學(xué)習(xí)小組Day3筆記--denghuan

生信星球?qū)W習(xí)第三天

學(xué)習(xí)內(nèi)容

下載使用方便的軟件管理器——miniconda

  1. 轉(zhuǎn)到biosoft之后，(wget 下載鏈接) ps:是.sh 而不是.exe結(jié)尾的
  2. 安裝 miniconda (bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh) ps: 按照指示按enter，和輸入yes,跳過之后補輸入yes,沒用
  3. 激活miniconda (source ~/.bashrc)
  4. 添加清華鏡像（conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
    conda config --set show_channel_urls yes）
  5. 可以正式使用miniconda
  6. 一些常用的miniconda的命令
    6.1 查看所有軟件列表 （conda list） ps: 將所有的軟件都列放在這里
    6.2 搜索想要的軟件 （conda search 軟件名） ps: 將顯示各種版本的該軟件
    6.3 安裝想要的軟件 （conda install 軟件名 -y）ps: -y表示為自動安裝
    6.4 卸載不要的軟件 （conda remove 軟件名 -y）
    6.5 查看conda的環(huán)境 （conda info --envs）表示為默認的環(huán)境
    6.6 新建conda的環(huán)境 （conda create -n rna-seq python=3）    ps: 創(chuàng)建名為rna-seq的環(huán)境，指定python=3*
    6.7 激活新建的環(huán)境 （conda activate rna-seq）
    Snipaste_2020-04-08_22-31-14.png
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