那請教一下，F(xiàn)PKM的差異基因分析可以用edgeR么
理論 | 簡述RPKM，F(xiàn)PKM，TPM在高通量測序數(shù)據(jù)的分析中，僅僅靠raw read counts描述基因的表達(dá)量是遠(yuǎn)遠(yuǎn)不夠的。受限于測序過程中的技術(shù)因素影響，read counts對于基因表達(dá)量的反映存在一定...
IP屬地：上海
-
-
WGCNA:加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析
加權(quán)基因表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析（Weighted gene co-expression network analysis, WGCNA），又叫權(quán)重基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析，其根本思想是根據(jù)基...
-
常用生物信息學(xué)格式介紹(fasta、fastq、gff2、gtf(gff2.5)、gff3、bed、sam、bam、vcf)前言 在各個行業(yè)都是有行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)的，這樣才能統(tǒng)一規(guī)范而方便后面的分析，在生物信息學(xué)領(lǐng)域中主要是各種大量序列數(shù)據(jù)、注釋數(shù)據(jù)等，這些都是有特定的格式去表示，下面列舉幾種常見的格式。...
-
中山大學(xué)在讀大四學(xué)生，生物技術(shù)專業(yè)，課題方向?yàn)樯镄畔W(xué)。未來攻讀公共衛(wèi)生碩士學(xué)位。
-
CeRNA才是人生贏家，一篇著名的赤果果的文(tao)獻(xiàn)(lu)ceRNA是個啥？ 首先肯定要先搞清楚ceRNA是個啥，英文名competing endogenous RNAs，咱給翻譯成——競爭性內(nèi)源RNA。其實(shí)簡單去理解只要理解一個核...
-
3.轉(zhuǎn)錄組 | 富集分析（clusterProfiler）基因富集分析 (gene set enrichment analysis)：在一組基因或蛋白中找到過表達(dá)的基因或蛋白。 常用的注釋數(shù)據(jù)庫：①GO( The Gene Onto...
-
加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)（WGCNA）尋找與疾病相關(guān)的hub基因WGCNA其譯為加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析。該分析方法旨在尋找協(xié)同表達(dá)的基因模塊(module)，并探索基因網(wǎng)絡(luò)與關(guān)注的表型之間的關(guān)聯(lián)，以及網(wǎng)絡(luò)中的核心基因。適用于復(fù)雜的數(shù)據(jù)模式...
