最近打算把一部分的為知筆記中的筆記遷移到語(yǔ)雀中，遷移過(guò)程中發(fā)現(xiàn)為知筆記中非markdown的筆記另存的格式（htm,PDF等）都無(wú)法正常導(dǎo)入到語(yǔ)雀中，摸索了兩種方法解決。 方...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：黑龍江
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為知筆記遷移到語(yǔ)雀筆記 -
GFF3 轉(zhuǎn)GTF文件在單細(xì)胞cellranger軟件建庫(kù)的時(shí)候必須要用GTF文件，但是有時(shí)候有些基因組只有GFF，這時(shí)候就需要轉(zhuǎn)換一下格式。 1、GTF的格式類(lèi)型 GTF3 (9 feature...
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需要你看下變量里面具體的名稱(chēng)，這里只是示例哈，
names(p@top_annotation@anno_list)
names(p@left_annotation@anno_list)Complexheatmap::pheatmap繪圖字體設(shè)置
ComplexHeatmap是一個(gè)很好用的繪制熱圖的R包。這篇文章主要介紹Complexheatmap::pheatmap繪圖字體設(shè)置。在原函數(shù)中沒(méi)有設(shè)置字體的參數(shù)。查看有關(guān)...
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看報(bào)錯(cuò)的提示，是不是因?yàn)槟愕臄?shù)據(jù)是多層數(shù)據(jù)？可能需要檢查下數(shù)據(jù)的結(jié)構(gòu)，看下是不是要先合并下
seurat V5升級(jí)：一些常見(jiàn)報(bào)錯(cuò)
1、數(shù)據(jù)在不同環(huán)境中的兼容情況 目前V5版本的環(huán)境可以兼容V3版本的數(shù)據(jù)，但是V3環(huán)境中導(dǎo)入V5環(huán)境會(huì)報(bào)錯(cuò)（缺依賴(lài)包）。目前有兩種方式新建R對(duì)象數(shù)據(jù)CreateSeuratO...
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singularity環(huán)境變量
參考： https://docs.sylabs.io/guides/3.7/user-guide/environment_and_metadata.html[https://...
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R代碼性能監(jiān)控之前買(mǎi)的張丹的R極客理想的這本書(shū)想起來(lái)有R性能監(jiān)控這部分的內(nèi)容，學(xué)習(xí)了下。 1、Rprof 首先是R自帶的Rprof包，不需要安裝，直接導(dǎo)入即可 by.self: 這部分顯示...
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處理非可見(jiàn)字符參考： https://www.asciitable.com/[https://www.asciitable.com/] https://xdays.me/%E5%A4%84...
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SGE中qsub qstat的一些批量處理
這里我是使用的我另一篇文章中的function的方法，把代碼加到環(huán)境變量中。 linux alias創(chuàng)建別名及創(chuàng)建帶參數(shù)的別名（bash function[https://w...
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Pycharm的一些常用設(shè)置1、查看本地文件編輯歷史（可回退） 首先點(diǎn)擊需要查看的文件，然后在File / Local History / Show History進(jìn)行查看，可以看到自己編輯的歷史，還可...
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富集分析clusterProfiler包新加數(shù)據(jù)庫(kù)（已有庫(kù)安裝）
富集分析的常用包c(diǎn)lusterProfiler，一般都是安裝人和小鼠的數(shù)據(jù)庫(kù)來(lái)進(jìn)行分析注釋。這篇文章將介紹一下非人鼠的物種如何安裝目前支持的數(shù)據(jù)庫(kù)。OrgDb目前有20個(gè)物種...
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seurat v5整合步驟報(bào)錯(cuò)處理
參考：https://satijalab.org/seurat/articles/seurat5_integration[https://satijalab.org/seur...
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seurat V5升級(jí)：一些常見(jiàn)報(bào)錯(cuò)1、數(shù)據(jù)在不同環(huán)境中的兼容情況 目前V5版本的環(huán)境可以兼容V3版本的數(shù)據(jù)，但是V3環(huán)境中導(dǎo)入V5環(huán)境會(huì)報(bào)錯(cuò)（缺依賴(lài)包）。目前有兩種方式新建R對(duì)象數(shù)據(jù)CreateSeuratO...
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Seurat V5升級(jí)：sketch-based分析后DotPlot圖報(bào)錯(cuò)解決最近在研究seurat v5的數(shù)據(jù)處理。測(cè)試的時(shí)候發(fā)現(xiàn)使用seurat v5包對(duì)大數(shù)據(jù)進(jìn)行sketch-based抽樣分析之后，后續(xù)使用DotPLit進(jìn)行繪圖的時(shí)候會(huì)報(bào)錯(cuò)： ...
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評(píng)論發(fā)不了，我私信你
My crochet designer軟件繪制編織圖解教程
當(dāng)【野生】織女們突然有個(gè)不錯(cuò)的idea的時(shí)候，往往也想像編織書(shū)里面一樣記錄一下自己的編織圖解，但是不知道怎么上手。我在網(wǎng)上也查了很多資料，介紹繪制編織圖解的文章的確鳳毛麟角。...
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不同來(lái)源的R包安裝
1、CRAN來(lái)源包安裝（install.packages） 這種方式是最常見(jiàn)的，可以一次安裝一個(gè)包或者多個(gè)包： 有時(shí)候需要安裝指定的版本，可以直接指定下載的url或者下載壓縮...
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My crochet designer軟件繪制編織圖解教程
當(dāng)【野生】織女們突然有個(gè)不錯(cuò)的idea的時(shí)候，往往也想像編織書(shū)里面一樣記錄一下自己的編織圖解，但是不知道怎么上手。我在網(wǎng)上也查了很多資料，介紹繪制編織圖解的文章的確鳳毛麟角。...
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空間信息在空間轉(zhuǎn)錄組中的運(yùn)用桑基圖在單細(xì)胞數(shù)據(jù)探索中的應(yīng)用[http://www.itdecent.cn/p/a7a6b8b11e3c]熱圖在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中的應(yīng)用[https://www.jians...
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嗯嗯，這里的width和height的設(shè)置其實(shí)可以看做是一個(gè)公式
Heatmap(mat, name = "mat",
width = ncol(mat)*unit(5, "mm"),
height = nrow(mat)*unit(5, "mm"))
參考截圖中的設(shè)置，這里的5其實(shí)就是cellwidth和cellheight的大小，可以調(diào)整的Complexheatmap::pheatmap圖cell尺寸設(shè)置
首先放出參考鏈接： https://jokergoo.github.io/2020/05/11/set-cell-width/height-in-the-heatmap/[h...
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shc加密shell腳本
1、下載安裝 2、加入環(huán)境變量及測(cè)試 3、結(jié)果使用 運(yùn)行完成后會(huì)在腳本同路徑下生成一個(gè)*.x和*.x.c，分別表示加密后的可執(zhí)行文件和可執(zhí)行文件的原文件（C語(yǔ)言）我們使用*....
個(gè)人介紹
生物信息學(xué)習(xí)
單細(xì)胞組學(xué)，空間組學(xué)，宏基因組，16S，多組學(xué)
愛(ài)好手工編織，縫紉，繪畫(huà)，旅行
單細(xì)胞組學(xué)，空間組學(xué)，宏基因組，16S，多組學(xué)
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