一、在NCBI上下載rRNA的fasta序列，用于建立索引 1.參考：https://ucdavis-bioinformatics-traini...
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用bowtie2去除fastq文件中的rRNA -
R包：phyloseq: 擴(kuò)增子統(tǒng)計(jì)分析利器phyloseq: 擴(kuò)增子統(tǒng)計(jì)分析利器 phyloseq包對多類型數(shù)據(jù)的綜合軟件，并其對這些數(shù)據(jù)提供統(tǒng)計(jì)分析和可視化方法。 介紹 ??微生物數(shù)據(jù)...
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16S測序分析（一）菌屬豐度表獲取導(dǎo)讀 Miseq 16S amplicon V3V4 PE300測序是目前菌群結(jié)構(gòu)譜研究最為常用的測序手段。本文將以此類測序的下機(jī)數(shù)據(jù)為例展示“...
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16S測序分析（二）菌群多樣性分析導(dǎo)讀 多樣性分析是16S測序分析中常見的分析方法。本文旨在向初學(xué)者介紹多樣性分析中alpha多樣性和beta多樣性的由來、概念、計(jì)算，以及展示“...
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16S測序分析（三）用LEfSe尋找組間差異細(xì)菌導(dǎo)讀 前面已經(jīng)介紹了獲取菌屬相對豐度表的方法，以及多樣性分析中的基本概念和計(jì)算方法。接下來將開始介紹一種尋找組間差異細(xì)菌的常用方法LEfSe。L...
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16S測序分析（四）用MaAsLin尋找組間差異細(xì)菌導(dǎo)讀 MaAsLin（Multivariate Analysis by Linear Models，多變量線性回歸模型）功能：相關(guān)性分析特點(diǎn)：多...
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16S測序分析（五）用RandomForest尋找關(guān)鍵細(xì)菌導(dǎo)讀 用隨機(jī)森林“分類”的方法尋找16S測序數(shù)據(jù)中與分組有關(guān)的細(xì)菌。 一、數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 標(biāo)準(zhǔn)化細(xì)菌豐度表格式要求：不用放樣本ID；最后一列放分組變量...
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16S測序分析（六）用PICRUSt預(yù)測菌群KEGG代謝通路
導(dǎo)讀 PICRUSt (Phylogenetic Investigation of Communities by Reconstruction ...
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【教程】超級棒的QIIME16s數(shù)據(jù)分析流程注意：這篇教程是作者寫于兩年前的，但這個領(lǐng)域已經(jīng)發(fā)生了許多變化。如果你是做16s分析的，你可以考慮使用QIIME2[https://docs.q...
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宏基因組之基因組裝背景 宏基因組組裝，即把短的reads拼裝成連續(xù)的序列contig，再根據(jù)PE等關(guān)系將contig拼裝成scaffold。與單個基因組組裝不同，...
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