hisat2+stringtie for ((i=2064449;i<2064457;i++)); do hisat2 -p 2 --dta -...
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hisat2+stringtie+deseq2分析RNA-SEQ數(shù)據(jù)
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關(guān)于readsCount、RPKM/FPKM、RPM(CPM)、TPM的理解
背景 feature 定義：基因組上對(duì)具有不同性質(zhì)區(qū)域的定義 (例如：gene/exon/intron/miRNA等)。 優(yōu)點(diǎn)：利于分類(lèi)整理結(jié)果...
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構(gòu)建自己物種的orgDb
1.首先安裝eggnog-mapper軟件 注釋所需要的物種數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址如下，同時(shí)也可以用里面的腳本download_eggnog_data.py...
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samtools軟件從bam文件提取目標(biāo)序列可以使用samtools fastq命令從bam文件中提取特定的fastq序列。使用幫助 Flags對(duì)應(yīng)的意義如下：BAM比對(duì)文件中flags對(duì)...
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比對(duì)拼接出新的轉(zhuǎn)錄本(以擬南芥為例)在RNA-seq分析中，有一個(gè)步驟是將比對(duì)好的片段(alignments)重新組裝(assembly)成全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本(full-length tr...
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HISAT2 建立索引警告和比對(duì)時(shí)報(bào)錯(cuò)解決方案
tags： HISAT2 RNA-seq HISAT2 發(fā)表的文章中強(qiáng)調(diào)了它的速度很快，我就測(cè)試了一下這個(gè)工具。 HISAT2 建立索引： 然而...
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Salmon 使用說(shuō)明
salmon quant 有兩種類(lèi)型一種使用raw reads 另一種用已經(jīng)比對(duì)好的序列（BAM/SAM格式），這種算法依賴于salmon qu...
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有參轉(zhuǎn)錄組分析
1hisat2 1.1介紹 ? 總體上來(lái)說(shuō)HISAT利用了BWA和Bowtie的算法，同時(shí)解決了mRNA中不存在內(nèi)含子難以比對(duì)的問(wèn)題，比對(duì)上代主...
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用Python提取FASTA中最長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本在對(duì)拼裝或者數(shù)據(jù)庫(kù)下載的序列文件進(jìn)行下一步分析時(shí)，我們通常會(huì)對(duì)序列進(jìn)行去冗余操作，其中經(jīng)常需要提取同一個(gè)‘gene’的最長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本，所以動(dòng)手用py...
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