@bibibibibibi 自己寫腳本呢。這一步很好寫的
二代群體遺傳與重測序（下）五.種群歷史與基因交流 書接上回http://www.itdecent.cn/p/0147afc3334c[http://www.itdecent.cn/p/0147af...
發(fā)簡信
IP屬地：廣西
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@孟祥霄 應(yīng)該是R包和R版本的原因。如果你用4.1.0版本的R，那這個R包就不會報錯
structure繪圖（Rscript）
pophelper（R 包） Usage:Rscript ../../script/draw_admixture.R order admixture.fam root_tes...
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群體結(jié)構(gòu)分析的繪圖腳本，基于sns腳本 首先導(dǎo)入需要用到的包。--order和-n都是用于指定順序的，有一個參數(shù)就可以了。其他都是必選參數(shù)。 核心的排序函數(shù)和繪圖函數(shù) 讀入數(shù)據(jù)，調(diào)顏色 畫圖 中間上色的部分和...
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像是輸入文件的問題。你再檢查一下輸入
structure繪圖（Rscript）
pophelper（R 包） Usage:Rscript ../../script/draw_admixture.R order admixture.fam root_tes...
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基因流分析——D統(tǒng)計基本概念 基因滲入(introgression)： 是在遺傳學(xué)中，指兩個基因庫間的基因流動，通常是經(jīng)過種間雜交產(chǎn)生?；驖B入是一個長期的過程，它可能需要許多代雜交才能產(chǎn)生回交...
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尋找SV.vcf文件中是否含有某個片段的插入現(xiàn)在已知這個片段在3號染色體上，基本思路是先將vcf文件變成fa文件，然后用blastn處理。 第四列記錄的是INS的序列內(nèi)容 在實際操作過程中竟然出現(xiàn)了重復(fù)三次，并且在vc...
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重測序-篩去部分樣品并統(tǒng)一編號
篩取vcf中的樣品 samplelist_vcf.txt中按列排樣本名即可 重命名，再轉(zhuǎn)為bed文件 rename_snp.txt是一個兩列文件，分別是舊ID和新ID 篩取b...
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@小鹿不吃香菜 可能這個名字叫sub的其實已經(jīng)是ccs了
把HiFi reads變成轉(zhuǎn)錄本文件
這一次是主線任務(wù)，不過要簡單許多。官方幫助：IsoSeq/isoseq-clustering.md at master · PacificBiosciences/IsoSeq...
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不愧是徐州更老師
說說R語言的轉(zhuǎn)置
在群里看到了一個問題，他用R語言的轉(zhuǎn)置函數(shù)t()對下面形式的數(shù)據(jù)進行了轉(zhuǎn)置 轉(zhuǎn)置之后的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)如下 他發(fā)現(xiàn)轉(zhuǎn)置之后多了一行，也就是有了geneid這一行，和他預(yù)期的不符合。按...
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@今天能畢業(yè)了嗎 看看reads數(shù)量，然后問問你導(dǎo)師是不是不符合這個物種的規(guī)律
把HiFi reads變成轉(zhuǎn)錄本文件
這一次是主線任務(wù)，不過要簡單許多。官方幫助：IsoSeq/isoseq-clustering.md at master · PacificBiosciences/IsoSeq...
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2021-11-16 ggtree包繪制進化樹余大神的力作之一：Guangchuang Yu (https://yulab-smu.top[https://yulab-smu.top/])。繪制出的進化樹還是很專業(yè)美觀的...
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兩年前會，現(xiàn)在不知道了
pasa安裝記錄和ORF提取
官方文檔：https://github.com/PASApipeline/PASApipeline/wiki/Pasa_installation_instructions 之...
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@sky_info R繪圖我現(xiàn)在也只有草圖，沒有做得很精細。等以后調(diào)整好了會擇機發(fā)出來的。
二代群體遺傳與重測序（中）
二.變異結(jié)果注釋與統(tǒng)計 書接上回http://www.itdecent.cn/p/ab6a35502786[http://www.itdecent.cn/p/ab6a35...
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基于sort和uniq的集合操作（簡單明了）
sort:用于將文本文件內(nèi)容加以排序 uniq:刪除文件中重復(fù)的行，得到文件中唯一的行 交集 （用sort將a.txt b.txt文件進行排序，uniq使得兩個文件中的行唯一...
