Linux安裝軟件

一、了解conda

Conda 是一個開源的軟件包管理系統(tǒng)和環(huán)境管理系統(tǒng)，用于安裝多個版本的軟件包及其依賴關系，并在它們之間輕松切換。

微信公眾號 生信星球

二、服務器下載miniconda

清華開源鏡像站-Anaconda

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

下載成功！

三、安裝和配置miniconda

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

安裝成功

激活conda

source ~/.bashrc

成功

添加鏡像

# 使用中科大的鏡像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

四、使用miniconda

conda list #查看服務器上已安裝的所有軟件列表

conda install fastqc -y #安裝軟件

出現(xiàn)幫助文檔說明安裝成功~

安裝成功

conda remove fastqc -y #卸載軟件

五、不同項目，需不同conda環(huán)境

conda info --envs #查看當前conda有哪些環(huán)境

conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y #conda環(huán)境名為rna-seq，指定python版本，安裝兩個軟件

創(chuàng)建conda環(huán)境

再次查看環(huán)境

conda activate rna-seq #激活

激活新conda環(huán)境

conda deactivate #退出

退出當前環(huán)境

(以上學習內容來自微信公眾號——生信星球）