整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析時用到的工具。本文只對使用的工具用法進行簡單介紹。 deeptools 提供了computeMatrix命令以計算特定基因組...
發(fā)簡信
IP屬地：江蘇
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使用deeptools生成ChIP-seq信號熱圖與譜圖 -
軟件6 —— sambamba和picard
一、 基本介紹 (1) 關(guān)于PCR重復(fù)的問題 RNA-seq一般不去重復(fù)（起始量高，擴增數(shù)少；某些RNA表達量很高，導(dǎo)致該基因的reads的比對很可能出現(xiàn)一致的情況） Ch...
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2021-05-23 ChIP-seq數(shù)據(jù)從頭到尾比對及分析匯總（個人分析記錄貼）0_1 前言 有時間再詳細寫introduction。先把我分析數(shù)據(jù)的流程記錄下來，后續(xù)持續(xù)更新。 0_2 用到的軟件或腳本 測序數(shù)據(jù)質(zhì)控：fastp[https://git...
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ChIP-seq實踐(H3K27Ac,enhancer的篩選和enhancer相關(guān)基因的GO分析)在實踐之前，我先查找了一下有關(guān)組蛋白修飾的知識點：（參考文章：http://www.itdecent.cn/p/8aca72809c5c） 組蛋白修飾能預(yù)測染色質(zhì)的類型（異...
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ggplot2優(yōu)雅的自定義分面軸刻度本節(jié)來解釋如何使用ggh4x自帶的facetted_pos_scales( )來自定義分面圖形的軸刻度 加載R包 數(shù)據(jù)清洗 繪制分面折線圖 自定義軸刻度 喜歡的小伙伴歡迎關(guān)注...
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ggplot2||圖層添加陰影區(qū)域geom_rect/ribbon/area/abline/polygon/abline圖已經(jīng)做出來了！但是要突出某一區(qū)域，怎么辦？ geom_rect()/annotate(), geom_abline(),geom_ribbon(), geom_area()...
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當(dāng)小白遇到：參考基因組和基因組注釋1、啥是參考基因組和參考基因注釋？ 俗話說“大道至簡”，咱生物界表示：這我熟呀！君不見，我只用ATCG 四個堿基就能上天入地，外加海底兩萬里。嗯，沒毛?。?！自從 1990 啟...
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【數(shù)據(jù)庫>>PROMO】尋找啟動子的TF1.啟動子預(yù)測 1.1 UCSC Genome Browser 進入UCSC Genome Browser在里面輸入目標(biāo)基因，如ENST00000438158.1。 出現(xiàn)這個...
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一起學(xué)畫圖：散點圖+邊緣分布統(tǒng)計圖形-密度圖-直方圖-箱型圖-小提琴圖Part 1 ：散點圖+變量邊緣分布圖形 原文點我，感謝支持[https://mp.weixin.qq.com/s/5tCPZIdhpEeHUDyJqM1tqw] 許多文章的...
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您好，請問您關(guān)注過 -f BAMPE參數(shù)嗎？使用這個參數(shù)和只設(shè)置 --nomnodel結(jié)果有什么差異嗎？這兩個應(yīng)該都不建模型。BEDPE or BAMPE
A special mode will be triggered while the format is specified as BAMPE or BEDPE. In this way, MACS2 will process the BAM or BED files as paired-end data. Instead of building a bimodal distribution of plus and minus strand reads to predict fragment size, MACS2 will use actual insert sizes of pairs of reads to build fragment pileup.
The BAMPE format is just a BAM format containing paired-end alignment information, such as those from BWA or BOWTIE.生信 | ATAC-Seq基礎(chǔ)分析+高級分析+多組學(xué)分析
寫在前面 其實很多作者已經(jīng)探索的差不多了，相關(guān)腳本、教程也很多，但我還是自己系統(tǒng)的總結(jié)一下吧。有時候感覺是浪費時間，但是在寫的時候能發(fā)現(xiàn)并學(xué)習(xí)到很多新的知識，不斷記錄反思，也...
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您好，統(tǒng)計基因密度的時候gff3的$4需不需要減1 和bed格式統(tǒng)一？
生信 | circos文件準(zhǔn)備大全（以擬南芥為例）
一、寫在前面 扣扣群：559758504（目前無需驗證，一鍵即可加入） 如果你不想學(xué)，老板又催著要，你可以加群私聊我尋求幫助( $ _ $ )，但還是自己學(xué)，知識都是自己的。...
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MACS2 call peaks的統(tǒng)計學(xué)原理前言 作為表觀基因組的工具，MACS2是call peaks強而有力的工具，那么MACS call peak的基本統(tǒng)計學(xué)原理是上面呢？大至可以分為3步：1.設(shè)置滑動窗口；2....
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@jijitoutou 謝謝提醒。edgeR和DEseq2找DEG都是用count的，只是以前畫圖的時候糾結(jié)用哪個log2
RNA-Seq(9)：使用GSEA做GO/KEGG富集分析
如何看GSEA圖：https://zhuanlan.zhihu.com/p/636390497[https://zhuanlan.zhihu.com/p/636390497]...
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