您好,我跟您一樣也出現(xiàn)了【因?yàn)檎也坏綌?shù)據(jù)庫(kù)都有哪些物種的,這些信息在organism.db數(shù)據(jù)庫(kù)中】這個(gè)報(bào)錯(cuò)信息,請(qǐng)問(wèn)這個(gè)要怎么解決呢?求指教,感謝??
KOBAS3-docker終于跑起來(lái)了。前言:Docker安裝成功了Kobas下載成功了,也load成功了無(wú)意間的操作,竟然跑成功了。呵呵 在成功跑起來(lái)之前,一直沒(méi)有運(yùn)行映射命令。 如果沒(méi)有運(yùn)行上面的映射命令。運(yùn)行...
好的,感謝!@儒雅隨和王小板
比對(duì)軟件STAR的使用在之前的學(xué)習(xí)和練習(xí)里,比對(duì)這一步我使用過(guò)bowtie2(DNA比對(duì))和hisat2(RNA-seq比對(duì)),現(xiàn)在學(xué)習(xí)另一個(gè)很火的軟件:STAR。STAR能夠發(fā)現(xiàn)非典型拼接和嵌合...
大致的流程如下:BBtools --》 Trinity(v2.8.5) --》 Transdecoder --》Trinotate (3.2.1) 1. 合并左右read...
請(qǐng)問(wèn),我用trinity自帶腳本abundance_estimates_to_matrix.pl構(gòu)建轉(zhuǎn)錄本-基因表達(dá)矩陣時(shí),報(bào)錯(cuò)Use of uninitialized value為什么呢???
對(duì)trinity組裝得到的轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行表達(dá)矩陣構(gòu)建前提已經(jīng)獲得了trinity生成的.fasta文件(trinity_out_dir_all.Trinity.fasta) 在此,我們采用的是Trinity自帶的腳本進(jìn)行定量計(jì)...
1分析步驟 1.1序列延伸(inchworm)--蟲(chóng) -將reads切割為 k-mers(k bp長(zhǎng)度的短片段)-利用Overlap關(guān)系對(duì)k-mers進(jìn)行延伸(貪婪算法)-輸...
前面三節(jié),我們得到了Trinity拼接的Fasta 文件(Trinity.fasta)以及通過(guò)Bowtie2將Fastq中的Reads進(jìn)行回貼到Trinity.fasta文件...
請(qǐng)問(wèn)一個(gè)很簡(jiǎn)單的問(wèn)題,怎么把樣品寫(xiě)到一個(gè)Sample_text中呢??
轉(zhuǎn)錄組分析實(shí)戰(zhàn)第三節(jié): RESM對(duì)Trinity得到的轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行定量前面三節(jié),我們得到了Trinity拼接的Fasta 文件(Trinity.fasta)以及通過(guò)Bowtie2將Fastq中的Reads進(jìn)行回貼到Trinity.fasta文件...
大神,請(qǐng)教一下,后續(xù)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組定量的時(shí)候,是用clean data還是用bowtie2回帖后比對(duì)生成的文件呢?
轉(zhuǎn)錄組分析(5) - 無(wú)參轉(zhuǎn)錄組拼接(illumina)目的 NGS測(cè)序得到的短序列(read)存儲(chǔ)于Fastq文件,在經(jīng)過(guò)DNA建庫(kù)和測(cè)序之后,文件中不同read之間的順序就全部丟失了。因此,F(xiàn)astq文件中緊挨著的兩條read...
您好,請(qǐng)問(wèn)我在篩選同一基因的最長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本作為unigene時(shí),出現(xiàn)note:longest transcript isn't always the best transcript!... consider filtering based on relative expression support 。是不是不用管它呀?
無(wú)參轉(zhuǎn)錄組序列組裝 — Trinity轉(zhuǎn)錄組分析策略 轉(zhuǎn)錄組分析策略根據(jù)有無(wú)參考轉(zhuǎn)錄組可以分為兩類: 有參比對(duì)—定量—差異分析—功能富集分析等 無(wú)參組裝—定量—差異分析—功能富集分析等image 無(wú)參考轉(zhuǎn)錄組序列...
您好,我想請(qǐng)教下,去冗余方法(1)篩選同一基因的最長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本作為unigene;(2)軟件:TGICL、CAP3通過(guò)聚類篩選unigene。是不是兩者選一個(gè)使用就好???
無(wú)參轉(zhuǎn)錄組序列組裝 — Trinity轉(zhuǎn)錄組分析策略 轉(zhuǎn)錄組分析策略根據(jù)有無(wú)參考轉(zhuǎn)錄組可以分為兩類: 有參比對(duì)—定量—差異分析—功能富集分析等 無(wú)參組裝—定量—差異分析—功能富集分析等image 無(wú)參考轉(zhuǎn)錄組序列...
請(qǐng)教下,做無(wú)參轉(zhuǎn)錄組分析,一共6*3=18個(gè)樣品,是把所有樣品放在一起組裝成一個(gè)轉(zhuǎn)錄本嗎?
mRNA-seq學(xué)習(xí)(六):轉(zhuǎn)錄本的de novo組裝1. 組裝 2. 結(jié)果 按照1.中的參數(shù)設(shè)置(內(nèi)存和CPU)和數(shù)據(jù)量(4.9G的fasta),耐心等待6小時(shí)就能完成組裝了。在這之后就是比對(duì)過(guò)程了,再然后的差異分析和富集分析...
請(qǐng)問(wèn)老師,做無(wú)參轉(zhuǎn)錄組分析,一共6*3=18個(gè)樣品,是把所有樣品放在一起組裝成一個(gè)轉(zhuǎn)錄本嗎?
轉(zhuǎn)錄組重建系統(tǒng)發(fā)育(二)使用Trinity對(duì)cleandata進(jìn)行組裝在處理完rawdata(參考上一文章)轉(zhuǎn)錄組重建系統(tǒng)發(fā)育(一)使用fastp多rawdata進(jìn)行處理[http://www.itdecent.cn/p/720ae2c45e...