你的dRep結(jié)果文件的figures中有沒有圖片損壞打不開的情況
dRep物種集去冗余drep可對基因組集去冗余，留下非冗余基因組集。從運行過程來看，先進行基因預測，然后用chekm做基因組質(zhì)控，也因此需要安裝配置checkm，去冗余基于ANI有關(guān)的參數(shù)。 文...
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完整度和污染度的參數(shù)設(shè)置有什么文獻或說法嗎？為啥是70和10
dRep物種集去冗余
drep可對基因組集去冗余，留下非冗余基因組集。從運行過程來看，先進行基因預測，然后用chekm做基因組質(zhì)控，也因此需要安裝配置checkm，去冗余基于ANI有關(guān)的參數(shù)。 文...
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@Asa12138 謝謝老哥解答，如果順序沒有影響我就用這個了，我之前在哪看過kneadata加reorder參數(shù)是為了后續(xù)的什么操作，可能是可視化方面的操作，我忘記了；我說的sam轉(zhuǎn)bam然后得到fastq是我在哪看到的可以通過samtools保證輸入輸出序列順序一致
Metagenomic workflow 宏基因組分析流程
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因為我之前用kneadata去宿主，我看教程的參數(shù)里有bowtie2的--reorder參數(shù)，而改用bowtie后，使用的--un-conc-gz得到的fastq文件，不知道對于后續(xù)的宏基因組分析有沒有什么影響，
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bowtie2有個reorder參數(shù)，如果用sam轉(zhuǎn)bam然后samtools再轉(zhuǎn)回fastq文件可以保證輸出序列和輸入序列順序一致，我沒有查到使用--un-conc-gz得到的這兩個fastq文件是不是也是按與輸入文件順序一致生成的，
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請問bowtie2去宿主，是使用--un-conc-gz產(chǎn)生的那兩個文件用于后續(xù)分析嗎？我看有人用sam文件然后去用samtools生成bam去做
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這個分箱完還需要加一步refineM去污染嗎
宏基因組最佳分箱工具Metabat2
導讀 Metabat是近幾年所有分箱工具中最受歡迎的工具（引用達460+）。 2019年發(fā)表在PeerJ上的新版Metabat2更是在完成度、效率等多方面均優(yōu)于Metabat...
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@Asa12138 謝謝老哥回復 ， 才看到，我之前是有一個菌一直kneaddata報錯，后來發(fā)現(xiàn)是傳數(shù)據(jù)丟了一部分導致fasta格式錯誤打不開 謝謝謝謝
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我看kneaddata里在進行完trimmomatic還進行了trf去除串聯(lián)重復，如果fastp不做trf這步會有影響嗎
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個人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問)
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我是先裝的ballgown,顯示要R4.2.3,然后裝其他軟件時顯示需要4.2.0, tidyverse是在R3.6上裝好的，有個1.7.12stringi是在r3.6時裝好的，結(jié)果新下載r版本裝tidyverse時還是顯示缺這個，但是怎么也裝不上了。不過已經(jīng)放棄在centos7上操作了，在windows上這些都可以在4.2.3上用，我是野生自學的，流程上寫的啥我就按照流程安裝軟件的
轉(zhuǎn)錄組上游分析教程 | 第一章 生信軟件的安裝
繼續(xù)Linux基礎(chǔ)的教程，該教程內(nèi)容是安裝生信分析軟件。 1.8 生信軟件的安裝 有root權(quán)限（可以使用yum或apt-get命令安裝） （推薦） 1.9 創(chuàng)建小環(huán)境進行分...
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KOG 注釋簡明指南寫在前面 午間，收到朋友求助，問及如何進行序列的 KOG 注釋...Emmm，這個可就太久遠了。事實上，無論是 COG 還是 KOG 數(shù)據(jù)庫，基本都沒怎么更新過。其中 KOG...
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上班后很現(xiàn)實的問題~并不簡單
1.工資6000-8000,基本上工資也就3000 -4000。 2.工資面議，工資-般都不高， 怕你看到工資少直接不來面試了。 3.公司不打卡，早上來得晚，晚上也走得晚。 ...
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ballgown需要在4.2.3版本的r下載的，genefilter需要在4.2.0版本下載，devtools在r3.6.0下載的，同一個流程怎么把這些軟件都用上呢？因為我在rstudio上切換到不同版本的r之后，對應的其他R版本下的軟件就顯示無了
轉(zhuǎn)錄組上游分析教程 | 第一章 生信軟件的安裝
繼續(xù)Linux基礎(chǔ)的教程，該教程內(nèi)容是安裝生信分析軟件。 1.8 生信軟件的安裝 有root權(quán)限（可以使用yum或apt-get命令安裝） （推薦） 1.9 創(chuàng)建小環(huán)境進行分...
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ballgown需要在4.2.3版本的r下載的，genefilter需要在4.2.0版本下載，devtools在r3.6.0下載的，同一個流程怎么把這些軟件都用上呢？因為我在rstudio上切換到不同版本的r之后，對應的其他R版本下的軟件就顯示無了，而rstudio同一時間只能連接一個R版本
WGCNA之labels2colors()
介紹 WGCNA官網(wǎng)教程第一部分的第二個腳本FemaleLiver-02-networkConstr-auto.R 中用到的labels2colors函數(shù)解讀 表達式：mod...
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ballgown需要在4.2.3版本的r下載的，genefilter需要在4.2.0版本下載，devtools在r3.6.0下載的，同一個流程怎么把這些軟件都用上呢？因為我在rstudio上切換到不同版本的r之后，對應的其他R版本下的軟件就顯示無了
轉(zhuǎn)錄組流程（Hisat2（略）+StringTie+ballgown）
我這里只是用了4個數(shù)據(jù)進行測試，分成兩組（隨意寫的，僅供測試，在ballgown可以看到）；hisat2比對后，samtools sort生成sort.bam，用于strin...
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轉(zhuǎn)錄組差異表達分析—ballgown
ballgown是一個差異表達分析RNA-Seq數(shù)據(jù)的R包 對數(shù)據(jù)的要求： 1. RNA-Seqreads應已比對到參考基因組上。 2.轉(zhuǎn)錄組應已經(jīng)組裝或下載參考轉(zhuǎn)錄組。 3...
