學(xué)習(xí)小組Day3——十一

Linux環(huán)境下的軟件安裝

Linux的應(yīng)用商店(生信領(lǐng)域)：miniconda

下載miniconda到服務(wù)器：miniconda清華

  1. cd~/biosoft: 登錄服務(wù)器，進(jìn)入biosoft目錄
  2. wget+復(fù)制的下載鏈接
    選中，鼠標(biāo)左鍵點一下復(fù)制，右鍵點一下粘貼
  3. bash Miniconda-latest-Linux-x86 64.sh:開始安裝
    如后續(xù)失敗，從這里重來?；剀囂^版權(quán)信息，看到"Do you accept the license terms?[yes|no]",安裝開始；看到"Thank you for installing Miniconda3!",安裝成功
  4. 激活：source~/.bashrc
    命令行輸入conda，出現(xiàn)滿屏信息說明成功
  • 添加鏡像：鏡像網(wǎng)站即主網(wǎng)站的副本。conda在國外，國內(nèi)下載軟件速度很慢，從鏡像網(wǎng)站下載可加快下載速度

使用conda

  1. conda list：查看當(dāng)前服務(wù)器安裝的所有軟件列表
  2. conda install fastqc -y:安裝過程中所有的問題都回答yes
  3. conda remove fastqc -y: 卸載軟件
  4. conda info --envs: 查看當(dāng)前環(huán)境
  5. conda create -n ABC python=3 fastqc trimmomatic -y: 建立一個名為ABC的環(huán)境
    python3是被指定的版本
  6. conda activate ABC: 激活新環(huán)境

  7. conda deactivate: 退出當(dāng)前環(huán)境


    3.png
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