發(fā)簡(jiǎn)信
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您好，我跟您一樣也出現(xiàn)了【因?yàn)檎也坏綌?shù)據(jù)庫(kù)都有哪些物種的，這些信息在organism.db數(shù)據(jù)庫(kù)中】這個(gè)報(bào)錯(cuò)信息，請(qǐng)問(wèn)這個(gè)要怎么解決呢？求指教，感謝??
KOBAS3-docker終于跑起來(lái)了。
前言：Docker安裝成功了Kobas下載成功了，也load成功了無(wú)意間的操作，竟然跑成功了。呵呵 在成功跑起來(lái)之前，一直沒(méi)有運(yùn)行映射命令。 如果沒(méi)有運(yùn)行上面的映射命令。運(yùn)行...
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好的，感謝！@儒雅隨和王小板
比對(duì)軟件STAR的使用
在之前的學(xué)習(xí)和練習(xí)里，比對(duì)這一步我使用過(guò)bowtie2（DNA比對(duì)）和hisat2（RNA-seq比對(duì)），現(xiàn)在學(xué)習(xí)另一個(gè)很火的軟件：STAR。STAR能夠發(fā)現(xiàn)非典型拼接和嵌合...
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無(wú)參轉(zhuǎn)錄組的組裝注釋部分（1）大致的流程如下：BBtools --》 Trinity(v2.8.5) --》 Transdecoder --》Trinotate (3.2.1) 1. 合并左右read...
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請(qǐng)問(wèn)，我用trinity自帶腳本abundance_estimates_to_matrix.pl構(gòu)建轉(zhuǎn)錄本-基因表達(dá)矩陣時(shí)，報(bào)錯(cuò)Use of uninitialized value為什么呢？??
對(duì)trinity組裝得到的轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行表達(dá)矩陣構(gòu)建
前提已經(jīng)獲得了trinity生成的.fasta文件(trinity_out_dir_all.Trinity.fasta) 在此，我們采用的是Trinity自帶的腳本進(jìn)行定量計(jì)...
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無(wú)參轉(zhuǎn)錄組分析（Trinity）
1分析步驟 1.1序列延伸(inchworm)--蟲(chóng) -將reads切割為 k-mers(k bp長(zhǎng)度的短片段)-利用Overlap關(guān)系對(duì)k-mers進(jìn)行延伸(貪婪算法)-輸...
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轉(zhuǎn)錄組分析實(shí)戰(zhàn)第三節(jié)： RESM對(duì)Trinity得到的轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行定量
前面三節(jié)，我們得到了Trinity拼接的Fasta 文件（Trinity.fasta)以及通過(guò)Bowtie2將Fastq中的Reads進(jìn)行回貼到Trinity.fasta文件...
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請(qǐng)問(wèn)一個(gè)很簡(jiǎn)單的問(wèn)題，怎么把樣品寫(xiě)到一個(gè)Sample_text中呢??
轉(zhuǎn)錄組分析實(shí)戰(zhàn)第三節(jié)： RESM對(duì)Trinity得到的轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行定量
前面三節(jié)，我們得到了Trinity拼接的Fasta 文件（Trinity.fasta)以及通過(guò)Bowtie2將Fastq中的Reads進(jìn)行回貼到Trinity.fasta文件...
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大神，請(qǐng)教一下，后續(xù)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組定量的時(shí)候，是用clean data還是用bowtie2回帖后比對(duì)生成的文件呢？
轉(zhuǎn)錄組分析(5) - 無(wú)參轉(zhuǎn)錄組拼接(illumina)
目的 NGS測(cè)序得到的短序列（read）存儲(chǔ)于Fastq文件，在經(jīng)過(guò)DNA建庫(kù)和測(cè)序之后，文件中不同read之間的順序就全部丟失了。因此，F(xiàn)astq文件中緊挨著的兩條read...
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您好，請(qǐng)問(wèn)我在篩選同一基因的最長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本作為unigene時(shí)，出現(xiàn)note:longest transcript isn't always the best transcript!... consider filtering based on relative expression support 。是不是不用管它呀？
無(wú)參轉(zhuǎn)錄組序列組裝 — Trinity
轉(zhuǎn)錄組分析策略 轉(zhuǎn)錄組分析策略根據(jù)有無(wú)參考轉(zhuǎn)錄組可以分為兩類： 有參比對(duì)—定量—差異分析—功能富集分析等 無(wú)參組裝—定量—差異分析—功能富集分析等image 無(wú)參考轉(zhuǎn)錄組序列...
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您好，我想請(qǐng)教下，去冗余方法（1）篩選同一基因的最長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本作為unigene；（2）軟件：TGICL、CAP3通過(guò)聚類篩選unigene。是不是兩者選一個(gè)使用就好??？
無(wú)參轉(zhuǎn)錄組序列組裝 — Trinity
轉(zhuǎn)錄組分析策略 轉(zhuǎn)錄組分析策略根據(jù)有無(wú)參考轉(zhuǎn)錄組可以分為兩類： 有參比對(duì)—定量—差異分析—功能富集分析等 無(wú)參組裝—定量—差異分析—功能富集分析等image 無(wú)參考轉(zhuǎn)錄組序列...
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請(qǐng)教下，做無(wú)參轉(zhuǎn)錄組分析，一共6*3=18個(gè)樣品，是把所有樣品放在一起組裝成一個(gè)轉(zhuǎn)錄本嗎？
mRNA-seq學(xué)習(xí)（六）：轉(zhuǎn)錄本的de novo組裝
1. 組裝 2. 結(jié)果 按照1.中的參數(shù)設(shè)置（內(nèi)存和CPU）和數(shù)據(jù)量（4.9G的fasta），耐心等待6小時(shí)就能完成組裝了。在這之后就是比對(duì)過(guò)程了，再然后的差異分析和富集分析...
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請(qǐng)問(wèn)老師，做無(wú)參轉(zhuǎn)錄組分析，一共6*3=18個(gè)樣品，是把所有樣品放在一起組裝成一個(gè)轉(zhuǎn)錄本嗎？
轉(zhuǎn)錄組重建系統(tǒng)發(fā)育（二）使用Trinity對(duì)cleandata進(jìn)行組裝
在處理完rawdata（參考上一文章）轉(zhuǎn)錄組重建系統(tǒng)發(fā)育（一）使用fastp多rawdata進(jìn)行處理[http://www.itdecent.cn/p/720ae2c45e...
