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R語(yǔ)言生存分析03-Cox比例風(fēng)險(xiǎn)模型作者：白介素2相關(guān)閱讀：[R語(yǔ)言生存分析03-Cox比例風(fēng)險(xiǎn)模型]R語(yǔ)言生存分析-02-ggforestR語(yǔ)言生存分析-01ggpubr-專為學(xué)術(shù)繪圖而生（二）ggstats...
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R語(yǔ)言 畫(huà)生存曲線圖做生存分析菜鳥(niǎo)終于做到生存分析了。 首先準(zhǔn)備好你的數(shù)據(jù)，數(shù)據(jù)最重要的兩大要點(diǎn)：1要有生存時(shí)間time2要有事件的狀態(tài) 截尾or死亡 看一下我準(zhǔn)備的數(shù)據(jù) head(d)ID time s...
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RobustRankAggreg分析胃癌差異基因目的：下載GSE19826、GSE33335、GSE56807、GSE63089這四個(gè)GSE數(shù)據(jù)集，分別在每個(gè)數(shù)據(jù)集里求出差異表達(dá)基因，最后用RobustRankAggreg...
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GEO/TCGA數(shù)據(jù)是否需要標(biāo)準(zhǔn)化的問(wèn)題一.對(duì)于芯片數(shù)據(jù)： GEO中的Series Matrix File(s)通常是經(jīng)過(guò)了標(biāo)準(zhǔn)化和對(duì)數(shù)轉(zhuǎn)換的數(shù)據(jù)，但是不是所有的都是 具體判斷方法： 表達(dá)量是否需要重新標(biāo)準(zhǔn)化： 可...
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R語(yǔ)言畫(huà)韋恩圖的一個(gè)小例子~ggvenn韋恩圖是用來(lái)展示不同組數(shù)據(jù)間交集和差異的一種可視化方法。比如我們有三組數(shù)據(jù)，分別是A，B，C。A里的數(shù)據(jù)是1,2,3。B里的數(shù)據(jù)是2,3,4。C里的數(shù)據(jù)是3,4,5,。那么A...
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GEO數(shù)據(jù)挖掘小嘗試：（一）尋找共同差異基因在使用Bioconductor 分析芯片數(shù)據(jù)（一）中我們使用的是芯片的原始數(shù)據(jù)（即*.cel文件）進(jìn)行分析，但在大部分情況下我們是可以利用GEO數(shù)據(jù)庫(kù)中已有的表達(dá)矩陣來(lái)進(jìn)行數(shù)...
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GEO數(shù)據(jù)庫(kù)：GEO2R的簡(jiǎn)單使用今天聽(tīng)了一節(jié)關(guān)于GEO數(shù)據(jù)庫(kù)的課，GEO是什么，又是一頭霧水，強(qiáng)迫基因受環(huán)境影響出現(xiàn)短暫的表達(dá)，趕緊搜索了解下，GEO（Gene Expression Omnibus dat...
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喜歡寫(xiě)代碼的外科醫(yī)生。
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GO，KEGG，DO富集分析這是我聽(tīng)B站鯪魚(yú)不會(huì)飛視頻（GO，KEGG，DO富集分析）里的筆記哦~當(dāng)然有的地方加上的是我自己的理解，如果哪里和視頻上講的不一樣那是我自己發(fā)揮的，自行忽略.... 市面上公...
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TCGA 02 不同數(shù)據(jù)DEG結(jié)果取交集火山圖及韋恩圖展示1. 三個(gè)數(shù)據(jù)集差異基因火山圖（每10個(gè)腫瘤和正常組織樣本） 導(dǎo)入表達(dá)矩陣，選擇NT組的前10和TP組的前10個(gè)樣本進(jìn)行差異分析 繪制第一個(gè)火山圖 選擇NT組的11-20和T...
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基因表達(dá)分析（上）- 差異表達(dá)分析基因表達(dá) 什么是基因表達(dá)，如下是來(lái)自于維基百科的解釋： 研究方法 定量PCR 這部分我不太懂，所以就放幾段百度百科和維基百科的定義。 百度百科 定量PCR（即時(shí)聚合酶鏈鎖反應(yīng)...
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數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化.歸一化處理
數(shù)據(jù)的標(biāo)準(zhǔn)化 在數(shù)據(jù)分析之前，我們通常需要先將數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化（normalization），利用標(biāo)準(zhǔn)化后的數(shù)據(jù)進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化也就是統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)的指數(shù)化。數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化處理主...
