生信分析過程中的文件格式：除了原始測序數(shù)據(jù)fastq、fasta之外，還有基因組文件fasta格式，基因注釋文件gtf格式。在分析的過程中還會有眾多中間文件的生成，如bed、...
發(fā)簡信
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fastq、fasta、bed、gtf、gff、sam、bam生信分析常見文件格式查看 -
生信分析常用文件格式USSC上的文件格式匯總[https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format5.1] 1.BED 某些翻譯軟件可能翻譯為床文件...
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Cre-LoxP條件性基因編輯系統(tǒng)--學(xué)習(xí)筆記背景 Cre/LoxP系統(tǒng)來源于F1噬菌體，是非常經(jīng)典有效的基因編輯技術(shù)。 1. 什么是Cre Cre重組酶(cyclizationrecombination)，它是一種由3...
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CRISPR-Cas9基因敲除實驗步驟 Month 4 --可能的收官之帖（但還遠(yuǎn)未結(jié)束）我的CRISPR-Cas9基因敲除系列實驗推文好久沒更新了，中間遇到了不少問題，好在都算是一一解決了，細(xì)胞在今天早上也已經(jīng)送出去做測序驗證了，希望能有比較好的結(jié)果。今天將會把...
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一個基因組學(xué)研究生
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2021-07-14 文件讀取. 練習(xí)5-1打開csv test=read.csv("ex3.csv") 文件讀寫部分代碼 1.讀取ex1.txt 2.讀取ex2.csv 3.讀取soft.txt 4.soft 的行數(shù)...
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2021-07-13。R包的學(xué)習(xí)R程序包是多個函數(shù) 的合集，具有詳細(xì)的說明和示例。特定的分析功能，需要用相應(yīng)的程序包實現(xiàn)。 一、R包來源 1.CRAN網(wǎng)站：install.packages() 2. Bio...
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2021-07-12。向量練習(xí)和數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)入門向量練習(xí)和數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)入門 matrix 矩陣，只允許一種數(shù)據(jù)類型 data.fram 數(shù)據(jù)框，每列只允許一種數(shù)據(jù)類型 4.數(shù)據(jù)框取子集 dfscore) 按坐標(biāo) 6.數(shù)據(jù)框進階...
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2021-06-25一、網(wǎng)卡和IP地址的概念 網(wǎng)卡就像SIM卡 IP地址就像電話號碼，用于2臺電腦之間的聯(lián)絡(luò)ifconfig是用來查看計算機的當(dāng)前網(wǎng)卡配置信息 管道命令：前面命令的輸出結(jié)果當(dāng)成后...
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學(xué)習(xí)小組Day7筆記--向向剛好有在做相關(guān)seq的實驗，所以關(guān)于二代測序的原理看起來就比較容易理解。 但是關(guān)于數(shù)據(jù)的格式還是需要再打印下來，仔細(xì)研究研究。 寫在最后的話，謝謝花花和豆豆耐心的解答，帶我走...
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學(xué)習(xí)小組Day 6筆記——向向學(xué)習(xí)R包 一、安裝并加載R包 下載R包，不同的電腦可能不不一樣鏡像設(shè)置-安裝-加載（其中鏡像設(shè)置我好像沒有用上，直接就輸入下載的就下載成功了）我首先是傻傻的什么內(nèi)容都不告訴人...
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學(xué)習(xí)小組Day 5 筆記——向向今天晚上是我工作匯報，匯報完了趕緊回來學(xué)習(xí) 今天是學(xué)習(xí)數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu) 一、賦值 賦予這個變量一個數(shù)值（其實也不一定是數(shù)值，還可以是字符串/數(shù)據(jù)框等等）。 其實我的前幾個命令沒有按回...
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《學(xué)習(xí)小組Day 4 筆記- 向向》一. R包的安裝 從生信技能樹的‘史上最貼心R包安裝示范視頻’https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=22...
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《學(xué)習(xí)小組Day 3筆記-向向》確實是很新的新手，好多概念必須去了解，今天跟著視頻學(xué)習(xí)了一下基礎(chǔ)的概念image.png 今天的學(xué)習(xí)任務(wù)是linux環(huán)境下的軟件安裝 1. 首先登上服務(wù)器，準(zhǔn)備把軟件下載到/...
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學(xué)習(xí)小組Day3筆記--潘潘linux環(huán)境下的軟件安裝 下載linux的精華版應(yīng)用商店Miniconda Conda相當(dāng)于linux中的app store，Miniconda則是作為生信er的基本應(yīng)用商...
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Day-2 基礎(chǔ)命令的使用---向向今天的任務(wù)學(xué)起來是真心不簡單呢 一，基本命令 pwd:顯示當(dāng)前路徑 mkdir：創(chuàng)建你的空目錄 ls:顯示列表和文件 cd:接入一個目錄，表示進入該目錄 vi：新建腳本或者文...
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學(xué)習(xí)小組Day2筆記--潘潘linux的初識 虛擬機 之前看中國大學(xué)mooc上自學(xué)過一點linux系統(tǒng)，并且在自己的電腦上安裝了虛擬機，但是學(xué)完沒有再自己鉆研，linux命令也沒記住幾個，自己的電腦也帶...
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Day1 練習(xí)Markdown-----向向Day1 練習(xí)Markdown-----向向 一. 別級標(biāo)題 加“#” 1. 二零二一年 2. 六月 3. 十一號 4. 十九時 二. 粗體和斜體 ...
