Linux環(huán)境中如何安裝軟件
第一步—下載miniconda
conda囊括了日常所需的生信軟件，我下載的是conda的濃縮版—miniconda
1、輸入命令uname -a，查看服務(wù)器是64位還是32位
2、進(jìn)入清華的conda鏡像網(wǎng)站
3、找到相應(yīng)的下載鏈接，右鍵復(fù)制鏈接
4、輸入命令：wget 下載鏈接
5、下載完成以后輸入命令安裝：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
6、根據(jù)安裝提示輸入Enter或者yes
7、安裝成功以后設(shè)置環(huán)境變量：source ~/.bashrc
8、輸入命令：conda，若出現(xiàn)幫助信息則安裝成功
我的失敗經(jīng)驗(yàn)：
第一次安裝設(shè)置環(huán)境變量失敗了，使用 rm -rf miniconda3 刪除了目錄
重新安裝了一次，可以看到設(shè)置環(huán)境變量成功后會(huì)出現(xiàn)（base)
第二步—添加鏡像網(wǎng)站
為什么要添加鏡像網(wǎng)站？
因?yàn)楸緛?lái)默認(rèn)的下載網(wǎng)址在國(guó)外，我們?cè)趪?guó)內(nèi)下載會(huì)很慢。所以需要添加位于國(guó)內(nèi)的鏡像網(wǎng)站，可以提高下載速度。
第三步—conda的使用
1、查看當(dāng)前服務(wù)器上安裝的所有軟件列表：conda list
2、搜索conda軟件：conda search 軟件名
3、安裝軟件：conda install 軟件名 -y
4、 卸載軟件：conda remove 軟件名 -y
第四步—conda 環(huán)境
1、查看當(dāng)前conda環(huán)境：conda info --envs
2、建立一個(gè)名叫rnaseq的conda環(huán)境：conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
3、再次查看conda環(huán)境，會(huì)發(fā)現(xiàn)多了一條，但默認(rèn)還是base
4、激活新的conda環(huán)境：conda activate rna-seq，默認(rèn)的*轉(zhuǎn)移到rna-seq前面，用戶名前面出現(xiàn)了(rna-seq)
5、退出當(dāng)前環(huán)境：conda deactivate
