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主要發(fā)現(xiàn)

鼻咽癌免疫逃逸的三種模式

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1. 部分腫瘤細(xì)胞降低MHC表達(dá)。

腫瘤細(xì)胞的主要組織相容性復(fù)合體（MHC）Ⅰ類分子表達(dá)降低是一個(gè)重要的免疫逃逸機(jī)制。MHCⅠ類分子的主要功能是提呈細(xì)胞內(nèi)的抗原肽給CD8+細(xì)胞毒性T淋巴細(xì)胞（CTLs或稱為殺傷性T細(xì)胞），這一過程是免疫系統(tǒng)識(shí)別并清除體內(nèi)異常或感染細(xì)胞的關(guān)鍵步驟。
當(dāng)腫瘤細(xì)胞的MHCⅠ類分子表達(dá)減少或缺失時(shí)，會(huì)發(fā)生以下情況：

• 抗原提呈障礙：腫瘤細(xì)胞內(nèi)部的變異或異常蛋白（腫瘤抗原）無法有效地與MHCⅠ類分子結(jié)合并轉(zhuǎn)運(yùn)至細(xì)胞表面，導(dǎo)致這些抗原無法被免疫系統(tǒng)正確識(shí)別。
• 免疫監(jiān)視失效：由于MHC-抗原復(fù)合體的減少，CD8+ T細(xì)胞無法識(shí)別到這些腫瘤細(xì)胞表面上的“危險(xiǎn)信號(hào)”，從而無法啟動(dòng)針對(duì)腫瘤細(xì)胞的免疫應(yīng)答。這相當(dāng)于腫瘤細(xì)胞穿上了一件“隱形衣”，躲避免疫系統(tǒng)的監(jiān)視和清除。
• 免疫逃逸成功：最終，這種機(jī)制使得腫瘤細(xì)胞能夠逃脫機(jī)體的免疫監(jiān)控和殺傷效應(yīng)，促進(jìn)了腫瘤的生長(zhǎng)、擴(kuò)散和耐藥性的形成。

2. EMT

作者通過infercnv發(fā)現(xiàn)一類fibroblast細(xì)胞其與上皮惡性細(xì)胞有類似的CNV，所以判斷它為"fibroblast-like malignant cell" 即“纖維母細(xì)胞樣惡性細(xì)胞”。這意味著該細(xì)胞具有類似于正常纖維母細(xì)胞的形態(tài)特征，但其性質(zhì)為惡性，表明它屬于癌細(xì)胞或腫瘤細(xì)胞的一部分，可能參與癌癥的進(jìn)展或轉(zhuǎn)移。
而且與非惡性fibroblast細(xì)胞，這類細(xì)胞EMT分?jǐn)?shù)增加，MHC分?jǐn)?shù)下降。

3. 細(xì)胞屏障隔離腫瘤細(xì)胞

腫瘤巢（nest）利用增生的上皮細(xì)胞在物理上減少免疫細(xì)胞的浸潤(rùn)，間接增強(qiáng)了腫瘤巢內(nèi)腫瘤細(xì)胞的免疫逃逸能力。IMC成像顯示，在鼻咽癌（NPC）的腫瘤微環(huán)境中存在非惡性的增生上皮細(xì)胞，而免疫細(xì)胞很難穿透由這些細(xì)胞構(gòu)成的細(xì)胞層。此外，我們觀察到，只有當(dāng)增生上皮細(xì)胞緊鄰非腫瘤區(qū)域時(shí)，它們才顯示出增殖增加的現(xiàn)象，這一點(diǎn)通過增殖相關(guān)標(biāo)志物Ki67+的表達(dá)得以指示。這意味著增生區(qū)域無法維持與腫瘤巢邊界的穩(wěn)定，只能朝著非腫瘤區(qū)域方向增殖，使自己成為了腫瘤巢擴(kuò)展的先驅(qū)者和幫兇。腫瘤巢能夠侵入無免疫細(xì)胞浸潤(rùn)的增生區(qū)域。

CD8+ NK cells

作者首次在鼻咽癌中發(fā)現(xiàn)CD8+ NK cells，而在其他疾病中其與EBV感染有關(guān)，通過CD8+ NK cells vs CD8- NK cells差異和富集分析驗(yàn)證了這一假設(shè)。

細(xì)胞注釋marker

Ki67+：上皮細(xì)胞增殖。

MHC-： 免疫逃逸。

IGKC, IGHG4, IGLC2, IGHA1 and IGHG3等免疫球蛋白基因+：促癌，免疫逃逸。

KRT5（角蛋白5）： KRT5基因主要在復(fù)層上皮的基底層細(xì)胞中表達(dá)，如皮膚、口腔、食道和一些多層上皮化的器官中。它與KRT14共同形成異二聚體，構(gòu)成細(xì)胞骨架的一部分，為細(xì)胞提供機(jī)械穩(wěn)定性。KRT5的表達(dá)常用于標(biāo)記基底細(xì)胞，特別是在皮膚和上皮組織的研究中，它是一個(gè)重要的診斷標(biāo)記，可用于識(shí)別特定的上皮細(xì)胞類型或是了解上皮組織的分化狀態(tài)。

KRT19（角蛋白19）： KRT19基因的表達(dá)則更為廣泛，尤其在簡(jiǎn)單的上皮組織中，如乳腺、胃腸上皮、胰腺導(dǎo)管和肺泡上皮細(xì)胞。KRT19常與其他類型的角蛋白一起表達(dá)，參與構(gòu)成細(xì)胞骨架。它的一個(gè)顯著特點(diǎn)是，在多種類型的腫瘤中表達(dá)水平升高，尤其是乳腺癌、肺癌和肝癌等，因此KRT19常被用作腫瘤標(biāo)志物，用于腫瘤的診斷和預(yù)后判斷，尤其是在監(jiān)測(cè)循環(huán)腫瘤細(xì)胞（CTCs）和評(píng)價(jià)治療效果方面。
CAPS, RSPH1：cilia上皮細(xì)胞纖毛，本研究中正常樣本的上皮細(xì)胞纖毛正常，鼻咽癌上皮細(xì)胞纖毛缺失。

纖毛缺失：在某些類型的癌癥中，上皮細(xì)胞的纖毛可能會(huì)減少或完全缺失。這種現(xiàn)象可能與癌癥的發(fā)展和進(jìn)展有關(guān)，因?yàn)槔w毛不僅參與細(xì)胞信號(hào)傳導(dǎo)，還與細(xì)胞周期調(diào)控緊密相關(guān)。纖毛的缺失可能意味著細(xì)胞失去了對(duì)生長(zhǎng)信號(hào)的正常響應(yīng)，從而促進(jìn)了不受控制的增殖——這是癌癥的一個(gè)關(guān)鍵特征。此外，如前所述，特定蛋白質(zhì)（如HEF1、Aurora A和HDAC6）的異常表達(dá)可控制纖毛的暫時(shí)性消失，這與癌癥惡化和轉(zhuǎn)移有關(guān)。

CD20: 作者發(fā)現(xiàn)了一類T細(xì)胞表達(dá)B細(xì)胞marker CD20，排除雙細(xì)胞可能后命名為T/B細(xì)胞，與促炎有關(guān)。CD20是一種非常重要的B細(xì)胞標(biāo)記物。它是一種跨膜蛋白，主要表達(dá)于B淋巴細(xì)胞的表面，從前B細(xì)胞階段開始，一直到成熟的B細(xì)胞，但在終末分化的漿細(xì)胞中表達(dá)減少或缺失。CD20不參與抗體的產(chǎn)生，但它在調(diào)節(jié)B細(xì)胞的增殖、分化和激活中扮演著角色。由于CD20幾乎專門在B細(xì)胞中表達(dá)，且在多種B細(xì)胞惡性腫瘤中保持表達(dá)，如彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤、濾泡性淋巴瘤等，它成為了這類血液腫瘤免疫治療的重要靶標(biāo)。CD20單克隆抗體，如利妥昔單抗（Rituximab，商品名美羅華），已被廣泛用于治療這些B細(xì)胞淋巴瘤，通過與CD20結(jié)合誘導(dǎo)腫瘤細(xì)胞的凋亡或通過免疫介導(dǎo)的細(xì)胞毒作用清除腫瘤細(xì)胞。因此，CD20不僅是B細(xì)胞的一個(gè)標(biāo)志性分子，也是腫瘤免疫治療中的一個(gè)關(guān)鍵靶點(diǎn)。

數(shù)據(jù)分析方法

• 對(duì)于鼻咽癌，scRNA不能捕捉到數(shù)量上可以用的上皮細(xì)胞和成纖維細(xì)胞，snRNA可以
• 按照單個(gè)樣本進(jìn)行細(xì)胞注釋
• 分析infercnv時(shí)，scRNA和snRNA分開做，選擇相應(yīng)的非腫瘤患者的樣本

新技術(shù)

空間單細(xì)胞蛋白成像技術(shù)，可以測(cè)幾十甚至上百種蛋白表達(dá)水平，
Imaging Mass Cytometry（IMC）是一種尖端的單細(xì)胞分析技術(shù)，它結(jié)合了質(zhì)譜分析的高特異性和高靈敏度與成像技術(shù)的空間分辨率，能夠在組織水平上實(shí)現(xiàn)多參數(shù)、高維度的蛋白質(zhì)表達(dá)分析。這項(xiàng)技術(shù)是傳統(tǒng)流式細(xì)胞術(shù)的一個(gè)重要拓展，特別適合于研究復(fù)雜組織微環(huán)境中的細(xì)胞組成、相互作用及其功能狀態(tài)。
IMC的基本原理如下：

1. 多色標(biāo)記：與傳統(tǒng)流式細(xì)胞術(shù)使用熒光標(biāo)記不同，IMC采用穩(wěn)定同位素標(biāo)記的金屬離子作為抗體的標(biāo)簽。每種特定的抗體與一種獨(dú)特的金屬標(biāo)簽相結(jié)合，這樣就可以標(biāo)記并區(qū)分多種細(xì)胞內(nèi)或細(xì)胞表面的蛋白質(zhì)，理論上可以標(biāo)記幾十甚至上百種不同的分子。
2. 組織處理：首先將組織樣本切成薄片，然后使用這些標(biāo)記的金屬抗體對(duì)樣本進(jìn)行孵育，使得特定的蛋白質(zhì)被特異性地標(biāo)記上金屬離子。
3. 激光消融與質(zhì)譜分析：接下來，采用激光將組織切片局部消融，產(chǎn)生含有標(biāo)記金屬離子的氣溶膠粒子，這些粒子隨后被引入到電感耦合等離子體質(zhì)譜儀（ICP-MS）中。ICP-MS能夠準(zhǔn)確測(cè)量每個(gè)粒子中的金屬離子種類和數(shù)量，從而反映相應(yīng)蛋白質(zhì)的表達(dá)水平。
4. 數(shù)據(jù)分析與成像：收集到的數(shù)據(jù)經(jīng)過復(fù)雜的分析處理，可以重構(gòu)出組織切片中每種標(biāo)記蛋白的空間分布圖，形成高維度的圖像數(shù)據(jù)。這些圖像不僅展示蛋白質(zhì)的表達(dá)強(qiáng)度，還能保持組織的原有結(jié)構(gòu)和細(xì)胞間的位置關(guān)系，為研究人員提供了深入理解組織和疾病狀態(tài)的寶貴信息。

IMC技術(shù)的優(yōu)勢(shì)在于其超高的多參數(shù)檢測(cè)能力、出色的定量性能以及保留了組織的原位信息，這些特點(diǎn)使其在腫瘤微環(huán)境研究、免疫學(xué)、神經(jīng)科學(xué)、病理學(xué)等領(lǐng)域展現(xiàn)出巨大的應(yīng)用潛力，特別是在理解細(xì)胞異質(zhì)性、疾病發(fā)展機(jī)制和治療響應(yīng)評(píng)估方面。自2014年首次介紹以來，IMC技術(shù)迅速發(fā)展，已成為推動(dòng)精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)和轉(zhuǎn)化研究的重要工具。

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EGI：腫瘤內(nèi)部免疫浸潤(rùn)很少
FH：增生的上皮細(xì)胞僅在靠近非腫瘤巢nest區(qū)域時(shí)才表現(xiàn)為Ki67陽(yáng)性