第一周筆記匯總
昨天和一位也在自學(xué)生信的同學(xué)交流自學(xué)的心境，他在我的唆使之下也在簡書更新自己的筆記，可以搜索小鄭的學(xué)習(xí)筆記。期間，他說道
非常慶幸自己能夠堅持把自己學(xué)到的知識和困惑以文字的形式記錄下來。以前導(dǎo)師讓我搞網(wǎng)頁的時候折騰過Apache，當時一邊學(xué)習(xí)一邊記錄。幾個月過去后，導(dǎo)師又讓我重新負責(zé)，盡管我已經(jīng)忘記了具體的步驟，但是看到自己的筆記就全部想起來了。
這也就是為什么我鼓勵學(xué)習(xí)小組記錄筆記的原因。你不需要把筆記寫的多么好，只需要記錄自己遇到的問題以及當時的解決方法就行了。就比如說我這次的筆記就主要寫的是”如何用虛擬機安裝Linux和Xshell連接服務(wù)器的方法“。并且我也從別人的筆記中看到如何保證數(shù)據(jù)的可重復(fù)，以及詳細虛擬機安裝方法。
筆記的意義就在于未來出現(xiàn)的問題，或許現(xiàn)在已經(jīng)解決了，于是通過筆記你就能瞬間穿越到寫筆記的那一刻了。
以下為已經(jīng)上交且和第一周任務(wù)關(guān)聯(lián)度較大的筆記:
- coldlandkuma: Biostar_Handbook(1)生物信息學(xué)環(huán)境搭建
- bingli：Biostar lesson 2 基礎(chǔ)生物知識和計算機設(shè)置
- Hypdoctor：生物學(xué)基礎(chǔ)及環(huán)境準備--The learning notes of the biostar handbook(1)
- 大寶貝喜歡徐先生：YXF-biostar第一周作業(yè)
- 天地本寬：Biostar入門學(xué)習(xí)筆記(1)：軟件準備
- 正樹_9838：對書中重復(fù)數(shù)據(jù)的相關(guān)筆記
- 簡書蠶賬號：Biostar handbook學(xué)習(xí)筆記一
- hoptop：biostarhandbook(二)分析環(huán)境和數(shù)據(jù)可重復(fù).
- pearlp：Biostar(2)
- 綺夢云飛 ：biostar handbook （1）
- biotar 學(xué)習(xí)筆記（2-2）--- 環(huán)境配置、數(shù)據(jù)的重復(fù)性
- chaimol ： 第1周 生信人應(yīng)該具備的能力和開發(fā)環(huán)境配置
- 何元林 : doctor.py 初接觸
- 白羊鐵蛋：第二章和第三章學(xué)習(xí)筆記
第二周任務(wù)
從某種意義而言，不掌握Linux或者Unix系統(tǒng)就無法順利的進行生信學(xué)習(xí)，原因就是大部分流程都是運行Linux服務(wù)器上，結(jié)果就是絕大部分生信軟件也都只能在Linux下運行。你可以嘗試進行源碼編譯，移植到Windows平臺。
為此，你需要把Linux用的像Windows那樣熟練，把所有Windows的相關(guān)操作都用命令映射，因此作業(yè)1就是
把自己Windows下的操作記錄下來，然后在Linux下找到對應(yīng)的指令實現(xiàn)。
案例1，文件移動 ：Windows的文件移動需要右擊文件，選擇剪切，然后到目錄路徑下粘貼，在Linux下則是mv SRC DEST
案例2， 軟件安裝： Windows都是先百度軟件名，然后去官網(wǎng)下載，雙擊exe，選擇安裝路徑，不斷下一步，或者去某軟件管理器下搜索，之后自動安裝。在Linux下的軟件安裝有哪些方法，請記錄。
案例3， 數(shù)據(jù)壓縮： Windows是下載一款壓縮軟件，然后壓制成ZIP或者RAR或者7z等。在Linux下則是用gzip等壓縮，不過一般還要先用tar打包。
作業(yè)二： 用管道命令分析數(shù)據(jù)
We should have some ways of connecting program likes [a] garden hose -- screw in another segment when it becomes necessary to massage data in another way.
--Doug McIlory(1964)
用好Linux的管道命令， 這個是從Linux新手進階的必須理解的理念，結(jié)果是大家都能夠理解下面這段命令，它的功能是計算 input.txt(input.txt里面存放的是一篇英語文章。) 里面出現(xiàn)頻率最多的單詞。
cat input.txt | tr -cs A-Za-z '\n' | tr A-Z a-z | sort | uniq -c | sort -rn | sed 10q
正所謂熟能生巧，所以請保證自己能夠在不看Data analytics with Unix的情況下，也能熟練提出問題和解決問題。
更多題目見 http://rosalind.info/problems/topics/string-algorithms/ , 嘗試用管道命令解決這個問題。
其他作業(yè)
第三個作業(yè) 是了解一下正則表達式（regular expression），知道它的用途即可。
第四個作業(yè)： 這個僅對自己有超高要求，并且能夠毫無壓力完成前面三個作業(yè)的人，也就是掌握grep,sed,awk的用法，至于要學(xué)習(xí)到什么程度，取決于你自己的能力。
以下為和第二周相關(guān)，但在第一周上交的作業(yè)：
參考資料
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--by xuzhougeng
