這兩日出現(xiàn)了很多次core dump，表現(xiàn)為qstat正常，但是在e文件中出現(xiàn)報(bào)錯(cuò)，且出現(xiàn)core文件。很大可能是因?yàn)?$LD_LIBRARY_PATH的錯(cuò)誤。
一、安裝MACS2
打算用pip安裝。pip install MACS2
注釋?zhuān)哼@是第三個(gè)用pip安裝的軟件了，之前還有cutadapt和multiqc。但是失敗了。。
ERROR: Command errored out with exit status 1:
command: /data/software/anaconda3-202007/bin/python /data/software/anaconda3-202007/lib/python3.8/site-packages/pip install --ignore-installed --no-user --prefix /tmp/pip-build-env-5kfedc4c/overlay --no-warn-script-location --no-binary :none: --only-binary :none: -i https://pypi.org/simple -- pip 'setuptools>=41.2' 'numpy>=1.17' 'cython>=0.29' wheel
cwd: None
下載到本地電腦
https://files.pythonhosted.org/packages/e2/61/85d30ecdd34525113e28cb0c5a9f393f93578165f8d848be5925c0208dfb/MACS2-2.2.7.1.tar.gz
再上傳到服務(wù)器
運(yùn)行：
tar -zxf MACS2-2.2.7.1.tar.gz
python setup.py install
于是增加了安裝目錄：
python setup.py install --prefix=/data/zds209/.local因?yàn)榘惭bcupadapt的時(shí)候已經(jīng)把這個(gè)路徑：~/.local/bin設(shè)定為環(huán)境變量里啦。所以這次直接就有啦，不需要再添加path了。
二、MACS2使用
project=/data/zds209/ChIP-seqtest
ls id -c
id --outdir $project/bed/
-g是基因組可以是mm，或hs
-n輸出文件前綴
-B 輸出bgd文件，下游bigwig文件生成所需
--nodel 這個(gè)參數(shù)，用于雙端測(cè)序數(shù)據(jù)
輸出文件有這些：# NAME 是使用 -n 設(shè)置的輸出文件前綴
- NAME_control_lambda.bdg 和 NAME_treat_pileup.bdg
- bdg即為bedGraph格式，可以導(dǎo)入U(xiǎn)CSC或者轉(zhuǎn)換為bigwig格式。
-兩個(gè)bdg文件：- treat_pileup
- control_lambda
NAME_model.r # R代碼
NAME_peaks.narrowPeak # BED 6+4 格式
NAME_peaks.xls # 包含 peak 信息的 xls 文件，注意 chrStart 是1-based
NAME_peaks_summits.bed
- BED 格式，包含peak的summits位置，第5列是-log10pvalue。
-如果想找motif，推薦使用此文件。
大神的教程 https://zhuanlan.zhihu.com/p/90180058，學(xué)習(xí)ing
