整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析時用到的工具。本文只對使用的工具用法進(jìn)行簡單介紹。 deeptools 提供了computeMatrix命令以計算特定基因組...
發(fā)簡信
IP屬地：江蘇
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使用deeptools生成ChIP-seq信號熱圖與譜圖 -
軟件6 —— sambamba和picard
一、 基本介紹 (1) 關(guān)于PCR重復(fù)的問題 RNA-seq一般不去重復(fù)（起始量高，擴增數(shù)少；某些RNA表達(dá)量很高，導(dǎo)致該基因的reads的比對很可能出現(xiàn)一致的情況） Ch...
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2021-05-23 ChIP-seq數(shù)據(jù)從頭到尾比對及分析匯總（個人分析記錄貼）0_1 前言 有時間再詳細(xì)寫introduction。先把我分析數(shù)據(jù)的流程記錄下來，后續(xù)持續(xù)更新。 0_2 用到的軟件或腳本 測序數(shù)據(jù)質(zhì)控：fastp[https://git...
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ChIP-seq實踐(H3K27Ac,enhancer的篩選和enhancer相關(guān)基因的GO分析)在實踐之前，我先查找了一下有關(guān)組蛋白修飾的知識點：（參考文章：http://www.itdecent.cn/p/8aca72809c5c） 組蛋白修飾能預(yù)測染色質(zhì)的類型（異...
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ggplot2優(yōu)雅的自定義分面軸刻度本節(jié)來解釋如何使用ggh4x自帶的facetted_pos_scales( )來自定義分面圖形的軸刻度 加載R包 數(shù)據(jù)清洗 繪制分面折線圖 自定義軸刻度 喜歡的小伙伴歡迎關(guān)注...
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ggplot2||圖層添加陰影區(qū)域geom_rect/ribbon/area/abline/polygon/abline圖已經(jīng)做出來了！但是要突出某一區(qū)域，怎么辦？ geom_rect()/annotate(), geom_abline(),geom_ribbon(), geom_area()...
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當(dāng)小白遇到：參考基因組和基因組注釋1、啥是參考基因組和參考基因注釋？ 俗話說“大道至簡”，咱生物界表示：這我熟呀！君不見，我只用ATCG 四個堿基就能上天入地，外加海底兩萬里。嗯，沒毛?。?！自從 1990 啟...
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【數(shù)據(jù)庫>>PROMO】尋找啟動子的TF1.啟動子預(yù)測 1.1 UCSC Genome Browser 進(jìn)入UCSC Genome Browser在里面輸入目標(biāo)基因，如ENST00000438158.1。 出現(xiàn)這個...
