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端粒預(yù)測(cè) -
ragtag優(yōu)化組裝
使用前激活環(huán)境 conda activate ragtag_env 1.功能介紹 組裝改進(jìn) correct：基于同源性的組裝錯(cuò)誤校正。 scaffold：基于同源性的組裝支架...
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服務(wù)器CPU和內(nèi)存資源
1. 檢查CPU和內(nèi)存資源 # 查看CPU核心總數(shù)nproc# 或者lscpu | grep "CPU(s):" | head -1# 查看內(nèi)存總量free -h# 查看當(dāng)前...
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將短讀長貼到參考序列上
bwa index reference.fasta bwa mem reference.fasta reads_1.fq reads_2.fq > output.sam sa...
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幾個(gè)基因組組裝軟件1.PacBio HiFi長讀長測(cè)序技術(shù) 長讀長測(cè)序能夠檢測(cè)長度為1,000到20,000個(gè)堿基或更長的DNA（或RNA）片段。這些片段通常來自于“原生”分子，這些分子是直接...
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教你在linux系統(tǒng)安裝java——2分鐘極速版下載地址 Java Downloads | Oracle[https://www.oracle.com/java/technologies/downloads/#] 壓縮包上...
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測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量評(píng)估
1.覆蓋深度 mapping depth 基因組被測(cè)序片段（短讀 short reads）“覆蓋”的強(qiáng)度有多大？每一堿基的覆蓋率是基因組堿基被測(cè)序的平均次數(shù)。 基因組的覆蓋深...
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shell腳本統(tǒng)計(jì)reads數(shù)量和堿基數(shù)量
1.github下載命令 git clone 【網(wǎng)頁】 2.安裝miniconda wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ana...
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測(cè)序數(shù)據(jù)上傳SRA數(shù)據(jù)庫1.先創(chuàng)建一個(gè)bioproject submitter 2.選擇數(shù)據(jù)的類型 3.填寫采集樣品的名稱 4.第5、6、7項(xiàng)直接跳過
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NGS分析-二代測(cè)序結(jié)果分析一 NGS是什么 NGS（Next Generation Sequencing，下一代測(cè)序技術(shù)），又稱高通量測(cè)序，是相對(duì)于傳統(tǒng)的桑格測(cè)序（Sanger Sequencing）...
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linux命令大全-搬運(yùn)自生信技能樹
命令 1：last用于顯示用戶最近登錄信息，包括用戶名、登錄時(shí)間、登錄來源等信息 單獨(dú)執(zhí)行l(wèi)ast命令，將會(huì)讀取/var/log/wtmp的文件，并把該文件內(nèi)容記錄的登入系統(tǒng)...
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利用xshell7向服務(wù)器傳輸文件下載免費(fèi)版，郵箱注冊(cè)。 1.鏈接服務(wù)器 2.上傳下載數(shù)據(jù) ———————————————————————————————————— 寫在最后
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ggplot2繪制曲線圖
library('ggplot2') setwd("C:/bin") data <- read.table('result_pita_results.tab', sep="\...
個(gè)人介紹
用過很多軟件，都是現(xiàn)學(xué)現(xiàn)做，之后就忘記了?，F(xiàn)在強(qiáng)迫自己記錄下來，目前是在職生信工程師。