn)行過濾的，可以參考下面的測試數(shù)據(jù)代碼，或者看官方的文檔GSVA本身提供了三個算法，一般使用默認(rèn)的算法就可以了對于RNA-s...
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參考：
讀取大文件（如Xena數(shù)據(jù)的pancancer）和選擇性讀取某些列：
http://www.itdecent.cn/p/337d7939c3b7
ensembl_id轉(zhuǎn)換之兩種方法比較（利用數(shù)據(jù)庫的注釋文件或org.Hs.eg.db包）：
http://www.itdecent.cn/p/3c290fee634f
怎么實現(xiàn)ID轉(zhuǎn)換http://www.itdecent.cn/p/98dd5b704105
參考基因組及注釋文件下載：
轉(zhuǎn)錄組直播課學(xué)習(xí)：第三天
http://www.itdecent.cn/p/718160ca94932022-04-25 TCGA下載(XENA)、ID轉(zhuǎn)化等問題
預(yù)后信息下載可使用：Curated版本（在TCGA下面），表達(dá)矩陣可使用GDC版本的FPKM（在GDC）下面（如TCGA-LUAD.htseq_fpkm.tsv.gz，實際下...
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2022-04-25 TCGA下載(XENA)、ID轉(zhuǎn)化等問題
預(yù)后信息下載可使用：Curated版本（在TCGA下面），表達(dá)矩陣可使用GDC版本的FPKM（在GDC）下面（如TCGA-LUAD.htseq_fpkm.tsv.gz，實際下...
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人基因組在NCBI、UCSC、ENSEMBL、GENCODE、千人基因組等各數(shù)據(jù)庫的版本對應(yīng)1、人基因組在NCBI、UCSC、ENSEMBL、GENCODE數(shù)據(jù)庫的版本對應(yīng) 在用到人基因組相關(guān)信息時，經(jīng)常用到的數(shù)據(jù)庫有NCBI、UCSC、ENSEMBL。 NCBI的...
