在線繪制帶分組的圓圈熱圖以展示數(shù)值變化

導(dǎo)讀:《廣雅》有云:“玦(jué)如環(huán),缺而不連”。讓熱圖化身為首尾相望的圓環(huán),在有限的空間里,讓元素如星辰般環(huán)列延展。這是科學(xué)與美學(xué)的共舞:以“不完整”的形態(tài),承載更完整的生物醫(yī)學(xué)故事。

《iScience》文章Multi-trait association analysis reveals shared genetic architecture

between lung cancer and cardiometabolic diseases. Fig 2A的圓形熱圖(Circular Heatmap)展示了遺傳相關(guān)性信息。內(nèi)圈矩形的顏色和數(shù)字表示相關(guān)性,*表示統(tǒng)計顯著性:? p?< 0.05,?? Padj< 0.05。外圈表示各個指標(biāo)的類別。圓形熱圖是一種高效的多維數(shù)據(jù)可視化工具,通過極坐標(biāo)系統(tǒng)將數(shù)據(jù)映射為環(huán)形色塊矩陣。它在有限平面內(nèi)最大化信息密度,同時利用顏色梯度與扇形分區(qū)直觀揭示數(shù)據(jù)模式,兼顧空間效率與視覺辨識度。

?1,打開作圖URL

https://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_circle_heatmap_with_labels_and_groups_plot_288

圖2.繪圖頁面

2,示例數(shù)據(jù)

點擊圖片上方的示例數(shù)據(jù),下載,并使用excel打開。

圖3. 示例數(shù)據(jù)

示例數(shù)據(jù)包括4列(D列可選)

數(shù)據(jù)為3列:第一列是基因,或者其他特征,例如各種生化指標(biāo)等;第二列是相關(guān)性,有正有負(fù);第三列是p值或者FDR等。

數(shù)據(jù)為4列:第一列是基因,或者其他特征,例如各種生化指標(biāo)等;第二列是相關(guān)性,有正有負(fù);第三列是p值或者FDR等;第四列是分組。

注:也可以繪制例如log2fc,甲基化Δβ等數(shù)據(jù)

3,輸入檢查

示例數(shù)據(jù):點擊輸入框下面的“示例2”按鈕,將載入示例數(shù)據(jù)。

真實數(shù)據(jù):數(shù)據(jù)放在excel中,調(diào)整好后,Ctrl+A選中數(shù)據(jù),Ctrl+C拷貝,Ctrl+V將數(shù)據(jù)粘貼到輸入框中。

圖4. 載入數(shù)據(jù),輸入檢查(示例2)

然后使用輸入框下面的“輸入檢查”按鈕先對輸入數(shù)據(jù)進(jìn)行檢查。若檢查不通過,請根據(jù)檢查提示重復(fù)【修改-輸入檢查】步驟,直到檢查通過(如下圖所示),然后可以繼續(xù)選擇其他參數(shù)。

圖5.輸入檢查結(jié)果

注:輸入檢查是新添加的功能,它會根據(jù)不同模塊的輸入要求,逐行逐列檢查輸入數(shù)據(jù),并給出提示,以確保數(shù)據(jù)符合模塊輸入要求。

4,選擇參數(shù)

圖6.繪圖參數(shù)

圖片大小

包括圖片寬度和圖片高度

colorbar顏色

內(nèi)圈數(shù)值對應(yīng)的顏色,低、中、高三種顏色漸變

分組顏色

外圈分組的顏色,按照分組在數(shù)據(jù)中出現(xiàn)的順序,默認(rèn)6種自定義顏色,超過6種則使用系統(tǒng)默認(rèn)的顏色

字體大小

設(shè)置了圖上所有區(qū)域文字的字體大小,包括:外圈字體大小,內(nèi)圈字體大小,圖例標(biāo)題字體大小,圖例文字字體大小等

角度:

起始角度:10°,約1點鐘方向,順時針繪圖。

結(jié)束角度:繪制到什么位置,例如繪制到100°,約是1/4圓周,繪制到190°,約是1/2圓周,繪制到360°,約是整個圓周。

整體選裝角度:調(diào)整缺口的位置,設(shè)置為正值,則逆時針旋轉(zhuǎn);設(shè)置為負(fù)值,則順時針旋轉(zhuǎn)。可以配合結(jié)束角度進(jìn)行微調(diào)。

組間間隔角度:控制分組間的間隔角度,0則無間隔,有數(shù)值時,按照該角度間隔分組

字體

設(shè)置了期刊雜志中最常用的兩種字體:Times New Roman和Arial。如需使用其他字體,可以下載pdf或者svg圖片,然后使用acrobat illustrator或者inkscape進(jìn)行編輯修改

5,提交出圖

檢查通過,并且參數(shù)選好后,點擊“提交”按鈕,約2s后,會在頁面上顯示圓形熱圖。我們提供了pdf、svg兩種矢量圖,png、tiff兩種標(biāo)量圖供大家下載使用。

圖7.預(yù)覽圖

請使用Acrobat Illustrator等軟件編輯矢量圖(pdf或svg),進(jìn)行組圖,調(diào)整文字、圖像元素位置,字體,添加說明等操作,以滿足個性化需求。

圖8.其他樣式圖

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