正態(tài)分布（Normal distribution），也稱“常態(tài)分布”，又名高斯分布在很多領域都是非常重要的概率分布，可以說在整個自然界都非常常見 簡單來說正態(tài)分布直方圖由柱形...
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手把手教你做正態(tài)分布直方圖 -
群體進化-GWAS分析
群體進化-gwas分析 群體進化基礎分析 PCA 分析原理PCA(Principal Component Analysis)，即主成分分析方法，是一種使用最廣泛的數(shù)據(jù)...
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【豆科基因組】大豆適應性位點GWAS分析[轉(zhuǎn)載]本文利用99085個高質(zhì)量SNP 通過STRUCTURE，PCA和neighbour-joining tree的群體結構分析將地方品種分為三個亞群，這些亞群表現(xiàn)出地理上的遺傳...
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R語言 改變列的名稱 change column names
利用colnames(df)獲取dataframe的所有列的名稱，之后的操作便在此基礎上展開 綜上可以看出，右側為列的新名稱字符串或者向量，左側的重點在于找到需要重命名的列的...
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使用qqman包繪制曼哈頓圖和QQ圖安裝并加載所需R包 基本數(shù)據(jù)格式：SNP名稱，所在染色體，SNP位置，Pvalue值 繪制曼哈頓圖 基本使用 常用參數(shù) 默認繪圖 繪制QQ圖 默認繪圖
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復現(xiàn)《nature communications》圖表（五）：GWAS曼哈頓圖和qq圖復現(xiàn)
NC文章的全基因組部分，關于GWAS的一些圖本來不想復現(xiàn)，但是看到近期很多文章包括單細胞總是會挖掘GWAS用于自己的研究，而小編負責的課題也涉及到這一部分，所以還是決定試一下...
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用R語言進行相關性分析：畫出散點圖、擬合線及標注相關系數(shù)和P值一. 讀取數(shù)據(jù) 因為我們一般自己錄的數(shù)據(jù)都是excel表格的，對于讀取excel，此處有一個小技巧 讀取excel方法 1.把excel文件另存為CSV文件 2.按照讀取cs...
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擬南芥自交植株雄性配子數(shù)量的適應性減少今天分享一篇來自nature communication上的文章，發(fā)表于今年6月份，題目為：Adaptive reduction of male gamete number ...
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GWAS - 基因型與表型的關聯(lián)分析流程這里介紹的SNP數(shù)據(jù)與單一表型的相關分析流程 一、準備plink文件 ped和map文件轉(zhuǎn)換為bed、fam、bim mydata為ped和map的文件名，不需要加后綴mak...
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仰望星空，腳踏實地
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波屯搬磚ing
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深夜有感
不知道，為什么，做什么事情結果總是和初衷不一樣，這個世界，有越來越多的表觀，每個人都披著外衣，課題組身邊的人，老師都是，只為了自己的利益，甚至失去做人的底線，不管怎么樣，不在...
