本人目前從事生信分析相關(guān)領(lǐng)域， 記錄一些常見的坑，也希望能幫助到類似經(jīng)歷的人。
發(fā)簡信
IP屬地：海南
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在世間，本就是各人下雪，各人有各人的隱晦與皎潔。
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關(guān)于影像組學的知識點，學習成果，歡迎大家分享
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知識的整理者、分享者和傳播者！
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公眾號: 醫(yī)科研<br>wechat: YKY7060
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廣州輝園苑醫(yī)藥科技有限公司是一家專注于生物醫(yī)藥技術(shù)的研發(fā)和應(yīng)用推廣服務(wù)的高新技術(shù)企業(yè)，于2014年4月22日入駐生物島，2016年成立了“廣州市輝園苑精準醫(yī)學轉(zhuǎn)化研究院”。公司以“技術(shù)創(chuàng)新，共同發(fā)展”為理念，致力于為生命科學研究、生物技術(shù)、醫(yī)學制藥等產(chǎn)業(yè)的發(fā)展提供全方位、高質(zhì)量的技術(shù)服務(wù)，公司極重視與臨床研究相關(guān)的課題合作，并為臨床提供高效實用的轉(zhuǎn)化醫(yī)學解決方案，與醫(yī)院、研究所和高校均有課題對接，共同孵化高水平科研成果。經(jīng)過6年的沉淀與發(fā)展，公司現(xiàn)擁有分子克隆、病毒包裝、細胞實驗、表觀遺傳檢測、生化檢測、動物實驗（動物模型構(gòu)建、藥理、毒理實驗）、分子病理等技術(shù)平臺，并榮獲“知識產(chǎn)權(quán)管理體系認證證書”。平臺專注為科研工作者提供整體科研服務(wù)并提供轉(zhuǎn)化一體化解決方案，已協(xié)助完成多項國自然面上項目。
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個人wx公眾號：木舟筆記。
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個性化生信分析
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個人學習生信的一點心得 歡迎討論指摘
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農(nóng)學跨生信，之前總覺得，沒人教，怕走彎路，遲遲不肯踏踏實實從基礎(chǔ)一點一點積累慢慢學起。一會看看生物，一會寫寫代碼，抓不住重點也沒有提高。 后來關(guān)注了生信技能樹，還蹭了建設(shè)人Jimmy大佬組織的線下聚會，聽到幾位大佬介紹后，發(fā)現(xiàn)他們都是自學，自己摸索的，并且給我強調(diào)了記筆記的重要性。 這是一個對知識管理的過程，記錄下學習的一點一滴，寫下來的筆記是給自己的（有時候會覺得寫的不好，也不敢分享出來，沒有正向激勵，漸漸就不寫了），當然如果也可以像大佬們那樣對他人的學習起到幫助，我也會覺得非常榮幸和開心吶。 加油啦～～
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一些生物信息學用到的軟件，工具，介紹用法安裝以及以及應(yīng)用的文章 ?? 測序組裝使用的Spades、canu等等 ?? 序列比對比如blast、bowtie、diamond等 ?? 多序列比對比如mega、clustalW、matff等 ?? 序列格式轉(zhuǎn)化的samtools、bedtools等等 ?? 可變剪接分析的rMATS、MISO ?? 微衛(wèi)星序列查找工具misa等 ?? call peak的工具macs2 ?? 文獻下載工具Sci-hub桌面版 ?? 進化樹構(gòu)建工具IQtree、ggtree等 ?? 同源基因查找工具OrthoMCL、OrthoFinder等 ?? 尋找測序中的結(jié)構(gòu)變異或者SNP序列GATK、bcftools等 ?? 宏基因組組裝與分析的anvi'o、QIMME ?? 測序質(zhì)量評估的FastQC、BUSCO、QUAST ?? 可視化工具比如IGV、3D Genome ?? 測序數(shù)據(jù)下載工具SRA Toolkit、ascp等 ?? 數(shù)據(jù)可視化的工具circos 等等
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記錄學習生信的點滴
