# 1. 初步使用 運(yùn)行下面幾行代碼，初步了解ChIPpeakAnno使用 # 2. 詳細(xì)使用例子 ChIPpeakAnno使用GRanges ...
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ChIPpeakAnno 注釋peak -
2022-10-10 samtools分析測(cè)序基因組的depth和coverage
對(duì)基因組測(cè)序完成后，我們經(jīng)常需要統(tǒng)計(jì)測(cè)序深度（depth）和對(duì)基因組的覆蓋率（coverage） 這兩個(gè)概念有時(shí)候不太好區(qū)分，有時(shí)coverag...
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IGV-GSAman | 極大提高「功能基因組學(xué)」研究效率的基因組瀏覽器寫(xiě)在前面 今天周末，轉(zhuǎn)眼10月份只剩一周。萬(wàn)萬(wàn)沒(méi)想到，一個(gè)月下去，我還是花了不少時(shí)間在完善「GSAman」。至于為什么本來(lái)「兩個(gè)小時(shí)」就干完的事...
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ggplot2做分組箱線圖，添加bar和均值并修飾圖形并不覺(jué)得ggplot2作圖多好看，尤其是箱線圖和柱狀圖需要大量的修飾，現(xiàn)在介紹ggplot2做分組箱線圖，添加箱子的bar和均值的幾個(gè)函數(shù) st...
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測(cè)序深度和測(cè)序覆蓋度，怎么估算？在我們開(kāi)始測(cè)序之前，經(jīng)常會(huì)被問(wèn)道，你需要的測(cè)序深度和測(cè)序覆蓋度的概念，比如在測(cè)序線粒體的DNA時(shí)候，測(cè)序小哥就問(wèn)說(shuō)1個(gè)G的數(shù)據(jù)量夠了嗎？下面...
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【deeptools相關(guān)】讀取Excel文件,畫(huà)樣本相關(guān)性散點(diǎn)圖Tips: https://deeptools.readthedocs.io/en/develop/content/tools/plotCorr...
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畫(huà)測(cè)序深度分布圖
1. 將測(cè)序數(shù)據(jù)比對(duì)到參考基因組。 2.求出每一個(gè)堿基上的深度 結(jié)果如下所示（其中第一列為染色體，第二列為position，第三列即為這個(gè)pos...
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計(jì)算測(cè)序深度和覆蓋度
深度（depth）與覆蓋度（coverage） 假想實(shí)驗(yàn) 對(duì)長(zhǎng)100bp的目標(biāo)區(qū)域進(jìn)行捕獲測(cè)序：采用單端測(cè)序，每個(gè)read長(zhǎng)5bp；總共得到了2...
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R-loop數(shù)據(jù)分析之R-ChIP(樣本間BAM比較和可視化)樣本間相關(guān)性評(píng)估 上一步得到各個(gè)樣本的BAM文件之后，就可以在全基因組范圍上看看這幾個(gè)樣本之間是否有差異。也就是先將基因組分成N個(gè)區(qū)間，然后用統(tǒng)...
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ATAC-seq分析干貨-2
作者 | Arno審稿 | 童蒙編輯 | amethyst 上一期我們介紹了ATAC-seq相關(guān)的背景知識(shí)。ATAC-Seq能幫助我們從全基因組...
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