請(qǐng)問我跑roary時(shí)出現(xiàn)這樣的錯(cuò)誤：MSG: Got a sequence without letters. Could not guess alphabet。我通過排除法知道是哪一個(gè)基因組導(dǎo)致了這個(gè)錯(cuò)誤，但是我檢查了fasta文件該基因組沒有問題，請(qǐng)問是什么原因該怎么解決呢
核心基因提取：prokka、roary和TBtools的聯(lián)合運(yùn)用首先，下載好基因組的完成圖（自己的也行，只要確保測(cè)序質(zhì)量夠好），先用prokka注釋完獲得*.gff文件（批量可以參考我之前的文章用autoprokka執(zhí)行），將gff文件放...
@小白菜學(xué)生信 好滴，謝謝你，但是roary太慢了??
BPGA分析細(xì)菌泛基因組導(dǎo)讀 BPGA是Bacterial Pan Genome Analysis tool的簡(jiǎn)寫，16年發(fā)表的工具，17年最后一版更新，內(nèi)置KEGG COG數(shù)據(jù)（老了），依賴use...
博主你好，我的113個(gè)全基因組數(shù)據(jù)用BPGA可以正常運(yùn)行，但是當(dāng)數(shù)量多時(shí)（200多個(gè)），會(huì)報(bào)錯(cuò)提示：Illegal division by zero at /home/ylf/pangenome_tool/BPGA-1.3-linux-x86_64-0-0-0/BPGA-Version-1.3/lib/std/cavaexecscript/BPGA-Version-1.3.pl line 479, <FH2> line 4.
請(qǐng)問怎么解決呢
10-【BPGA】的安裝和使用安裝時(shí)間：2021.2.17 1. 簡(jiǎn)介 BPGA是一款快速的泛基因組分析軟件。似乎好像在windows上安裝較為方便。在Linux下沒有conda安裝版本，只能手動(dòng)進(jìn)行安裝...
博主你好，全基因組數(shù)量少時(shí)（幾十個(gè)），我的BPGA可以正常運(yùn)行，但是當(dāng)數(shù)量多時(shí)（200多個(gè)），會(huì)報(bào)錯(cuò)提示：Illegal division by zero at /home/ylf/pangenome_tool/BPGA-1.3-linux-x86_64-0-0-0/BPGA-Version-1.3/lib/std/cavaexecscript/BPGA-Version-1.3.pl line 479, <FH2> line 4.
請(qǐng)問怎么解決呢
BPGA分析細(xì)菌泛基因組導(dǎo)讀 BPGA是Bacterial Pan Genome Analysis tool的簡(jiǎn)寫，16年發(fā)表的工具，17年最后一版更新，內(nèi)置KEGG COG數(shù)據(jù)（老了），依賴use...
@大壞蛋HYB 好的謝謝你，這個(gè)我解決了，但是我的輸出文件里只有faa、fna、log和hmmer文件，沒有g(shù)ff和其他文件是為什么呢
autoprokka:使用prokka批量注釋autoprokka.py這個(gè)Python腳本可以方便地批量地使用prokka去進(jìn)行注釋，自動(dòng)按照輸入文件名去命名輸出文件，并且每個(gè)樣本單獨(dú)一個(gè)文件夾存放注釋后結(jié)果，.gff...
你好，修改第82行是直接執(zhí)行subprocess.call命令嗎?為什么我執(zhí)行后顯示command not found
autoprokka:使用prokka批量注釋autoprokka.py這個(gè)Python腳本可以方便地批量地使用prokka去進(jìn)行注釋，自動(dòng)按照輸入文件名去命名輸出文件，并且每個(gè)樣本單獨(dú)一個(gè)文件夾存放注釋后結(jié)果，.gff...
