一些生物信息學(xué)用到的軟件，工具，介紹用法安裝以及以及應(yīng)用的文章
?? 測(cè)序組裝使用的Spades、canu等等
?? 序列比對(duì)比如blast、bowtie、diamond等
?? 多序列比對(duì)比如mega、clustalW、matff等
?? 序列格式轉(zhuǎn)化的samtools、bedtools等等
?? 可變剪接分析的rMATS、MISO
?? 微衛(wèi)星序列查找工具misa等
?? call peak的工具macs2
?? 文獻(xiàn)下載工具Sci-hub桌面版
?? 進(jìn)化樹構(gòu)建工具IQtree、ggtree等
?? 同源基因查找工具OrthoMCL、OrthoFinder等
?? 尋找測(cè)序中的結(jié)構(gòu)變異或者SNP序列GATK、bcftools等
?? 宏基因組組裝與分析的anvi'o、QIMME
?? 測(cè)序質(zhì)量評(píng)估的FastQC、BUSCO、QUAST
?? 可視化工具比如IGV、3D Genome
?? 測(cè)序數(shù)據(jù)下載工具SRA Toolkit、ascp等
?? 數(shù)據(jù)可視化的工具circos
等等
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