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mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測序從raw reads到表達(dá)矩陣：上中游分析pipelinemRNA-seq上中游分析需要用到Linux系統(tǒng)的terminal！ 盡管TCGA數(shù)據(jù)庫中已經(jīng)提供了大量的處理好的表達(dá)矩陣數(shù)據(jù)，但是無論是自身實(shí)驗(yàn)需要，還是從NCBI的GEO...
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RNA-seq(7): DEseq2篩選差異表達(dá)基因并注釋(bioMart)============================================寫在前面：可以參考另外一篇《得到差異基因后怎么做？[https://www.jians...
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收錄比較基因組學(xué)，進(jìn)化基因組學(xué)，群體基因組學(xué)，分子進(jìn)化，及相關(guān)領(lǐng)域的各類文章。特別地。由于是簡書，建樹的內(nèi)容當(dāng)然是必不可少了。 歡迎大家投稿
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使用modeltest-ng和raxml-ng構(gòu)建ML系統(tǒng)發(fā)育樹
雖然簡單，但絕對首發(fā)……該給自己的系統(tǒng)發(fā)育構(gòu)建流程升級了，新版本軟件不僅速度快，而且對用戶友好！ modeltest-ng 的速度是真的飛快！modeltest-ng 和 r...
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IQ-TREE最大似然法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹的神器IQ-TREE：最大似然法構(gòu)建精確、快速、靈活、廣泛的系統(tǒng)發(fā)育樹 IQ-TREE自2011年就已經(jīng)開發(fā)并開源，至今都有專業(yè)團(tuán)隊(duì)維護(hù)，其名字來源于IQPNNI和TREE-PUZ...
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如何對基因組序列進(jìn)行注釋基因組組裝完成后，或者是完成了草圖，就不可避免遇到一個問題，需要對基因組序列進(jìn)行注釋。注釋之前首先得構(gòu)建基因模型，有三種策略： 從頭注釋(de novo prediction...
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大愛洲更
「學(xué)轉(zhuǎn)錄組入門生信」第一周從環(huán)境配置開始
我們第一周目標(biāo)有三個: 熟悉Linux環(huán)境登錄服務(wù)器Linux基本命令PATH的意義 學(xué)習(xí)conda管理環(huán)境如何在conda中添加channel如何用conda安裝和卸載軟件...
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學(xué)習(xí)生物信息，我都應(yīng)該掌握那些內(nèi)容？持續(xù)更新ing.....最后更新時間：2019/3/8 10:28 AM 1.linux命令 1.1 linux的權(quán)限 權(quán)限： eg： 7=4+2+1 #代表w+r+x權(quán)限...
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Smart is the new Sexy
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CentOS 7 中firewall-cmd命令
如果你的系統(tǒng)上沒有安裝使用命令安裝安裝firewalld 防火墻yum install firewalld 開啟服務(wù)systemctl start firewalld.ser...
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conda的安裝與使用 2.0版（2022-08-12更新）有很多的生信軟件都可以通過conda安裝，省去了很多的安裝、修bug的煩惱。經(jīng)常是安裝到崩潰的軟件，conda一行命令就搞定了。前兩天有個胖友問我gatk 3.8的版本在哪里...
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2019-04-16簡單的利用R語言繪制進(jìn)化樹（模仿筆記） 必備軟件：treeio，ggtree。需要首先安裝Bioconductor，官方網(wǎng)址:http://www.bioconductor....
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2019-04-15PCA繪圖模仿筆記 PCA（Principal Component Analysis）是一種常用的數(shù)據(jù)分析方法。PCA通過線性變換將原始數(shù)據(jù)變換為一組各維度線性無關(guān)的...
