引言 本系列講解 使用 Scanpy 分析單細(xì)胞（scRNA-seq）數(shù)據(jù) 教程[https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/tutori...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：上海
-
單細(xì)胞分析: Scanpy 核心繪圖 (2) -
利用 Hi-C 挖掘癌癥結(jié)構(gòu)變異 (1)
摘要 結(jié)構(gòu)變異（SVs）是大型基因組重排，由于基因組重復(fù)序列和復(fù)雜 SV 結(jié)構(gòu)等各種混淆因素的存在，當(dāng)前使用短讀長(zhǎng)測(cè)序技術(shù)進(jìn)行識(shí)別頗具挑戰(zhàn)。Hi-C breakfinder ...
-
空間轉(zhuǎn)錄組學(xué): 測(cè)序數(shù)據(jù)介紹
引言 本系列講解 空間轉(zhuǎn)錄組學(xué) (Spatial Transcriptomics) 相關(guān)基礎(chǔ)知識(shí)與數(shù)據(jù)分析教程[https://lmweber.org/OSTA/]，持續(xù)更新...
-
三維基因組：diffHic 差異分析
diffHic diffHic是一款 R 包，幾乎包含了 Hi-C 數(shù)據(jù)分析的全部流程。它從對(duì)原始數(shù)據(jù)（. fastq 格式）進(jìn)行比對(duì)開始，接著進(jìn)行過濾、分箱、標(biāo)準(zhǔn)化，然后運(yùn)...
-
三維基因組：Loop結(jié)構(gòu) 差異分析(2)
通過聚合峰分析進(jìn)行可視化 既然已經(jīng)找出了“WT”和“FS”條件之間的差異loop結(jié)構(gòu)，就可以利用聚合峰分析（APA）來直觀地展示loop結(jié)構(gòu)調(diào)用的質(zhì)量。APA 是一種以 Hi...
-
ingest和BBKNN進(jìn)行單細(xì)胞整合（1）
引言 本系列講解 使用Scanpy分析單細(xì)胞（scRNA-seq）數(shù)據(jù)教程[https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/tutorials...
-
三維基因組：Loop結(jié)構(gòu) 差異分析(1)
引言 本文展示了如何利用 hictoolsr、DESeq2 和 plotgardener 包來尋找和可視化兩種生物條件下差異loop結(jié)構(gòu)的流程。首先，需要對(duì)原始數(shù)據(jù)進(jìn)行預(yù)處理...
-
7種比較Linux中文本文件的最佳工具
引言 在 Linux 系統(tǒng)管理與開發(fā)領(lǐng)域，比較文件是更新配置文件、審查代碼更改或排查問題時(shí)的一項(xiàng)重要任務(wù)。掌握比較兩個(gè)文本文件并快速找出差異的技能，可以為你節(jié)省時(shí)間，避免因錯(cuò)...
-
CUT&Tag 分析教程 | 完結(jié)撒花
引言 本系列講解 CUT&Tag 數(shù)據(jù)處理和分析教程 教程[https://yezhengstat.github.io/CUTTag_tutorial/#VIII_Diffe...
-
Linux: 檢測(cè)磁盤壞塊 你得會(huì)吧！
引言 什么是壞扇區(qū)/壞塊？它指的是磁盤驅(qū)動(dòng)器或閃存上某個(gè)區(qū)域無法進(jìn)行讀寫操作，通常是由于磁盤表面有永久性物理?yè)p傷或者閃存晶體管出現(xiàn)故障。 壞扇區(qū)越來越多的話，會(huì)對(duì)存儲(chǔ)設(shè)備的性...
-
單細(xì)胞RNA速率分析: scVelo入門教程
引言 本系列講解 單細(xì)胞（scRNA-seq）中RNA“速率”分析 教程[https://scvelo.readthedocs.io/en/stable/about.html...
-
CUT&Tag 數(shù)據(jù)處理和分析教程（5）引言 本系列[https://yezhengstat.github.io/CUTTag_tutorial/] 將開展全新的CUT&Tag 數(shù)據(jù)處理和分析專欄。想要獲取更多教程...
-
三維基因組: SELFISH 差異分析
引言 本系列主要講解 3D-Genome (Hi-C) 系列的分析，主要涉及三維基因組分析中的數(shù)據(jù)處理，重復(fù)性評(píng)估，Compartment/TAD/Loop 檢測(cè)，差異分析等...
-
如何在Ubuntu上安裝TensorFlow 24.04
簡(jiǎn)介 Tensorflow是由Google開發(fā)的一個(gè)強(qiáng)大的開源庫(kù)，用于機(jī)器學(xué)習(xí)和深度學(xué)習(xí)任務(wù)，研究人員，開發(fā)人員和數(shù)據(jù)科學(xué)家廣泛使用，以構(gòu)建和培訓(xùn)機(jī)器學(xué)習(xí)模型。 如果您使用的...
-
R中單細(xì)胞RNA-seq分析教程 (14)
引言 本系列開啟 R 中scRNA-seq數(shù)據(jù)分析教程[https://github.com/quadbio/scRNAseq_analysis_vignette]，持續(xù)更新...
-
Linux|Transfer.sh 輕松實(shí)現(xiàn)文件共享
引言 Transfer.txt 是一款簡(jiǎn)單、便捷且高效的命令行文件共享服務(wù)。它支持最多 10GB 的文件上傳，文件會(huì)免費(fèi)存儲(chǔ) 14 天。 該服務(wù)不僅允許無限次下載，還支持加密...
-
Linux 將所有文件和目錄名重命名為小寫
引言 在我們之前的文章里，我們已經(jīng)講過怎么去數(shù)一個(gè)目錄里文件和子目錄的總數(shù)。這篇指南會(huì)教你在 Linux 系統(tǒng)里，把所有文件和目錄的名字改成小寫字母。 做到這件事有好幾種方法...
-
CUT&Tag 數(shù)據(jù)處理和分析教程（4）引言 本系列[https://yezhengstat.github.io/CUTTag_tutorial/] 將開展全新的CUT&Tag 數(shù)據(jù)處理和分析專欄。想要獲取更多教程...
-
R中單細(xì)胞RNA-seq分析教程 (9)
引言 本系列開啟 R 中單細(xì)胞RNA-seq數(shù)據(jù)分析教程[https://github.com/quadbio/scRNAseq_analysis_vignette]，持續(xù)更...
-
使用 pipx 安裝并執(zhí)行 Python 應(yīng)用程序 (1)
引言 將Python編寫的桌面和命令行程序發(fā)布到PyPI是一個(gè)簡(jiǎn)單直接的分發(fā)方式，PyPI上存放著成千上萬的第三方程序包。這些程序包里很多都帶有可以直接運(yùn)行的腳本，但要使用它...