那請教一下,F(xiàn)PKM的差異基因分析可以用edgeR么
理論 | 簡述RPKM,F(xiàn)PKM,TPM在高通量測序數(shù)據(jù)的分析中,僅僅靠raw read counts描述基因的表達(dá)量是遠(yuǎn)遠(yuǎn)不夠的。受限于測序過程中的技術(shù)因素影響,read counts對于基因表達(dá)量的反映存在一定...
那請教一下,F(xiàn)PKM的差異基因分析可以用edgeR么
理論 | 簡述RPKM,F(xiàn)PKM,TPM在高通量測序數(shù)據(jù)的分析中,僅僅靠raw read counts描述基因的表達(dá)量是遠(yuǎn)遠(yuǎn)不夠的。受限于測序過程中的技術(shù)因素影響,read counts對于基因表達(dá)量的反映存在一定...
加權(quán)基因表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析(Weighted gene co-expression network analysis, WGCNA),又叫權(quán)重基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析,其根本思想是根據(jù)基...
前言 在各個行業(yè)都是有行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)的,這樣才能統(tǒng)一規(guī)范而方便后面的分析,在生物信息學(xué)領(lǐng)域中主要是各種大量序列數(shù)據(jù)、注釋數(shù)據(jù)等,這些都是有特定的格式去表示,下面列舉幾種常見的格式。...
ceRNA是個啥? 首先肯定要先搞清楚ceRNA是個啥,英文名competing endogenous RNAs,咱給翻譯成——競爭性內(nèi)源RNA。其實(shí)簡單去理解只要理解一個核...
基因富集分析 (gene set enrichment analysis):在一組基因或蛋白中找到過表達(dá)的基因或蛋白。 常用的注釋數(shù)據(jù)庫:①GO( The Gene Onto...
WGCNA其譯為加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析。該分析方法旨在尋找協(xié)同表達(dá)的基因模塊(module),并探索基因網(wǎng)絡(luò)與關(guān)注的表型之間的關(guān)聯(lián),以及網(wǎng)絡(luò)中的核心基因。適用于復(fù)雜的數(shù)據(jù)模式...