轉(zhuǎn)錄因子也稱反式作用因子，在動植物的生長發(fā)育及其對外界環(huán)境的反應(yīng)中起著重要的調(diào)控作用，已成為現(xiàn)在生物學(xué)研究領(lǐng)域的熱點，其功能分析是重要的研究內(nèi)容之一。因此我們可以通過...
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知識分享| 轉(zhuǎn)錄組個性化分析(5)——轉(zhuǎn)錄因子及轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點預(yù)測 -
基因家族分析一(NBS基因家族鑒定)一：準(zhǔn)備文件 1. 擬南芥的基因組，CDS，蛋白，GFF以及HMM文件。 2.利用HMM文件搜尋pep文件 3.利用clustalw進(jìn)行多序列比對，構(gòu)建物種特定的NB-ARC...
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@Nuvolar 好的好的，謝謝老師
3K水稻SNP數(shù)據(jù)集的簡單利用
3010份亞洲稻群體重測序項目是由中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院作物科學(xué)研究所牽頭，聯(lián)合國際水稻研究所、華大基因等16家單位共同完成。該研究對來自89個國家的3,010份水稻品種進(jìn)行了重測序...
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@Nuvolar 好的，謝謝老師。確實有屬于哪個國家的信息，但是比如中國，中國也太大了，該怎么寫經(jīng)緯度？??
3K水稻SNP數(shù)據(jù)集的簡單利用
3010份亞洲稻群體重測序項目是由中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院作物科學(xué)研究所牽頭，聯(lián)合國際水稻研究所、華大基因等16家單位共同完成。該研究對來自89個國家的3,010份水稻品種進(jìn)行了重測序...
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老師，您好。請問在哪可以下載3K材料的地理位置信息啊，真沒找到。
3K水稻SNP數(shù)據(jù)集的簡單利用
3010份亞洲稻群體重測序項目是由中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院作物科學(xué)研究所牽頭，聯(lián)合國際水稻研究所、華大基因等16家單位共同完成。該研究對來自89個國家的3,010份水稻品種進(jìn)行了重測序...
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拜讀了您的文章，請問shortstack參數(shù)是怎么設(shè)置的？
第一篇SCI
這是一篇純生信的3.5分文章，主要涉及的是小RNA: phasiRNA。小麥的基因組前兩年才發(fā)表，而類似的研究以前在水稻中做過比較多，因此對于做小麥的科研人員來說是一個可以做...
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請教一下，phasiRNA怎么鑒定？
small RNA學(xué)習(xí)（四）：鑒定&注釋產(chǎn)生小RNA的基因
1. 使用ShortStack鑒定，注釋產(chǎn)生小RNA的基因 1.1 下載安裝 1.2 下載依賴的軟件（包） perl, samtools, bowtie & bowtie-b...
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可不可以通過測序的reads去比對phasiRNA數(shù)據(jù)庫？
small RNA學(xué)習(xí)（四）：鑒定&注釋產(chǎn)生小RNA的基因
1. 使用ShortStack鑒定，注釋產(chǎn)生小RNA的基因 1.1 下載安裝 1.2 下載依賴的軟件（包） perl, samtools, bowtie & bowtie-b...
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西澳大學(xué)生物信息博士一枚<br>研究方向: 植物泛基因組與群體基因組學(xué)的挖掘<br><br>簡信不回答問題，有問題發(fā)至<br>lakeseafly50@gmail.com
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群體遺傳學(xué)習(xí)筆記-基因型缺失數(shù)據(jù)的填充
Genotype Imputation是在高通量測序中常出現(xiàn)的定義，按照義譯就是基因型填充。要真正理解imputation這個概念，我們就需要先理解基因型缺失（genotyp...
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學(xué)習(xí)筆記<br>研究方向: 植物群體遺傳學(xué)<br>
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公眾號：TOP生物信息<br>B站：TOP菌<br>WeChat：TOPJUN996<br><br>top2讀研，學(xué)習(xí)方向：癌癥基因組、腫瘤免疫、單細(xì)胞組學(xué)
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能出一期，從vcf文件到fas序列的教程不
2020-12-21利用PopART繪制單倍型網(wǎng)絡(luò)圖
A圖中就是一個單體型網(wǎng)絡(luò)，每個彩色圓代表一種單體型，圓的大小表示該單體型包含的樣本數(shù)，兩個圓之間的連線表示兩個單體型彼此相關(guān)，連線上的短線表示從一個單體型變?yōu)榱硪粋€單體型需要...
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南京櫻花大學(xué)<br>
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西電 北大 SelectDB<br>Apache Doris PMC Member<br>
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Python讀取大文件的"坑“與內(nèi)存占用檢測python讀寫文件的api都很簡單，一不留神就容易踩”坑“。筆者記錄一次踩坑歷程，并且給了一些總結(jié)，希望到大家在使用python的過程之中，能夠避免一些可能產(chǎn)生隱患的代碼。...
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連雨不知春去，一晴方覺夏深
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【非模式種轉(zhuǎn)錄組】二、下游分析R語言篇這里是佳奧！我們繼續(xù)非模式種轉(zhuǎn)錄組的下游分析。 上篇我們拿到了raw count矩陣，但是我們還缺少很多東西，讓我們一步一步來。 1、選擇合適方法標(biāo)準(zhǔn)化表達(dá)矩陣 2、GO/K...
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ChIP-seq實踐(H3K27Ac,enhancer的篩選和enhancer相關(guān)基因的GO分析)在實踐之前，我先查找了一下有關(guān)組蛋白修飾的知識點：（參考文章：http://www.itdecent.cn/p/8aca72809c5c） 組蛋白修飾能預(yù)測染色質(zhì)的類型（異...
