Cutadapt安裝 基本命令 例子： 常用參數(shù) 參數(shù)詳解 Removing adapters Adapter 移除 Anchored 5’ adapters：adapter...
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cutadapt 使用詳解 -
MaxQuant-linux版本使用弄完我才知道為何很多人吐槽這個(gè)軟件的Linux版本很難用，各種報(bào)錯(cuò)都是淚呀。大概正確的安裝和運(yùn)行操作如下，很多教程遇到的坑我就不寫了。 首先去maxquant的官網(wǎng)去獲得ma...
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MUMMER 兩個(gè)基因組間比較MUMmer出現(xiàn)的歷史背景測(cè)序技術(shù)剛開始發(fā)展的時(shí)候，大家得到的序列都是單個(gè)基因的長(zhǎng)度，所以一般都是逐個(gè)基因的比較，用的都是BLAST或FASTA通過逐個(gè)基因聯(lián)配的方式搜索數(shù)據(jù)...
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序列比對(duì)軟件 MUMmer 結(jié)果可讀化處理（四）
關(guān)于該軟件的計(jì)算可選參數(shù)以及結(jié)果文件的解讀，見前三篇分享： 序列比對(duì)軟件 MUMmer 快速上手（一）[http://www.itdecent.cn/writer#/not...
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infernal預(yù)測(cè)ncRNA
一：下載安裝 二：下載數(shù)據(jù)庫 三： 確定待查詢的核苷酸序列或基因組的大小，作為后續(xù)命令的參數(shù) 其輸出結(jié)果中有一行，Total # of residues: 218502668...
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序列比對(duì)軟件 MUMmer 高級(jí)使用（二）
快速上手的話見上一篇，這篇詳細(xì)介紹一下 MUMmer 4 軟件下 nucmer 程序的詳細(xì)參數(shù)。 序列比對(duì)軟件 MUMmer 快速上手（一）[https://www.jian...
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應(yīng)該是最新最詳細(xì)的MUMmer中文使用說明如何使用MUMmer比對(duì)大片段序列 測(cè)序技術(shù)剛開始發(fā)展的時(shí)候，大家得到的序列都是單個(gè)基因的長(zhǎng)度，所以一般都是逐個(gè)基因的比較，用的都是BLAST或FASTA通過逐個(gè)基因聯(lián)配的方...
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我的生信自學(xué)心得分享
這是我2022-02-16在CGM分享的文字稿 從2016年，我開始自學(xué)生物信息，那個(gè)時(shí)候，為了加深自己學(xué)習(xí)，所以就不間斷的在網(wǎng)上分享我的學(xué)習(xí)筆記。 我有一個(gè)自己的博客，xu...
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計(jì)算分子進(jìn)化-搞懂PAML的正選擇分析許多基因組的文章里都會(huì)提到使用PAML進(jìn)行基因的正選擇分析(positive selection), 網(wǎng)上也有一些教程介紹如何用PAML進(jìn)行分析。無論是文章，還是教程，大多只...
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什么年代了，還在用傳統(tǒng)的3D-DNA？
之前使用的是3D-DNA流程做Hi-C的輔助組裝，它的最大優(yōu)勢(shì)就是輸出結(jié)果可以對(duì)接下游的JBAT(juicerbox with Assembly Tools)進(jìn)行手動(dòng)矯正。然...
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hifiasm對(duì)HiFi PacBio進(jìn)行組裝hifiasm是一個(gè)能有效利用PacBio HiFi測(cè)序技術(shù)，在分型組裝圖(pahsed assembly gprah)中可靠的表示單倍體信息的算法。 流程介紹 hifias...
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SRA Toolkit - prefetch 快速下載NCBI SRA數(shù)據(jù)sratoolkit 是NCBI提供的用于處理來自SRA 數(shù)據(jù)庫測(cè)序數(shù)據(jù)的一個(gè)工具包。 #1. sratoolkit 配置 #1.1 sratoolkit 下載 首先，下載最...
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ATAC-seq 片段長(zhǎng)度周期性分布圖參考： 給你bam文件，你會(huì)畫插入片段長(zhǎng)度分布圖嗎？ 糗世界-ATAC-seq 「文獻(xiàn)02」esATAC: 一個(gè)ATAC-seq分析的R包 【r<-ggplot2】修改x和y...
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TRF--Tandem Repeat FinderTRF軟件是基因組注釋中常用于檢測(cè)序列中串聯(lián)重復(fù)序列的軟件，無需安裝，使用簡(jiǎn)單方便。 1. 重復(fù)序列分為串聯(lián)重復(fù)序列和散在重復(fù)序列（轉(zhuǎn)座子）； 串聯(lián)重復(fù)序列又包含衛(wèi)星序列 >...
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BUSCO - 組裝質(zhì)量評(píng)估BUSCO - 組裝質(zhì)量評(píng)估軟件 BUSCO - Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs 額。直譯的話就是普遍通用的單拷貝直...
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Rosetta 簡(jiǎn)易手冊(cè)這部手冊(cè)的基本思路（如何使用我） 在 Rosetta入門 這一部分，我記錄了Rosetta能夠解決的生物問題及其使用的抽樣策略，主要包括：如何將你的問題轉(zhuǎn)化為Rosetta可...
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未來藥物開發(fā)機(jī)遇—Druggable Genome
很多生物醫(yī)學(xué)研究以及新療法的開發(fā)都集中于極少部分人類基因組，還有相當(dāng)多與疾病相關(guān)的蛋白有待開發(fā)，這其中其實(shí)蘊(yùn)藏了很多科研與商業(yè)機(jī)會(huì)。NIH啟動(dòng)可成藥基因組項(xiàng)目(Druggab...
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使用HINT-ATAC進(jìn)行ATAC-Seq的footprinting分析關(guān)于ATAC-seq分析，在網(wǎng)上看到兩篇關(guān)于同一片綜述的翻譯，寫的很好：ATAC-seq數(shù)據(jù)分析工具的比較和推薦（Genome Biology綜述）ATAC-seq生信分析綜...
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CUT&RUN實(shí)驗(yàn)原理和步驟這篇筆記是記錄CUT&RUN實(shí)驗(yàn)的具體步驟。因?yàn)橄轮芫鸵鯟UT&RUN了，首先就要先熟悉一下實(shí)驗(yàn)步驟。雖然有紙質(zhì)版的protocol，但是老板推薦我去試劑盒官網(wǎng)看一下視頻，...
